seq1 = pF1KB7717.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB7717/gi568815596f_95077480.tfa (gi568815596f:95077480_95282103), 204624 bp

>pF1KB7717 1275
>gi568815596f:95077480_95282103 (Chr2)

1-33  (98748-98780)   100% ->
34-160  (100004-100130)   100% ->
161-274  (102680-102793)   100% ->
275-1275  (103624-104624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTGTGTCTCCGACCACCAGATGCCAG         GAATCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  98748 ATGGCTGCTGTGTCTCCGACCACCAGATGCCAGGTG...CAGGAATCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACATTCGAAGACGTTGCCGTGGTTTTCACAGATGAAGAGTGGAGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GACATTCGAAGACGTTGCCGTGGTTTTCACAGATGAAGAGTGGAGTCGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTCCCCATACAGAGGGACCTCTACAAGGAGGTGATGCTGGAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TGGTCCCCATACAGAGGGACCTCTACAAGGAGGTGATGCTGGAGAACTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACAGCATTGTGTCATTGG         GCCTTCCAGTTCCTCAACCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100112 AACAGCATTGTGTCATTGGGTA...CAGGCCTTCCAGTTCCTCAACCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGATTTTCCAATTGAAGAGAGGGGACAAGCCGTGGATGGTAGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 TGTGATTTTCCAATTGAAGAGAGGGGACAAGCCGTGGATGGTAGATCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGTCTGAGGAGAGAGAATGGCCAGAGAGTGTCTCTCTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102752 ATGGGTCTGAGGAGAGAGAATGGCCAGAGAGTGTCTCTCTAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  ACTGGGAAACTAAGCCTGAGATTCACGATGCTTCAGACAAAAAATCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 GACTGGGAAACTAAGCCTGAGATTCACGATGCTTCAGACAAAAAATCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGATCATTGAGGGAATGCCTTGGAAGGCAAAGTCCTCTGTGTCCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103673 AGGATCATTGAGGGAATGCCTTGGAAGGCAAAGTCCTCTGTGTCCTAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAAGTTCATACACCCAATGGCAGGATGGGAACAGAAAAGCAAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103723 TTGAAGTTCATACACCCAATGGCAGGATGGGAACAGAAAAGCAAAGCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGGGGAGACTCGTAAGAAATCCCTCTCCCGGGACAAAGGCTTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 TCAGGGGAGACTCGTAAGAAATCCCTCTCCCGGGACAAAGGCTTGCGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACGGTCAGCCCTGTCCAGGGAAATTCTCACTAAAGAGAGACACCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 ACGGTCAGCCCTGTCCAGGGAAATTCTCACTAAAGAGAGACACCAGGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGTGACTGTGGGAAGACCTTTTTTGACCACTCATCCCTCACCCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 GCAGTGACTGTGGGAAGACCTTTTTTGACCACTCATCCCTCACCCGCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGAGGACTCACACTGGGGAGAAGCCCTACGACTGCCGCGAGTGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 CAGAGGACTCACACTGGGGAGAAGCCCTACGACTGCCGCGAGTGTGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCCTTCAGCCACAGGAGCAGCCTCAGCAGACATCTGATGTCACACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 AGCCTTCAGCCACAGGAGCAGCCTCAGCAGACATCTGATGTCACACACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGAGAGCCCCTACGAGTGCAGTGTGTGCTCAAAAGCCTTCTTTGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 GGGAGAGCCCCTACGAGTGCAGTGTGTGCTCAAAAGCCTTCTTTGACCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCGTCCCTAACTGTCCATCAGCGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 TCGTCCCTAACTGTCCATCAGCGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTGCAACGAGTGTGGAAAAGCCTTTTTTGACCGTTCATCCCTTACTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 GTGCAACGAGTGTGGAAAAGCCTTTTTTGACCGTTCATCCCTTACTCGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACCAGAGAATTCACACTGGAGAAAGTCCTTATGAATGTCATCAGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 ACCAGAGAATTCACACTGGAGAAAGTCCTTATGAATGTCATCAGTGTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAAGCCTTTAGCCAGAAAAGTATTCTTACTCGCCATCAGCTAATCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 AAAGCCTTTAGCCAGAAAAGTATTCTTACTCGCCATCAGCTAATCCACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGCAGGAAGCCTTATGAGTGTAACGAGTGCGGGAAAGCTTTCTATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 TGGCAGGAAGCCTTATGAGTGTAACGAGTGCGGGAAAGCTTTCTATGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCTCGTCTCTGAATAGACATCAGAAAGCTCATGCTGGGGACCCTCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104323 TCTCGTCTCTGAATAGACATCAGAAAGCTCATGCTGGGGACCCTCGCTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGTGTAACGAGTGTGGCAAAGCTTTCTTTGACCGCTCATCCCTTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 CAGTGTAACGAGTGTGGCAAAGCTTTCTTTGACCGCTCATCCCTTACACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCATCAGAAGATCCACACTGGAGACAAGCCATATGAATGCAGCGAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104423 GCATCAGAAGATCCACACTGGAGACAAGCCATATGAATGCAGCGAATGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGAAAGCCTTTAGCCAGCGGTGCCGGCTCACGCGGCATCAGCGTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104473 GGAAAGCCTTTAGCCAGCGGTGCCGGCTCACGCGGCATCAGCGTGTCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ACGGGAGAGAAGCCCTTTGAATGCACTGTGTGTGGGAAAGTTTTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104523 ACGGGAGAGAAGCCCTTTGAATGCACTGTGTGTGGGAAAGTTTTCAGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AAAATCTTCTGTTATTCAACATCAACGGCGTTACGCCAAACAGGGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104573 AAAATCTTCTGTTATTCAACATCAACGGCGTTACGCCAAACAGGGAATAG

   1300 
   1274 AC
        ||
 104623 AC