seq1 = pF1KB7645.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB7645/gi568815596r_172000546.tfa (gi568815596r:172000546_172202538), 201993 bp

>pF1KB7645 984
>gi568815596r:172000546_172202538 (Chr2)

(complement)

1-400  (100001-100400)   100% ->
401-585  (100893-101077)   100% ->
586-984  (101595-101993)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGGAGTCTTTGACAGTCTAGTGGCTGATATGCACTCGACCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGGAGTCTTTGACAGTCTAGTGGCTGATATGCACTCGACCCAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCCTCCAGCACGTACCACCAGCACCAGCAGCCCCCGAGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCCTCCAGCACGTACCACCAGCACCAGCAGCCCCCGAGCGGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCGGCCCGGGTGGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTCCACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCCGGCCCGGGTGGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTCCACAAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAGTCGCCCACCCTTCCGGTGTCCACCGCCACCGACAGCAGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGAGTCGCCCACCCTTCCGGTGTCCACCGCCACCGACAGCAGCTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCAACCAGCAGCACCCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGGGGCTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCAACCAGCAGCACCCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGGGGCTCGCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCGCACATGGGTTCCTACCAGTACCAAGCCAGCGGCCTCAACAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCGCACATGGGTTCCTACCAGTACCAAGCCAGCGGCCTCAACAACGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTTACTCCGCCAAGAGCAGCTATGACCTGGGCTACACCGCCGCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTTACTCCGCCAAGAGCAGCTATGACCTGGGCTACACCGCCGCCTACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCTACGCTCCCTATGGAACCAGTTCGTCCCCAGCCAACAACGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCTACGCTCCCTATGGAACCAGTTCGTCCCCAGCCAACAACGAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401          AGAAGGAGGACCTTGAGCCTGAAATTCGGATAGTGAACGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTA...CAGAGAAGGAGGACCTTGAGCCTGAAATTCGGATAGTGAACGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCCAAAGAAAGTCCGGAAACCCCGCACCATCTACTCCAGTTTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100934 AAGCCAAAGAAAGTCCGGAAACCCCGCACCATCTACTCCAGTTTCCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCGGCTCTTCAGCGGCGTTTCCAAAAGACTCAATACTTGGCCTTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100984 GGCGGCTCTTCAGCGGCGTTTCCAAAAGACTCAATACTTGGCCTTGCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCGAGCCGAGCTGGCGGCCTCTCTGGGCCTCACCCAGACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101034 AGCGAGCCGAGCTGGCGGCCTCTCTGGGCCTCACCCAGACTCAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586    GTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCCGGTCCAAGTTCAAGAAGATGTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101592 AAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGCCGGTCCAAGTTCAAGAAGATGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAAAGTGGTGAGATCCCCTCGGAGCAGCACCCTGGGGCCAGCGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101642 GAAAAGTGGTGAGATCCCCTCGGAGCAGCACCCTGGGGCCAGCGCTTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACCTTGTGCTTCGCCGCCAGTCTCAGCGCCGGCCTCCTGGGACTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101692 CACCTTGTGCTTCGCCGCCAGTCTCAGCGCCGGCCTCCTGGGACTTTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTGCCGCAGCGGATGGCGGGCGGCGGTGGTCCGGGCAGTGGCGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101742 GTGCCGCAGCGGATGGCGGGCGGCGGTGGTCCGGGCAGTGGCGGCAGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGCCGGCAGCTCGGGCTCCAGCCCGAGCAGCGCGGCCTCGGCTTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 CGCCGGCAGCTCGGGCTCCAGCCCGAGCAGCGCGGCCTCGGCTTTTCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAACTACCCCTGGTACCACCAGACCTCGGGATCCGCCTCACACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101842 GCAACTACCCCTGGTACCACCAGACCTCGGGATCCGCCTCACACCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCACGGCGCCGCTGCTGCACCCCACTCAGACCCCGCAGCCGCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 GCCACGGCGCCGCTGCTGCACCCCACTCAGACCCCGCAGCCGCATCACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCACCACCATCACGGCGGCGGGGGCGCCCCGGTGAGCGCGGGGACGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101942 CCACCACCATCACGGCGGCGGGGGCGCCCCGGTGAGCGCGGGGACGATTT

   1000 
    983 TC
        ||
 101992 TC