seq1 = pF1KB7736.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KB7736/gi568815597f_32192170.tfa (gi568815597f:32192170_32432181), 240012 bp

>pF1KB7736 1446
>gi568815597f:32192170_32432181 (Chr1)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-162  (110452-110564)   100% ->
163-280  (124496-124613)   100% ->
281-355  (132310-132384)   100% ->
356-494  (134770-134908)   100% ->
495-636  (135367-135508)   100% ->
637-729  (136899-136991)   100% ->
730-838  (138409-138517)   100% ->
839-979  (138599-138739)   100% ->
980-1088  (139305-139413)   100% ->
1089-1219  (139507-139637)   100% ->
1220-1372  (139921-140073)   100% ->
1373-1421  (140532-140580)   100% ->
1422-1446  (140848-140872)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGACGCAGGGCACCCGGAGGAAAGTCTGTTACTACTACGACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCGCAGACGCAGGGCACCCGGAGGAAAGTCTGTTACTACTACGACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GGGATGTTGGAAATTACTATTATGGACAAGGCCACCCAATGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGGGGATGTTGGAAATTACTATTATGGACAAGGCCACCCAATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCTCACCGAATCCGCATGACTCATAATTTGCTGCTCAACTATGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110494 AGCCTCACCGAATCCGCATGACTCATAATTTGCTGCTCAACTATGGTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCGAAAAATGGAAATCTAT         CGCCCTCACAAAGCCAATGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110544 TACCGAAAAATGGAAATCTATGTG...TAGCGCCCTCACAAAGCCAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGGAGATGACCAAGTACCACAGCGATGACTACATTAAATTCTTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124516 TGAGGAGATGACCAAGTACCACAGCGATGACTACATTAAATTCTTGCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCCGTCCAGATAACATGTCGGAGTACAGCAAGCAGATGCAGAGAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124566 CCATCCGTCCAGATAACATGTCGGAGTACAGCAAGCAGATGCAGAGATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        TCAACGTTGGTGAGGACTGTCCAGTATTCGATGGCCTGTTTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124616 A...AAGTCAACGTTGGTGAGGACTGTCCAGTATTCGATGGCCTGTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTCTGTCAGTTGTCTACTGGTGGTTCTGTGG         CAAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 132353 GTTCTGTCAGTTGTCTACTGGTGGTTCTGTGGGTA...CAGCAAGTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAACTTAATAAGCAGCAGACGGACATCGCTGTGAATTGGGCTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134779 TGAAACTTAATAAGCAGCAGACGGACATCGCTGTGAATTGGGCTGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCACCATGCAAAGAAGTCCGAGGCATCTGGCTTCTGTTACGTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134829 CTGCACCATGCAAAGAAGTCCGAGGCATCTGGCTTCTGTTACGTCAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATCGTCTTGGCCATCCTGGAACTGCTAAA         GTATCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134879 TATCGTCTTGGCCATCCTGGAACTGCTAAAGTA...TAGGTATCACCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGTGCTGTACATTGACATTGATATTCACCATGGTGACGGCGTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135378 GGGTGCTGTACATTGACATTGATATTCACCATGGTGACGGCGTGGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCTTCTACACCACGGACCGGGTCATGACTGTGTCCTTTCATAAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135428 GCCTTCTACACCACGGACCGGGTCATGACTGTGTCCTTTCATAAGTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAGTACTTCCCAGGAACTGGGGACCTACGG         GATATCGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135478 AGAGTACTTCCCAGGAACTGGGGACCTACGGGTG...TAGGATATCGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGGCAAAGGCAAGTATTATGCTGTTAACTACCCGCTCCGAGACGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136909 CTGGCAAAGGCAAGTATTATGCTGTTAACTACCCGCTCCGAGACGGGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGACGAGTCCTATGAGGCCATTTTCAAGCCG         GTCATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136959 GATGACGAGTCCTATGAGGCCATTTTCAAGCCGGTA...TAGGTCATGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAAGTAATGGAGATGTTCCAGCCTAGTGCGGTGGTCTTACAGTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138417 CAAAGTAATGGAGATGTTCCAGCCTAGTGCGGTGGTCTTACAGTGTGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGACTCCCTATCTGGGGATCGGTTAGGTTGCTTCAATCTAACTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138467 CAGACTCCCTATCTGGGGATCGGTTAGGTTGCTTCAATCTAACTATCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         GACACGCCAAGTGTGTGGAATTTGTCAAGAGCTTTAACCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138517 GGTG...AAGGACACGCCAAGTGTGTGGAATTTGTCAAGAGCTTTAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCCTATGCTGATGCTGGGAGGCGGTGGTTACACCATTCGTAACGTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138639 GCCTATGCTGATGCTGGGAGGCGGTGGTTACACCATTCGTAACGTTGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGTGCTGGACATATGAGACAGCTGTGGCCCTGGATACGGAGATCCCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138689 GGTGCTGGACATATGAGACAGCTGTGGCCCTGGATACGGAGATCCCTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 G         AGCTTCCATACAATGACTACTTTGAATACTTTGGACCAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138739 GGTA...CAGAGCTTCCATACAATGACTACTTTGAATACTTTGGACCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTCAAGCTCCACATCAGTCCTTCCAATATGACTAACCAGAACACGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139345 TTTCAAGCTCCACATCAGTCCTTCCAATATGACTAACCAGAACACGAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTACCTGGAGAAGATCAA         ACAGCGACTGTTTGAGAACCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139395 AGTACCTGGAGAAGATCAAGTG...CAGACAGCGACTGTTTGAGAACCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGAATGCTGCCGCACGCACCTGGGGTCCAAATGCAGGCGATTCCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139529 AGAATGCTGCCGCACGCACCTGGGGTCCAAATGCAGGCGATTCCTGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGCCATCCCTGAGGAGAGTGGCGATGAGGACGAAGACGACCCTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139579 CGCCATCCCTGAGGAGAGTGGCGATGAGGACGAAGACGACCCTGACAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCATCTCGA         TCTGCTCCTCTGACAAACGAATTGCCTGTGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 139629 GCATCTCGAGTG...CAGTCTGCTCCTCTGACAAACGAATTGCCTGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAAGAGTTCTCCGATTCTGAAGAGGAGGGAGAGGGGGGCCGCAAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139953 GAAGAGTTCTCCGATTCTGAAGAGGAGGGAGAGGGGGGCCGCAAGAACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTCCAACTTCAAAAAAGCCAAGAGAGTCAAAACAGAGGATGAAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140003 TTCCAACTTCAAAAAAGCCAAGAGAGTCAAAACAGAGGATGAAAAAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGACCCAGAGGAGAAGAAAG         AAGTCACCGAAGAGGAGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 140053 AAGACCCAGAGGAGAAGAAAGGTG...TAGAAGTCACCGAAGAGGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACCAAGGAGGAGAAGCCAGAAGCCAAAGG         GGTCAAGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 140552 ACCAAGGAGGAGAAGCCAGAAGCCAAAGGGTG...CAGGGTCAAGGAGGA

   1550     .    :
   1434 GGTCAAGTTGGCC
        |||||||||||||
 140860 GGTCAAGTTGGCC