seq1 = pF1KB7450.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KB7450/gi568815587f_5251508.tfa (gi568815587f:5251508_5452443), 200936 bp

>pF1KB7450 936
>gi568815587f:5251508_5452443 (Chr11)

1-936  (100001-100936)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTCAATAAGTCTGCTTCCACCTTCCAGCTTACTGGCTTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTCAATAAGTCTGCTTCCACCTTCCAGCTTACTGGCTTCCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGAGAAGGCACATCACTGGATATTCATCCCATTATTGGCAGCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGAGAAGGCACATCACTGGATATTCATCCCATTATTGGCAGCCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCATACTTCTTGGCAATGGCACTCTTCTCTTTCTCATCAGGAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCATACTTCTTGGCAATGGCACTCTTCTCTTTCTCATCAGGAATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATAACCTCCATGAGCCCATGTACTATTTCTTAGCTATGTTGGCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATAACCTCCATGAGCCCATGTACTATTTCTTAGCTATGTTGGCAGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACCTCGGAGTGACATTGACCACAATGCCCACAGTGCTAGGTGTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGACCTCGGAGTGACATTGACCACAATGCCCACAGTGCTAGGTGTTCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGTTAGATCACAGGGAGATTGGCCATGGAGCCTGCTTCTCTCAGGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTTAGATCACAGGGAGATTGGCCATGGAGCCTGCTTCTCTCAGGCCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCCATACTCTTTCTGTCATGGAGTCAGGTGTCTTGCTTGCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATCCATACTCTTTCTGTCATGGAGTCAGGTGTCTTGCTTGCCATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTATGACTGTTTCATTACCATCCGCAGCCCCTTAAGATATACCTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTATGACTGTTTCATTACCATCCGCAGCCCCTTAAGATATACCTCTATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACCAACACCCAGGTAATGAAGATTGGTGTGCGGGTATTGACAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACCAACACCCAGGTAATGAAGATTGGTGTGCGGGTATTGACAAGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTCTGTCCATTATGCCAATAGTTGTTCGCCTACACTGGTTTCCCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTCTGTCCATTATGCCAATAGTTGTTCGCCTACACTGGTTTCCCTACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCGATCCCATGTACTCTCCCATGCTTTCTGTCTACACCAAGATGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCGATCCCATGTACTCTCCCATGCTTTCTGTCTACACCAAGATGTCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTAGCCTGTGCTGACATCACCTTCAACCGTCTCTATCCAGTTGTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTAGCCTGTGCTGACATCACCTTCAACCGTCTCTATCCAGTTGTAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTATTTGCAATGGTCTTGTTGGACTTTCTCATCATCTTTTTCTCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTATTTGCAATGGTCTTGTTGGACTTTCTCATCATCTTTTTCTCCTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTGATTCTCAAGACTGTCATGGGCATTGGTTCTGGAGGAGAAAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTGATTCTCAAGACTGTCATGGGCATTGGTTCTGGAGGAGAAAGGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCCTCAACACATGTGTCTCTCATATCTGCTGCATCCTGGTCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCCTCAACACATGTGTCTCTCATATCTGCTGCATCCTGGTCTTCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCACTGTAGTTTGTCTGACATTTATTCATAGGTTTGGAAAGCATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCACTGTAGTTTGTCTGACATTTATTCATAGGTTTGGAAAGCATGTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCATGTCGTTCACATCACAATGAGCTACATCCACTTCCTTTTCCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCATGTCGTTCACATCACAATGAGCTACATCCACTTCCTTTTCCCACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTATGAACCCATTTATCTATAGCATTAAAACTAAGCAGATTCAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTATGAACCCATTTATCTATAGCATTAAAACTAAGCAGATTCAGAGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .
    901 ATACTTCGTTTATTCTCTCTGCCTCACTCTAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATACTTCGTTTATTCTCTCTGCCTCACTCTAGAGCA