seq1 = pF1KB7752.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KB7752/gi568815581f_39974489.tfa (gi568815581f:39974489_40193379), 218891 bp

>pF1KB7752 1470
>gi568815581f:39974489_40193379 (Chr17)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-121  (102383-102450)   100% ->
122-222  (103020-103120)   100% ->
223-370  (109347-109494)   100% ->
371-576  (110122-110327)   100% ->
577-723  (112219-112365)   100% ->
724-982  (113754-114012)   100% ->
983-1110  (114718-114845)   100% ->
1111-1470  (118532-118891)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACAGAAGCCAAGCAAGGTGGAGTGTGGGTCAGACCCAGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACAGAAGCCAAGCAAGGTGGAGTGTGGGTCAGACCCAGAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         TGCCAGGTCACCAGATGGAAAGCGAAAAAGAAAGAACG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTA...CAGTGCCAGGTCACCAGATGGAAAGCGAAAAAGAAAGAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAATGTTCCCTGAAAACCAGCATGTCAG         GGTATATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102421 GCCAATGTTCCCTGAAAACCAGCATGTCAGGTG...CAGGGTATATCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGTTACCTGGACAAAGACGAGCAGTGTGTCGTGTGTGGGGACAAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 AGTTACCTGGACAAAGACGAGCAGTGTGTCGTGTGTGGGGACAAGGCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGTTATCACTACCGCTGTATCACTTGTGAGGGCTGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103081 TGGTTATCACTACCGCTGTATCACTTGTGAGGGCTGCAAGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCTTCTTTCGCCGCACAATCCAGAAGAACCTCCATCCCACCTATTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109348 GCTTCTTTCGCCGCACAATCCAGAAGAACCTCCATCCCACCTATTCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAATATGACAGCTGCTGTGTCATTGACAAGATCACCCGCAATCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109398 AAATATGACAGCTGCTGTGTCATTGACAAGATCACCCGCAATCAGTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGTGCCGCTTCAAGAAGTGCATCGCCGTGGGCATGGCCATGGACT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109448 GCTGTGCCGCTTCAAGAAGTGCATCGCCGTGGGCATGGCCATGGACTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       TGGTTCTAGATGACTCGAAGCGGGTGGCCAAGCGTAAGCTGATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109498 ...CAGTGGTTCTAGATGACTCGAAGCGGGTGGCCAAGCGTAAGCTGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGCAGAACCGGGAGCGGCGGCGGAAGGAGGAGATGATCCGATCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110166 GAGCAGAACCGGGAGCGGCGGCGGAAGGAGGAGATGATCCGATCACTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAGCGACCAGAGCCCACTCCTGAAGAGTGGGATCTGATCCACATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110216 GCAGCGACCAGAGCCCACTCCTGAAGAGTGGGATCTGATCCACATTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGAGGCCCATCGCAGCACCAATGCCCAGGGCAGCCATTGGAAACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110266 CAGAGGCCCATCGCAGCACCAATGCCCAGGGCAGCCATTGGAAACAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGAAATTCCTG         CCCGATGACATTGGCCAGTCACCCATTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110316 CGGAAATTCCTGGTA...TAGCCCGATGACATTGGCCAGTCACCCATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCATGCCGGACGGAGACAAGGTGGACCTGGAAGCCTTCAGCGAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112248 CTCCATGCCGGACGGAGACAAGGTGGACCTGGAAGCCTTCAGCGAGTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAGATCATCACCCCGGCCATCACCCGTGTGGTGGACTTTGCCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112298 CCAAGATCATCACCCCGGCCATCACCCGTGTGGTGGACTTTGCCAAAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCCCATGTTCTCCGAG         CTGCCTTGCGAAGACCAGATCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112348 CTGCCCATGTTCTCCGAGGTG...CAGCTGCCTTGCGAAGACCAGATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTCCTGAAGGGGTGCTGCATGGAGATCATGTCCCTGCGGGCGGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113777 CCTCCTGAAGGGGTGCTGCATGGAGATCATGTCCCTGCGGGCGGCTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCTACGACCCTGAGAGCGACACCCTGACGCTGAGTGGGGAGATGGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113827 GCTACGACCCTGAGAGCGACACCCTGACGCTGAGTGGGGAGATGGCTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGCGGGAGCAGCTCAAGAATGGCGGCCTGGGCGTAGTCTCCGACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113877 AAGCGGGAGCAGCTCAAGAATGGCGGCCTGGGCGTAGTCTCCGACGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTTGAACTGGGCAAGTCACTCTCTGCCTTTAACCTGGATGACACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113927 CTTTGAACTGGGCAAGTCACTCTCTGCCTTTAACCTGGATGACACGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGCTCTGCTGCAGGCTGTGCTGCTAATGTCAACAG         ACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113977 TGGCTCTGCTGCAGGCTGTGCTGCTAATGTCAACAGGTA...CAGACCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCGGGCCTGCTGTGTGTGGACAAGATCGAGAAGAGTCAGGAGGCGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114723 TCGGGCCTGCTGTGTGTGGACAAGATCGAGAAGAGTCAGGAGGCGTACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGGCGTTCGAGCACTACGTCAACCACCGCAAACACAACATTCCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114773 GCTGGCGTTCGAGCACTACGTCAACCACCGCAAACACAACATTCCGCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTGGCCCAAGCTGCTGATGAAG         GAGAGAGAAGTGCAGAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114823 TCTGGCCCAAGCTGCTGATGAAGGTG...AAGGAGAGAGAAGTGCAGAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCGATTCTGTACAAGGGGGCAGCGGCAGAAGGCCGGCCGGGCGGGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118550 TCGATTCTGTACAAGGGGGCAGCGGCAGAAGGCCGGCCGGGCGGGTCACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGGCGTCCACCCGGAAGGACAGCAGCTTCTCGGAATGCATGTTGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118600 GGGCGTCCACCCGGAAGGACAGCAGCTTCTCGGAATGCATGTTGTTCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTCCGCAGGTCCGGCAGCTTGAGCAGCAGCTTGGTGAAGCGGGAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118650 GTCCGCAGGTCCGGCAGCTTGAGCAGCAGCTTGGTGAAGCGGGAAGTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAAGGGCCGGTTCTTCAGCACCAGAGCCCGAAGAGCCCGCAGCAGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118700 CAAGGGCCGGTTCTTCAGCACCAGAGCCCGAAGAGCCCGCAGCAGCGTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGAGCTGCTCCACCGAAGCGGAATTCTCCATGCCCGAGCGGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118750 CCTGGAGCTGCTCCACCGAAGCGGAATTCTCCATGCCCGAGCGGTCTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGGAAGACGACAGCAGTGAGGCGGACTCCCCGAGCTCCTCTGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118800 GGGAAGACGACAGCAGTGAGGCGGACTCCCCGAGCTCCTCTGAGGAGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCGGAGGTCTGCGAGGACCTGGCAGGCAATGCAGCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118850 CCGGAGGTCTGCGAGGACCTGGCAGGCAATGCAGCCTCTCCC