seq1 = pF1KB7646.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB7646/gi568815587r_18380549.tfa (gi568815587r:18380549_18626816), 246268 bp

>pF1KB7646 1170
>gi568815587r:18380549_18626816 (Chr11)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-127  (107214-107298)   100% ->
128-193  (110653-110718)   100% ->
194-357  (111976-112139)   100% ->
358-481  (117152-117275)   100% ->
482-548  (119894-119960)   100% ->
549-640  (124240-124331)   100% ->
641-843  (142745-142947)   100% ->
844-1083  (144948-145187)   100% ->
1084-1170  (146182-146268)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGTCGGAGAGCCAGCTCAAGAAAATGGTGTCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCGGTGTCGGAGAGCCAGCTCAAGAAAATGGTGTCCAAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  TACAAATACAGAGACCTAACTGTACGTGAAACTGTCAATGTTATTACTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107213 GTACAAATACAGAGACCTAACTGTACGTGAAACTGTCAATGTTATTACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATACAAAGATCTCAAACCTGTTTTGGATTCATATG         TTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107263 TATACAAAGATCTCAAACCTGTTTTGGATTCATATGGTG...CAGTTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACGATGGCAGTTCCAGGGAACTAATGAACCTCACTGGAACAATCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110658 AACGATGGCAGTTCCAGGGAACTAATGAACCTCACTGGAACAATCCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCTTATAGAG         GTAATACATACAATATTCCAATATGCCTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 110708 GCCTTATAGAGGTA...CAGGTAATACATACAATATTCCAATATGCCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGCTACTGGACACATACCCATATAATCCCCCTATCTGTTTTGTTAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112006 GGCTACTGGACACATACCCATATAATCCCCCTATCTGTTTTGTTAAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTAGTTCAATGACTATTAAAACAGGAAAGCATGTTGATGCAAATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112056 ACTAGTTCAATGACTATTAAAACAGGAAAGCATGTTGATGCAAATGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATATATCTTCCTTATCTACATGAATGGAAACAC         CCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112106 GATATATCTTCCTTATCTACATGAATGGAAACACGTA...TAGCCACAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGACTTGTTGGGGCTTATTCAGGTCATGATTGTGGTATTTGGAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117159 CAGACTTGTTGGGGCTTATTCAGGTCATGATTGTGGTATTTGGAGATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTCCAGTCTTCTCTCGTCCTATTTCGGCATCCTATCCGCCATACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117209 CCTCCAGTCTTCTCTCGTCCTATTTCGGCATCCTATCCGCCATACCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACGGGGCCACCAAATA         CTTCCTACATGCCAGGCATGCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117259 AACGGGGCCACCAAATAGTA...TAGCTTCCTACATGCCAGGCATGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGGAATCTCTCCATACCCATCCGGATACCCTCCCAATCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119918 GTGGAATCTCTCCATACCCATCCGGATACCCTCCCAATCCCAGGTA...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549   TGGTTACCCAGGCTGTCCTTACCCACCTGGTGGTCCATATCCTGCCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124238 AGTGGTTACCCAGGCTGTCCTTACCCACCTGGTGGTCCATATCCTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACAAGTTCTCAGTACCCTTCTCAGCCTCCTGTGACCACTGTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124288 AACAAGTTCTCAGTACCCTTCTCAGCCTCCTGTGACCACTGTTGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641    GTCCCAGTAGGGATGGCACAATCAGCGAGGACACCATCCGAGCCTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142742 CAGGTCCCAGTAGGGATGGCACAATCAGCGAGGACACCATCCGAGCCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTCATCTCTGCGGTCAGTGACAAACTGAGATGGCGGATGAAGGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142792 CTCATCTCTGCGGTCAGTGACAAACTGAGATGGCGGATGAAGGAGGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGATCGTGCCCAGGCAGAGCTCAATGCCTTGAAACGAACAGAAGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142842 GGATCGTGCCCAGGCAGAGCTCAATGCCTTGAAACGAACAGAAGAAGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGAAAAAGGGTCACCAGAAACTGGAAGAGATGGTTACCCGTTTAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142892 TGAAAAAGGGTCACCAGAAACTGGAAGAGATGGTTACCCGTTTAGATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAGTA         GCCGAGGTTGATAAAAACATAGAACTTTTGAAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142942 GAAGTAGTA...CAGGCCGAGGTTGATAAAAACATAGAACTTTTGAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAAGGATGAAGAACTCAGTTCTGCTCTGGAAAAAATGGAAAATCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144983 GAAGGATGAAGAACTCAGTTCTGCTCTGGAAAAAATGGAAAATCAGTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAACAATGATATCGATGAAGTTATCATTCCCACAGCTCCCTTATACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145033 AAAACAATGATATCGATGAAGTTATCATTCCCACAGCTCCCTTATACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGATCCTGAATCTGTATGCAGAAGAAAACGCTATTGAAGACACTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145083 CAGATCCTGAATCTGTATGCAGAAGAAAACGCTATTGAAGACACTATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTACTTGGGAGAAGCCTTGAGAAGGGGCGTGATAGACCTGGATGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145133 TTACTTGGGAGAAGCCTTGAGAAGGGGCGTGATAGACCTGGATGTCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAG         CATGTACGTCTTCTGTCCCGTAAACAGTTCCAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145183 TGAAGGTA...CAGCATGTACGTCTTCTGTCCCGTAAACAGTTCCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGGGCACTAATGCAAAAAGCAAGAAAGACTGCCGGTCTCAGTGACCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146218 AGGGCACTAATGCAAAAAGCAAGAAAGACTGCCGGTCTCAGTGACCTCTA

   1250 
   1170 C
        |
 146268 C