seq1 = pF1KB7680.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KB7680/gi568815592f_33108823.tfa (gi568815592f:33108823_33312396), 203574 bp

>pF1KB7680 1218
>gi568815592f:33108823_33312396 (Chr6)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-239  (100804-100964)   100% ->
240-455  (101093-101308)   100% ->
456-845  (102336-102725)   100% ->
846-1119  (102907-103180)   100% ->
1120-1218  (103476-103574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGACGCCGGCGAATGCCCAGAATGCCAGCAAAACGTGGGAACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGACGCCGGCGAATGCCCAGAATGCCAGCAAAACGTGGGAACTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGTATGAGCTGCACCGGACCCCGCAG         GAAGCCATAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TCTGTATGAGCTGCACCGGACCCCGCAGGTG...CAGGAAGCCATAATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGCACAGAGATTGCTGTTTCCCCTCGGTCACTGCATTCAGAACTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 ATGGCACAGAGATTGCTGTTTCCCCTCGGTCACTGCATTCAGAACTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCCTATCTGCCTGGACATGCTGAAGAATACGATGACCACCAAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 TGCCCTATCTGCCTGGACATGCTGAAGAATACGATGACCACCAAGGAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCCACAGATTCTGCTCTGACTGCATTGTCACAGCCCTACGGAGCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100917 CCTCCACAGATTCTGCTCTGACTGCATTGTCACAGCCCTACGGAGCGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        GAACAAGGAGTGTCCTACCTGCCGAAAGAAGCTGGTGTCCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 A...CAGGAACAAGGAGTGTCCTACCTGCCGAAAGAAGCTGGTGTCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGATCCCTACGGCCAGACCCCAACTTTGATGCCCTGATCTCTAAGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101136 CGATCCCTACGGCCAGACCCCAACTTTGATGCCCTGATCTCTAAGATCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTAGCCGGGAGGAATACGAGGCCCATCAAGACCGAGTGCTTATCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101186 TCCTAGCCGGGAGGAATACGAGGCCCATCAAGACCGAGTGCTTATCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGCCGCCTGCACAACCAGCAGGCATTGAGCTCCAGCATTGAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 TGAGCCGCCTGCACAACCAGCAGGCATTGAGCTCCAGCATTGAGGAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTACGCATGCAGGCCATGCACAG         GGCCCAGCGTGTGAGGCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101286 CTACGCATGCAGGCCATGCACAGGTG...CAGGGCCCAGCGTGTGAGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCGATACCAGGGTCAGATCAGACCACAACGATGAGTGGGGGGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102354 GCCGATACCAGGGTCAGATCAGACCACAACGATGAGTGGGGGGGAAGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCCCGGGGAGGGAGAAGGGGATGGAGAAGATGTGAGCTCAGACTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102404 AGCCCGGGGAGGGAGAAGGGGATGGAGAAGATGTGAGCTCAGACTCCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTGACTCTGCCCCAGGCCCTGCTCCCAAGCGACCCCGTGGAGGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102454 CCTGACTCTGCCCCAGGCCCTGCTCCCAAGCGACCCCGTGGAGGGGGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGGGGGGAGCAGTGTAGGGACAGGGGGAGGCGGCACTGGTGGGGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102504 AGGGGGGAGCAGTGTAGGGACAGGGGGAGGCGGCACTGGTGGGGTGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGGTGCCGGTTCGGAAGACTCTGGTGACCGGGGAGGGACTCTGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102554 GGGGTGCCGGTTCGGAAGACTCTGGTGACCGGGGAGGGACTCTGGGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGAACGCTGGGCCCCCCAAGCCCTCCTGGGGCCCCCAGCCCCCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102604 GGAACGCTGGGCCCCCCAAGCCCTCCTGGGGCCCCCAGCCCCCCAGAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGTGGAGAAATTGAGCTCGTGTTCCGGCCCCACCCCCTGCTCGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102654 AGGTGGAGAAATTGAGCTCGTGTTCCGGCCCCACCCCCTGCTCGTGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGGAGAATACTGCCAGACGAG         GTATGTGAAGACAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102704 AGGGAGAATACTGCCAGACGAGGTG...CAGGTATGTGAAGACAACTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATGCCACAGTGGACCACCTCTCCAAGTACTTGGCCCTGCGCATTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 AATGCCACAGTGGACCACCTCTCCAAGTACTTGGCCCTGCGCATTGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAGCGGAGGCAACAGCAGGAAGCAGGGGAGCCAGGAGGGCCTGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 CGAGCGGAGGCAACAGCAGGAAGCAGGGGAGCCAGGAGGGCCTGGAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCGCCTCTGACACCGGAGGACCTGATGGGTGTGGCGGGGAGGGTGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 GCGCCTCTGACACCGGAGGACCTGATGGGTGTGGCGGGGAGGGTGGGGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCGGAGGAGGTGACGGTCCTGAGGAGCCTGCTTTGCCCAGCCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 GCCGGAGGAGGTGACGGTCCTGAGGAGCCTGCTTTGCCCAGCCTGGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CGTCAGTGAAAAGCAGTACACCATCTACATCGCACCTGGAGGCGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103126 CGTCAGTGAAAAGCAGTACACCATCTACATCGCACCTGGAGGCGGGGCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCACG         ACGTTGAATGGCTCGCTGACCCTGGAGCTGGTGAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103176 TCACGGTG...CAGACGTTGAATGGCTCGCTGACCCTGGAGCTGGTGAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAGAAATTCTGGAAGGTGTCCCGGCCACTGGAGCTGTGCTATGCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 GAGAAATTCTGGAAGGTGTCCCGGCCACTGGAGCTGTGCTATGCTCCCAC

   1250     .    :
   1206 CAAGGATCCAAAG
        |||||||||||||
 103562 CAAGGATCCAAAG