seq1 = pF1KB7686.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KB7686/gi568815583f_71710744.tfa (gi568815583f:71710744_71917681), 206938 bp

>pF1KB7686 1230
>gi568815583f:71710744_71917681 (Chr15)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-245  (100740-100866)   100% ->
246-349  (101023-101126)   100% ->
350-571  (101212-101433)   100% ->
572-747  (101593-101768)   100% ->
748-994  (102646-102892)   100% ->
995-1100  (103269-103374)   100% ->
1101-1230  (106809-106938)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCAGACCAACAGCTCTGATGAGCTCCACAGTGGCTGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCAGACCAACAGCTCTGATGAGCTCCACAGTGGCTGCAGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCAGCTGGGGCTGCCTCCAGGAAGGAGTCTCCAGGCAGATGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGCAGCTGGGGCTGCCTCCAGGAAGGAGTCTCCAGGCAGATGGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGGAGGATCCCACAG         GCGTGAGCCCCTCGCTCCAGTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGGAGGATCCCACAGGTA...CAGGCGTGAGCCCCTCGCTCCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCGTGTGCGGAGACAGCAGCAGCGGGAAGCACTATGGCATCTATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100763 CGCGTGTGCGGAGACAGCAGCAGCGGGAAGCACTATGGCATCTATGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACGGCTGCAGCGGCTTCTTCAAGAGGAGCGTACGGCGGAGGCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100813 CAACGGCTGCAGCGGCTTCTTCAAGAGGAGCGTACGGCGGAGGCTCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAG         GTGCCAGGTGGGGGCAGGGATGTGCCCCGTGGACAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100863 ACAGGTG...CAGGTGCCAGGTGGGGGCAGGGATGTGCCCCGTGGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCACCGCAACCAGTGCCAGGCCTGCCGGCTGAAGAAGTGCCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 GCCCACCGCAACCAGTGCCAGGCCTGCCGGCTGAAGAAGTGCCTGCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGATGAACCAGGACG         CCGTGCAGAACGAGCGCCAGCCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101110 GGGGATGAACCAGGACGGTG...CAGCCGTGCAGAACGAGCGCCAGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAGCACAGCCCAGGTCCACCTGGACAGCATGGAGTCCAACACTGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 GAAGCACAGCCCAGGTCCACCTGGACAGCATGGAGTCCAACACTGAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGCCGGAGTCCCTGGTGGCTCCCCCGGCCCCGGCAGGGCGCAGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 CGGCCGGAGTCCCTGGTGGCTCCCCCGGCCCCGGCAGGGCGCAGCCCACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCCCCACACCCATGTCTGCAGCCAGAGCCCTGGGCCACCACTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101336 GGGCCCCACACCCATGTCTGCAGCCAGAGCCCTGGGCCACCACTTCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGCCTTATAACAGCTGAAACCTGTGCTAAGCTGGAGCCAGAGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101386 CCAGCCTTATAACAGCTGAAACCTGTGCTAAGCTGGAGCCAGAGGATGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        CTGATGAGAATATTGATGTCACCAGCAATGACCCTGAGTTCCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101436 G...CAGCTGATGAGAATATTGATGTCACCAGCAATGACCCTGAGTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCTCTCCATACTCCTCTTCCTCCCCCTGCGGCCTGGACAGCATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101636 CTCCTCTCCATACTCCTCTTCCTCCCCCTGCGGCCTGGACAGCATCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGACCTCGGCTCGCCTACTCTTCATGGCCGTCAAGTGGGCCAAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101686 AGACCTCGGCTCGCCTACTCTTCATGGCCGTCAAGTGGGCCAAGAACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTGTGTTCTCCAGCCTGCCCTTCCGGGATCAG         GTGATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101736 CCTGTGTTCTCCAGCCTGCCCTTCCGGGATCAGGTA...CAGGTGATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTGGAAGAGGCGTGGAGTGAACTCTTTCTCCTCGGGGCCATCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102654 GCTGGAAGAGGCGTGGAGTGAACTCTTTCTCCTCGGGGCCATCCAGTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCTGCCTCTGGACAGCTGTCCTCTGCTGGCACCGCCCGAGGCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102704 CTCTGCCTCTGGACAGCTGTCCTCTGCTGGCACCGCCCGAGGCCTCTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCGGTGGTGCCCAGGGCCGGCTCACGCTGGCCAGCATGGAGACGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102754 GCCGGTGGTGCCCAGGGCCGGCTCACGCTGGCCAGCATGGAGACGCGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGCAGGAAACTATCTCTCGGTTCCGGGCATTGGCGGTGGACCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102804 CCTGCAGGAAACTATCTCTCGGTTCCGGGCATTGGCGGTGGACCCCACGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGTTTGCCTGCATGAAGGCCTTGGTCCTCTTCAAGCCAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102854 AGTTTGCCTGCATGAAGGCCTTGGTCCTCTTCAAGCCAGGTA...CAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGCGGGGCCTGAAGGATCCTGAGCACGTAGAGGCCTTGCAGGACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103271 ACGCGGGGCCTGAAGGATCCTGAGCACGTAGAGGCCTTGCAGGACCAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAAGTGATGCTGAGCCAGCACAGCAAGGCCCACCACCCCAGCCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103321 CCAAGTGATGCTGAGCCAGCACAGCAAGGCCCACCACCCCAGCCAGCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGAG         GTTTGGGAAATTGCTCCTGCTCCTCCCGTCTTTGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103371 TGAGGTG...CAGGTTTGGGAAATTGCTCCTGCTCCTCCCGTCTTTGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTTATCACTGCGGAACGCATCGAGCTCCTCTTTTTCCGCAAGACCATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106846 TTTATCACTGCGGAACGCATCGAGCTCCTCTTTTTCCGCAAGACCATAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAATACTCCAATGGAGAAGCTCCTTTGTGATATGTTCAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106896 GAATACTCCAATGGAGAAGCTCCTTTGTGATATGTTCAAAAAC