seq1 = pF1KB7689.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB7689/gi568815594r_184288761.tfa (gi568815594r:184288761_184529064), 240304 bp

>pF1KB7689 1047
>gi568815594r:184288761_184529064 (Chr4)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-187  (109497-109596)   100% ->
188-364  (110357-110533)   100% ->
365-411  (110852-110898)   100% ->
412-529  (120790-120907)   100% ->
530-694  (129986-130150)   100% ->
695-741  (138316-138362)   100% ->
742-1047  (139999-140304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGTGGAAAGGATGCGCATGCGCCCGTGGCTGGAGGAGCAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGTGGAAAGGATGCGCATGCGCCCGTGGCTGGAGGAGCAGATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAACACGATCCCGGGGCTCAAGTGGCTTAACAAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CTCCAACACGATCCCGGGGCTCAAGTGGCTTAACAAGGTG...CAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGATTTTTCAGATCCCCTGGATGCATGCGGCTAGACATGGGTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109501 AGAAGATTTTTCAGATCCCCTGGATGCATGCGGCTAGACATGGGTGGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAAAAAGATGCACCACTCTTTAGAAACTGGGCAATCCATACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109551 GTGGAAAAAGATGCACCACTCTTTAGAAACTGGGCAATCCATACAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GAAAGCATCAACCAGGAGTAGATAAACCTGATCCCAAAACATGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109601 ..TAGGAAAGCATCAACCAGGAGTAGATAAACCTGATCCCAAAACATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCGAATTTCAGATGCGCCATGAATTCCTTGCCTGATATTGAAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110402 AGGCGAATTTCAGATGCGCCATGAATTCCTTGCCTGATATTGAAGAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGATAAAAGCATAAAGAAAGGAAATAATGCCTTCAGGGTCTACCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110452 AAGGATAAAAGCATAAAGAAAGGAAATAATGCCTTCAGGGTCTACCGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGCCCCTATCAGAACGGCCTTCTAAGAAAG         GAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110502 GCTGCCCCTATCAGAACGGCCTTCTAAGAAAGGTA...CAGGAAAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAAAGACAGAAAAAGAAGACAAAGTTAAGCACATCAAG         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110861 CAAAGACAGAAAAAGAAGACAAAGTTAAGCACATCAAGGTA...TAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAACCAGTTGAGTCATCTCTGGGGCTTAGTAATGGAGTAAGTGATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120793 GAACCAGTTGAGTCATCTCTGGGGCTTAGTAATGGAGTAAGTGATCTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCTGAGTATGCGGTCCTGACTTCAACTATAAAAAATGAAGTGGATAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120843 TCCTGAGTATGCGGTCCTGACTTCAACTATAAAAAATGAAGTGGATAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGTGAACATCATAG         TTGTAGGACAGTCCCATCTGGACAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120893 CGGTGAACATCATAGGTA...AAGTTGTAGGACAGTCCCATCTGGACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACATTGAGAATCAAGAGATTGTCACCAATCCGCCAGACATTTGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130012 AACATTGAGAATCAAGAGATTGTCACCAATCCGCCAGACATTTGCCAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTAGAGGTGACCACTGAGAGCGACGAGCAGCCGGTCAGCATGAGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130062 TGTAGAGGTGACCACTGAGAGCGACGAGCAGCCGGTCAGCATGAGCGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTACCCTCTGCAGATCTCCCCCGTGTCTTCCTATGCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 130112 TCTACCCTCTGCAGATCTCCCCCGTGTCTTCCTATGCAGGTA...CAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCGAAACGACTGATAGTGTGCCCAGCGATGAAGAGAGTGCCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138318 AGCGAAACGACTGATAGTGTGCCCAGCGATGAAGAGAGTGCCGAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742     GGGCGGCCACACTGGCGGAAGAGGAATATTGAAGGCAAACAGTACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138368 .AAGGGGCGGCCACACTGGCGGAAGAGGAATATTGAAGGCAAACAGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCAGCAACATGGGGACTCGAGGCTCCTACCTGCTGCCCGGCATGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140045 TCAGCAACATGGGGACTCGAGGCTCCTACCTGCTGCCCGGCATGGCGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCGTCACTTCCAACAAACCGGACCTCCAGGTCACCATCAAAGAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140095 TTCGTCACTTCCAACAAACCGGACCTCCAGGTCACCATCAAAGAGGAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATCCGGTGCCTTACAACAGCTCCTGGCCCCCTTTTCAAGACCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140145 CAATCCGGTGCCTTACAACAGCTCCTGGCCCCCTTTTCAAGACCTCCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTCTTCCTCCATGACCCCAGCATCCAGCAGCAGTCGGCCAGACCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140195 TTTCTTCCTCCATGACCCCAGCATCCAGCAGCAGTCGGCCAGACCGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCCGGGCCAGCGTCATCAAGAAAACATCGGATATCACCCAGGCCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140245 ACCCGGGCCAGCGTCATCAAGAAAACATCGGATATCACCCAGGCCCGCGT

   1100     .    :
   1038 CAAGAGCTGT
        ||||||||||
 140295 CAAGAGCTGT