seq1 = pF1KB7763.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB7763/gi568815597f_150988190.tfa (gi568815597f:150988190_151218253), 230064 bp

>pF1KB7763 1344
>gi568815597f:150988190_151218253 (Chr1)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-276  (102217-102384)   100% ->
277-471  (105003-105197)   100% ->
472-622  (109663-109813)   100% ->
623-736  (115373-115486)   100% ->
737-922  (118848-119033)   100% ->
923-1047  (129203-129327)   100% ->
1048-1344  (129768-130064)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTGGTGGACTTGGGAAAGAGGTTGCTAGAAGCAGCAAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTTGGTGGACTTGGGAAAGAGGTTGCTAGAAGCAGCAAGAAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGATGATGAAGTGAGAACGTTGATGGCAAATGGCGCCCCATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGATGATGAAGTGAGAACGTTGATGGCAAATGGCGCCCCATTCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGACTGG         CTTGGAACATCACCCCTCCACCTTGCAGCTCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGACTGGGTA...CAGCTTGGAACATCACCCCTCCACCTTGCAGCTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGGTCATTATTCCACAGCAGAAGTACTCCTTCGAGCAGGTGTTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102250 TATGGTCATTATTCCACAGCAGAAGTACTCCTTCGAGCAGGTGTTAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGCCCGGACTAAAGTAGACAGGACCCCCTTGCACATGGCTGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102300 GGATGCCCGGACTAAAGTAGACAGGACCCCCTTGCACATGGCTGCAGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGACATGCGCACATCGTGGAACTGCTTGTTCGG         AATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102350 ATGGACATGCGCACATCGTGGAACTGCTTGTTCGGGTA...CAGAATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGATGTGAATGCCAAGGACATGCTGAAGATGACAGCTTTGCATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105009 GCAGATGTGAATGCCAAGGACATGCTGAAGATGACAGCTTTGCATTGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACAGAGCGCCACCATCGAGATGTCGTAGAGTTACTTATCAAATATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 CACAGAGCGCCACCATCGAGATGTCGTAGAGTTACTTATCAAATATGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGATGTCCATGCTTTCAGCAAATTTGATAAATCAGCCTTTGACATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105109 CTGATGTCCATGCTTTCAGCAAATTTGATAAATCAGCCTTTGACATAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAGAAAAACAATGCTGAGATTTTGGTCATCCTCCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105159 CTGGAGAAAAACAATGCTGAGATTTTGGTCATCCTCCAGGTG...TAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCAATGCAGAATCAGGTGAATGTTAATCCAGAGAGAGCCAACCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109665 AGCAATGCAGAATCAGGTGAATGTTAATCCAGAGAGAGCCAACCCTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGACCCTGTGAGTATGGCTGCTCCATTCATCTTCACGTCGGGTGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109715 CTGACCCTGTGAGTATGGCTGCTCCATTCATCTTCACGTCGGGTGAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTAACCTCGCAAGCCTTATTTCTTCAACCAACACCAAAACAACCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109765 GTTAACCTCGCAAGCCTTATTTCTTCAACCAACACCAAAACAACCTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         GTGACCCCCATGCCTCAACAGTACAGTTTTCAAATTCTACCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109815 TA...TAGGTGACCCCCATGCCTCAACAGTACAGTTTTCAAATTCTACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTCAGTGCTGGCTACCCTTGCAGCTCTTGCTGAGGCATCAGTCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 CCTCAGTGCTGGCTACCCTTGCAGCTCTTGCTGAGGCATCAGTCCCCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCCAACTCACACAGAGCCACAG         CCAATACAGAGGAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115465 TCCAACTCACACAGAGCCACAGGTA...TAGCCAATACAGAGGAAATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAAGGAAATTCCGTTGACTCATCAATCCAGCAAGTAATGGGGAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118867 AGAAGGAAATTCCGTTGACTCATCAATCCAGCAAGTAATGGGGAGTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCAGAGGGTCATCACCATAGTGACTGATGGAGTCCCTCTGGGTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118917 GCCAGAGGGTCATCACCATAGTGACTGATGGAGTCCCTCTGGGTAATATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAAACTTCAATCCCTACTGGAGGCATTGGCCAGCCATTTATTGTAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118967 CAAACTTCAATCCCTACTGGAGGCATTGGCCAGCCATTTATTGTAACTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAAGATGGACAGCAAG         TTCTAACTGTACCTGCTGGTAAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119017 GCAAGATGGACAGCAAGGTG...TAGTTCTAACTGTACCTGCTGGTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGCAGAGGAGACTGTAATTAAAGAGGAAGAAGAAGAGAAGTTGCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129227 TTGCAGAGGAGACTGTAATTAAAGAGGAAGAAGAAGAGAAGTTGCCACTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACAAAGAAACCAAGGATAGGAGAGAAGACAAACAGTGTGGAGGAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129277 ACAAAGAAACCAAGGATAGGAGAGAAGACAAACAGTGTGGAGGAAAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 G         GAAGGCAATGAAAGAGAGCTACTACAGCAACAACTCCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129327 GGTA...CAGGAAGGCAATGAAAGAGAGCTACTACAGCAACAACTCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGCCAATCGAAGAGCCCAGGAATACCGACACCAGCTCCTAAAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129808 AGGCCAATCGAAGAGCCCAGGAATACCGACACCAGCTCCTAAAGAAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGGAAGCAGAACAGTACCGTCTTAAGCTGGAGGCCATAGCCCGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129858 CAGGAAGCAGAACAGTACCGTCTTAAGCTGGAGGCCATAGCCCGACAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCCCAATGGAGTTGATTTCACCATGGTTGAAGAGGTGGCTGAGGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129908 GCCCAATGGAGTTGATTTCACCATGGTTGAAGAGGTGGCTGAGGTAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGTAGTAGTCACAGAGGGGGAGTTGGAAGAGAGAGAGACAAAAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129958 CTGTAGTAGTCACAGAGGGGGAGTTGGAAGAGAGAGAGACAAAAGTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGGTCAGCAGGGACCACAGAGCCTCACACTAGAGTTTCCATGGCAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130008 GGGTCAGCAGGGACCACAGAGCCTCACACTAGAGTTTCCATGGCAACTGT

   1400     .
   1338 TTCATCT
        |||||||
 130058 TTCATCT