seq1 = pF1KB7715.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KB7715/gi568815582f_85803016.tfa (gi568815582f:85803016_86021279), 218264 bp

>pF1KB7715 1278
>gi568815582f:85803016_86021279 (Chr16)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-358  (105975-106158)   100% ->
359-447  (108555-108643)   100% ->
448-553  (110116-110221)   100% ->
554-601  (111458-111505)   100% ->
602-988  (115402-115788)   100% ->
989-1104  (117094-117209)   100% ->
1105-1278  (118091-118264)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGACCGGAATGGTGGTCGGCGGCTTCGACAGTGGCTGATCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGACCGGAATGGTGGTCGGCGGCTTCGACAGTGGCTGATCGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTGACAGTAGCATGTATCCAGGACTGATTTGGGAGAATGAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTGACAGTAGCATGTATCCAGGACTGATTTGGGAGAATGAGGAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATGTTCCGGATCCCTTGGAAACACGCTGGCAAGCAAGATTATAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATGTTCCGGATCCCTTGGAAACACGCTGGCAAGCAAGATTATAATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGTGGATGCCTCCATTTTTAAG         GCCTGGGCAGTTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 GAAGTGGATGCCTCCATTTTTAAGGTA...CAGGCCTGGGCAGTTTTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGAAGTTTAAAGAAGGGGACAAAGCTGAACCAGCCACTTGGAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 AGGGAAGTTTAAAGAAGGGGACAAAGCTGAACCAGCCACTTGGAAGACGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTTACGCTGTGCTTTGAATAAGAGCCCAGATTTTGAGGAAGTGACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 GGTTACGCTGTGCTTTGAATAAGAGCCCAGATTTTGAGGAAGTGACGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGTCCCAACTGGACATTTCCGAGCCATACAAAGTTTACCGAATTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106092 CGGTCCCAACTGGACATTTCCGAGCCATACAAAGTTTACCGAATTGTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGGAAGAGCAAAAAT         GCAAACTAGGCGTGGCAACTGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106142 TGAGGAAGAGCAAAAATGTA...TAGGCAAACTAGGCGTGGCAACTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGCGTGAATGAAGTTACAGAGATGGAGTGCGGTCGCTCTGAAATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108579 GCTGCGTGAATGAAGTTACAGAGATGGAGTGCGGTCGCTCTGAAATCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCTGATCAAGGAG         CCTTCTGTGGACGATTACATGGGGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108629 GAGCTGATCAAGGAGGTA...CAGCCTTCTGTGGACGATTACATGGGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATCAAAAGGAGCCCTTCCCCGCCGGAGGCCTGTCGGAGTCAGCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110142 GATCAAAAGGAGCCCTTCCCCGCCGGAGGCCTGTCGGAGTCAGCTCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGACTGGTGGGCGCAGCAGCCCAGCACAG         GCGTGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110192 CAGACTGGTGGGCGCAGCAGCCCAGCACAGGTG...CAGGCGTGCCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGACGGGGTACACCACCTACGACGCGCACCATTCAG         CATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111469 GTGACGGGGTACACCACCTACGACGCGCACCATTCAGGTA...CAGCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCCAGATGGTGATCAGCTTCTACTATGGGGGCAAGCTGGTGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115406 CTCCCAGATGGTGATCAGCTTCTACTATGGGGGCAAGCTGGTGGGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACCACCACCTGCCCCGAGGGCTGCCGCCTGTCCCTGAGCCAGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115456 CCACCACCACCTGCCCCGAGGGCTGCCGCCTGTCCCTGAGCCAGCCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCCCGGCACCAAGCTGTATGGGCCCGAGGGCCTGGAGCTGGTGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115506 CTGCCCGGCACCAAGCTGTATGGGCCCGAGGGCCTGGAGCTGGTGCGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCGCCGGCCGACGCCATCCCCAGCGAGCGACAGAGGCAGGTGACGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115556 CCCGCCGGCCGACGCCATCCCCAGCGAGCGACAGAGGCAGGTGACGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTGTTCGGGCACCTGGAGCGCGGGGTGCTGCTGCACAGCAGCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115606 AGCTGTTCGGGCACCTGGAGCGCGGGGTGCTGCTGCACAGCAGCCGGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCGTGTTCGTCAAGCGGCTGTGCCAGGGCCGCGTGTTCTGCAGCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115656 GGCGTGTTCGTCAAGCGGCTGTGCCAGGGCCGCGTGTTCTGCAGCGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGCCGTGGTGTGCAAAGGCAGGCCCAACAAGCTGGAGCGTGATGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115706 CGCCGTGGTGTGCAAAGGCAGGCCCAACAAGCTGGAGCGTGATGAGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCAGGTCTTCGACACCAGCCAGTTCTTCCGAG         AGCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115756 TCCAGGTCTTCGACACCAGCCAGTTCTTCCGAGGTC...CAGAGCTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGTTCTATAACAGCCAGGGCCGGCTTCCTGACGGCAGGGTGGTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117102 CAGTTCTATAACAGCCAGGGCCGGCTTCCTGACGGCAGGGTGGTGCTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTTGGGGAAGAGTTTCCGGATATGGCCCCCTTGCGCTCCAAACTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117152 CTTTGGGGAAGAGTTTCCGGATATGGCCCCCTTGCGCTCCAAACTCATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCGTGCAG         ATTGAGCAGCTGTATGTCCGGCAACTGGCAGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117202 TCGTGCAGGTA...TAGATTGAGCAGCTGTATGTCCGGCAACTGGCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGGCTGGGAAGAGCTGTGGAGCCGGCTCTGTGATGCAGGCCCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118124 GAGGCTGGGAAGAGCTGTGGAGCCGGCTCTGTGATGCAGGCCCCCGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCCGCCGCCAGACCAGGTCTTCCGGATGTTTCCAGATATTTGTGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118174 GCCGCCGCCAGACCAGGTCTTCCGGATGTTTCCAGATATTTGTGCCTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACCAGAGATCATTTTTCAGAGAAAACCAACAGATCACCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118224 ACCAGAGATCATTTTTCAGAGAAAACCAACAGATCACCGTC