seq1 = pF1KB7638.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB7638/gi568815592f_31447695.tfa (gi568815592f:31447695_31658608), 210914 bp

>pF1KB7638 1143
>gi568815592f:31447695_31658608 (Chr6)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-334  (100469-100745)   100% ->
335-556  (109934-110155)   100% ->
557-1143  (110328-110914)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAACCCCTCCCCCCAGGTTCCAGAGGAAGAAGCCTCCACATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAACCCCTCCCCCCAGGTTCCAGAGGAAGAAGCCTCCACATCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCGG         CCCAAGAGTTCCATGGCCTCCACTTCCCGCCGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCGGGTA...CAGCCCAAGAGTTCCATGGCCTCCACTTCCCGCCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACGCCGAGAACGTCGCTTTCGTCGTTACTTGTCTGCAGGACGGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 AACGCCGAGAACGTCGCTTTCGTCGTTACTTGTCTGCAGGACGGCTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGCCCAGGCCCTCCTCCAGCGACACCCAGGCCTCGATGTAGATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100553 CGGGCCCAGGCCCTCCTCCAGCGACACCCAGGCCTCGATGTAGATGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCCCCCACCACTGCACCGGGCCTGTGCCCGCCACGATGCCCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100603 GCAGCCCCCACCACTGCACCGGGCCTGTGCCCGCCACGATGCCCCTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGCCTGCTGCTTCGGCTCGGGGCTGACCCTGCCCACCAGGACCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 TGTGCCTGCTGCTTCGGCTCGGGGCTGACCCTGCCCACCAGGACCGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGGACACGGCACTGCATGCTGCTGCCCGCCAGGGCCCAGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100703 GGGGACACGGCACTGCATGCTGCTGCCCGCCAGGGCCCAGATGGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   CCTACACCGATTTCTTCCTCCCGCTGCTAAGCCGCTGTCCCTCCGCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109932 AGCCTACACCGATTTCTTCCTCCCGCTGCTAAGCCGCTGTCCCTCCGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGGAATAAAGAATAAGGATGGGGAGACCCCTGGCCAAATTTTGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109982 TGGGAATAAAGAATAAGGATGGGGAGACCCCTGGCCAAATTTTGGGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGACCCCCCTGGGATTCTGCTGAAGAGGAGGAAGAAGATGATGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110032 GGACCCCCCTGGGATTCTGCTGAAGAGGAGGAAGAAGATGATGCCTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGCGGGAATGGAGACAGAAGCTCCAGGGTGAGCTGGAGGACGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110082 GGAGCGGGAATGGAGACAGAAGCTCCAGGGTGAGCTGGAGGACGAGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGAAGTCATGGGGAGGTTTGAAG         GTGATGCCTCCCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110132 AGGAAGTCATGGGGAGGTTTGAAGGTG...CAGGTGATGCCTCCCATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCCAGGAACCTGAGTCCTTCTCAGCCTGGTCAGATCGCCTGGCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110345 ACCCAGGAACCTGAGTCCTTCTCAGCCTGGTCAGATCGCCTGGCCCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACATGCCCAGAAGTGCCAGCAGCAGCAGCGAGAAGCAGAGGGATCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 110395 ACATGCCCAGAAGTGCCAGCAGCAGCAGCGAGAAGCAGAGGGATCCCGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GACCCCCACGTGCTGAGGGCTCCAGCCAGAGCTGGCGACAGCAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110445 GACCCCCACGTGCTGAGGGCTCCAGCCAGAGCTGGCGACAGCAGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCAGCGGCTCTTCAGGGAGCGAGCCCGGGCCAAGGAGGAAGAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110495 GAGCAGCGGCTCTTCAGGGAGCGAGCCCGGGCCAAGGAGGAAGAGCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGAGAGCCGAGCCAGGAGGGCGCAGGAGGCTCTAGGGGACCGAGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110545 TGAGAGCCGAGCCAGGAGGGCGCAGGAGGCTCTAGGGGACCGAGAACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCCAACCAGGGCCGGGCCCAGGGAAGAGCACCCCAGAGGAGCGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110595 AGCCAACCAGGGCCGGGCCCAGGGAAGAGCACCCCAGAGGAGCGGGGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGCAGCCTCTGGCGATTTGGTGATGTGCCCTGGCCCTGCCCTGGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110645 GGCAGCCTCTGGCGATTTGGTGATGTGCCCTGGCCCTGCCCTGGGGGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGACCCAGAGGCCATGGCTGCAGCCCTGGTGGCCAGGGGCCCCCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110695 GGACCCAGAGGCCATGGCTGCAGCCCTGGTGGCCAGGGGCCCCCCTTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGAACAGGGGGCTCTGAGGAGGTACTTGAGGGTCCAGCAGGTCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110745 AGGAACAGGGGGCTCTGAGGAGGTACTTGAGGGTCCAGCAGGTCCGCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CACCCTGACCGCTTCCTGCAGCGATTCCGAAGCCAGATTGAGACCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110795 CACCCTGACCGCTTCCTGCAGCGATTCCGAAGCCAGATTGAGACCTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCTGGGCCGTGTGATGGGAGCAGTGACAGCCCTTTCTCAGGCCCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110845 GCTGGGCCGTGTGATGGGAGCAGTGACAGCCCTTTCTCAGGCCCTGAATC

   1150     .    :    .    :
   1124 GCCATGCAGAGGCCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||
 110895 GCCATGCAGAGGCCCTCAAG