seq1 = pF1KB7694.tfa, 1239 bp
seq2 = pF1KB7694/gi568815575f_48691110.tfa (gi568815575f:48691110_48894161), 203052 bp

>pF1KB7694 1239
>gi568815575f:48691110_48894161 (ChrX)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-598  (100735-101112)   100% ->
599-744  (101214-101359)   100% ->
745-870  (102063-102188)   100% ->
871-1239  (102684-103052)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCCCTGGCCTGGGGTCCCTGGGGACCTCAGAGCCCCTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTCCCTGGCCTGGGGTCCCTGGGGACCTCAGAGCCCCTCCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGTGGATCCTGCTCTGGTGTCCTCCACACCAGAATCAGGGGTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGTGGATCCTGCTCTGGTGTCCTCCACACCAGAATCAGGGGTTTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCTCTGGGCCTGAGGGCTTGGATGCAGCAGCTTCCTCCACTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCCTCTGGGCCTGAGGGCTTGGATGCAGCAGCTTCCTCCACTGCCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCACAGCCACCGCTGCAGCTGCGGCACTGGCCTACTACAGGGACGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCACAGCCACCGCTGCAGCTGCGGCACTGGCCTACTACAGGGACGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTACAGACACTCCCCAG         TCTTTCAGGTGTACCCATTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTACAGACACTCCCCAGGTA...CAGTCTTTCAGGTGTACCCATTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACTGTATGGAGGGGATCCCAGGGGGCTCACCATATGCCGGCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TCAACTGTATGGAGGGGATCCCAGGGGGCTCACCATATGCCGGCTGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACGGCAAGACGGGGCTCTACCCTGCCTCAACTGTGTGTCCCACCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 TACGGCAAGACGGGGCTCTACCCTGCCTCAACTGTGTGTCCCACCCGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACTCTCCTCCCCAGGCCGTGGAAGATCTGGATGGAAAAGGCAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 GGACTCTCCTCCCCAGGCCGTGGAAGATCTGGATGGAAAAGGCAGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTCCTGGAGACTTTGAAGACAGAGCGGCTGAGCCCAGACCTCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 GCTTCCTGGAGACTTTGAAGACAGAGCGGCTGAGCCCAGACCTCCTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGGACCTGCACTGCCTTCATCACTCCCTGTCCCCAATAGTGCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 CTGGGACCTGCACTGCCTTCATCACTCCCTGTCCCCAATAGTGCTTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCCCTGACTTTTCCAGTACCTTCTTTTCTCCCACCGGGAGCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 GGGCCCTGACTTTTCCAGTACCTTCTTTTCTCCCACCGGGAGCCCCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATTCAGCAGCCTATTCCTCTCCCAAGCTTCGTGGAACTCTCCCCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 ATTCAGCAGCCTATTCCTCTCCCAAGCTTCGTGGAACTCTCCCCCTGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCTGTG         AGGCCAGGGAGTGTGTGAACTGCGGAGCAACAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 CCCTGTGGTG...CAGAGGCCAGGGAGTGTGTGAACTGCGGAGCAACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACTCCACTGTGGCGGAGGGACAGGACAGGCCACTACCTATGCAACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 CACTCCACTGTGGCGGAGGGACAGGACAGGCCACTACCTATGCAACGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCGGCCTCTATCACAAGATGAATGGGCAGAACAGGCCCCTCATCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 GCGGCCTCTATCACAAGATGAATGGGCAGAACAGGCCCCTCATCCGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGAAGCGCCTG         ATTGTCAGTAAACGGGCAGGTACTCAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101348 AAGAAGCGCCTGGTA...TAGATTGTCAGTAAACGGGCAGGTACTCAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCAACTGCCAGACGACCACCACGACACTGTGGCGGAGAAATGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102092 CACCAACTGCCAGACGACCACCACGACACTGTGGCGGAGAAATGCCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGATCCCGTGTGCAATGCCTGCGGCCTCTACTACAAGCTACACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102142 GGGATCCCGTGTGCAATGCCTGCGGCCTCTACTACAAGCTACACCAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871       GTGAACCGGCCACTGACCATGCGGAAGGATGGTATTCAGACTCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 ...CAGGTGAACCGGCCACTGACCATGCGGAAGGATGGTATTCAGACTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAACCGCAAGGCATCTGGAAAAGGGAAAAAGAAACGGGGCTCCAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102728 AAACCGCAAGGCATCTGGAAAAGGGAAAAAGAAACGGGGCTCCAGTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GAGGCACAGGAGCAGCCGAAGGACCAGCTGGTGGCTTTATGGTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102778 GAGGCACAGGAGCAGCCGAAGGACCAGCTGGTGGCTTTATGGTGGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGGGGCAGCGGTAGCGGGAATTGTGGGGAGGTGGCTTCAGGCCTGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 GGGGGCAGCGGTAGCGGGAATTGTGGGGAGGTGGCTTCAGGCCTGACACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGGCCCCCCAGGTACTGCCCATCTCTACCAAGGCCTGGGCCCTGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 GGGCCCCCCAGGTACTGCCCATCTCTACCAAGGCCTGGGCCCTGTGGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGTCAGGGCCTGTTAGCCACCTCATGCCTTTCCCTGGACCCCTACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102928 TGTCAGGGCCTGTTAGCCACCTCATGCCTTTCCCTGGACCCCTACTGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCACCCACGGGCTCCTTCCCCACAGGCCCCATGCCCCCCACCACCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102978 TCACCCACGGGCTCCTTCCCCACAGGCCCCATGCCCCCCACCACCAGCAC

   1250     .    :    .    :    .
   1215 TACTGTGGTGGCTCCGCTCAGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||
 103028 TACTGTGGTGGCTCCGCTCAGCTCA