seq1 = pF1KB7761.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB7761/gi568815597f_168181091.tfa (gi568815597f:168181091_168412999), 231909 bp

>pF1KB7761 1344
>gi568815597f:168181091_168412999 (Chr1)

1-203  (100001-100203)   100% ->
204-468  (110070-110334)   100% ->
469-603  (112054-112188)   100% ->
604-665  (116634-116695)   100% ->
666-727  (119332-119393)   100% ->
728-916  (123918-124106)   100% ->
917-1052  (127652-127787)   100% ->
1053-1344  (131618-131909)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGAGTGAGCTGGGCACTCGGAAGCCCAGCGATGGCACTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATGAGTGAGCTGGGCACTCGGAAGCCCAGCGATGGCACTGTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCATCTGCTCAATGTGGTGGAGAGTGAGCTTCAGGCAGGGAGGGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCATCTGCTCAATGTGGTGGAGAGTGAGCTTCAGGCAGGGAGGGAAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGACCCTACGGAGAAGCAACTTCAGATCATCCTGGAGGATGCACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGACCCTACGGAGAAGCAACTTCAGATCATCCTGGAGGATGCACCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCAGAGATTCAAGGAAGTCACTAATGAGATGATTGTGACCAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCAGAGATTCAAGGAAGTCACTAATGAGATGATTGTGACCAAGAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAG         ACGGATGTTTCCAGTCCTAAAGATTAGTGTCACAGGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGGTG...TAGACGGATGTTTCCAGTCCTAAAGATTAGTGTCACAGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGACCCCAATGCCATGTACTCCCTCCTGCTGGACTTTGTCCCTACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110108 TGGACCCCAATGCCATGTACTCCCTCCTGCTGGACTTTGTCCCTACGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTCACCGCTGGAAGTACGTCAACGGGGAATGGGTGCCCGCTGGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110158 AGTCACCGCTGGAAGTACGTCAACGGGGAATGGGTGCCCGCTGGCAAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGGTCTCCAGCCACAGCTGCGTCTACATTCACCCGGACTCCCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110208 AGAGGTCTCCAGCCACAGCTGCGTCTACATTCACCCGGACTCCCCCAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGGGGCCCACTGGATGAAAGCTCCCATCTCCTTCAGCAAAGTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110258 TTGGGGCCCACTGGATGAAAGCTCCCATCTCCTTCAGCAAAGTGAAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCAACAAGCTCAATGGAGGCGGGCAG         ATAATGTTGAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110308 ACCAACAAGCTCAATGGAGGCGGGCAGGTA...CAGATAATGTTGAATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTGCATAAATATGAACCCCAGGTTCACATAGTGCGTGTTGGAAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112068 TCTGCATAAATATGAACCCCAGGTTCACATAGTGCGTGTTGGAAGTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCGAATGGTAACAAACTGCTCCTTCCCTGAAACCCAGTTCATAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112118 ATCGAATGGTAACAAACTGCTCCTTCCCTGAAACCCAGTTCATAGCCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTGCCTATCAGAATGAGGAG         ATAACGGCTCTCAAAATCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112168 ACTGCCTATCAGAATGAGGAGGTA...AAGATAACGGCTCTCAAAATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTACAATCCTTTTGCCAAAGCCTTCTTGGATGCCAAGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116654 GTACAATCCTTTTGCCAAAGCCTTCTTGGATGCCAAGGAAAGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666  AAATCACCTAAGAGACGTACCGGAGGCTATCTCTGAGAGCCAGCATGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119331 GAAATCACCTAAGAGACGTACCGGAGGCTATCTCTGAGAGCCAGCATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTATTCTCACT         TGGGAGGCTGGATCTTTTCCAATCCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119381 ACCTATTCTCACTGTG...TAGTGGGAGGCTGGATCTTTTCCAATCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAGTGTGCACAGCAGGAAACTCCAATTACCAGTATGCCGCTCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123946 TGGAGTGTGCACAGCAGGAAACTCCAATTACCAGTATGCCGCTCCTCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCTGCCTGCTCCCCACACCCACCATGGCTGTGAGCACTATTCGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123996 CTCTGCCTGCTCCCCACACCCACCATGGCTGTGAGCACTATTCGGGTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGAGGACACCGGCAGGCTCCCTACCCTTCTGCGTACATGCACAGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124046 CGAGGACACCGGCAGGCTCCCTACCCTTCTGCGTACATGCACAGAAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCTCCCTCAG         TGAATTTGATAGAAAGCTCAAGCAATAATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124096 TTCTCCCTCAGGTC...AAGTGAATTTGATAGAAAGCTCAAGCAATAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCAAGTTTTCTCGGGACCTGACAGCTGGACTTCCTTATCCTCCACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127682 TGCAAGTTTTCTCGGGACCTGACAGCTGGACTTCCTTATCCTCCACACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CATGCCAGCATCCTGTCTGTACCCCACACCAACGGACCAATCAATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127732 CATGCCAGCATCCTGTCTGTACCCCACACCAACGGACCAATCAATCCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCCAG         CCCCTACCCGTGCCTGTGGACCATCAGCAATGGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127782 GCCCAGGTA...CAGCCCCTACCCGTGCCTGTGGACCATCAGCAATGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCGGAGGCCCCAGTGGGCCAGGCCCGGAGGTGCACGCCAGCACCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131653 CCGGAGGCCCCAGTGGGCCAGGCCCGGAGGTGCACGCCAGCACCCCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCATTTCTCCTCGGAAACCCAGCTGTGACTTCACCCCCTTCTGTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131703 GCATTTCTCCTCGGAAACCCAGCTGTGACTTCACCCCCTTCTGTGCTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACCCAAGCACCCACTTCGGCTGGTGTGGAGGTTCTGGGGGAGCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131753 CACCCAAGCACCCACTTCGGCTGGTGTGGAGGTTCTGGGGGAGCCCTCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TAACCAGCATTGCTGTGTCCACCTGGACAGCAGTGGCCTCGCATCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131803 TAACCAGCATTGCTGTGTCCACCTGGACAGCAGTGGCCTCGCATCCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCGGGCTGGGGTGGCCCAGGAGCGGGTGGGCACCATTCTCCTTCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131853 GCGGGCTGGGGTGGCCCAGGAGCGGGTGGGCACCATTCTCCTTCCTCACT

   1400     .
   1338 GGATGGT
        |||||||
 131903 GGATGGT