seq1 = pF1KB7448.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KB7448/gi568815587f_4486891.tfa (gi568815587f:4486891_4594038), 107148 bp

>pF1KB7448 972
>gi568815587f:4486891_4594038 (Chr11)

1-972  (100001-100972)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGTCCAGCTTACAACCACACAATGGAAACCCCTGCCTCCTTCCT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGTCCAGCTTATAACCACACAATGGAAACCCCTGCCTCCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTGTGGGTATCCCAGGACTGCAATCTTCACATCTTTGGCTGGCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTGTGGGTATCCCAGGACTGCAATCTTCACATCTTTGGCTGGCTATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGAGTGCCATGTACATCACAGCCCTGTTAGGAAACACCCTCATCGTG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
 100101 CACTGAGTGCCATGTACATCATAGCCCTGTTAGGAAACACCATCATCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGCAATCTGGATGGATTCCACTCGGCATGAGCCCATGTATTGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTGCAATCTGGATGGATTCCACTCGGCATGAGCCCATGTATTGCTTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGTGTTCTGGCTGCTGTGGACATTGTTATGGCCTCCTCCGTGGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100201 GTGTGTTCTGGCTGCTGTGGACATTGTTATGGCCTCCTCGGTGGTACCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATGGTGAGCATCTTCTGCTCGGGAGACAGCTCCATCAGCTTTAGTGCT
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
 100251 AGATGGTGAGCATCTTCTGCTCAGGAGACAGCTCAATCAGCTTTAGTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTTTCACTCAGATGTTTTTTGTCCACTTAGCCACAGCTGTGGAGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTTTCACTCAGATGTTTTTTGTCCACTTAGCCACAGCTGTGGAGACGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTGCTGACCATGGCTTTTGACCGCTATGTAGCCATCTGCAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCTGCTGACCATGGCTTTTGACCGCTATGTAGCCATCTGCAAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TACACTACAAGAGAATTCTCACGCCTCAAGTGATGCTGGGAATGAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TACACTACAAGAGAATTCTCACGCCTCAAGTGATGCTGGGAATGAGTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCGTCACCATCAGAGCTGTCACATTCATGACTCCACTGAGTTGGATGAT
        ||| |||||||||||||| ||| |  ||| |||||||||||||||||| |
 100451 GCCATCACCATCAGAGCTATCATAGCCATAACTCCACTGAGTTGGATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAATCATCTACCTTTCTGTGGCTCCAATGTGGTTGTCCACTCCTACTGTA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100501 GAGTCATCTACCTTTCTGTGGCTCCAATGTGGTTGTCCACTCCTACTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCACATAGCTTTGGCCAGGTTAGCATGTGCTGACCCCGTGCCCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCACATAGCTTTGGCCAGGTTAGCATGTGCTGACCCCGTGCCCAGCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCTACAGTCTGATTGGTTCCTCTCTTATGGTGGGCTCTGATGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCTACAGTCTGATTGGTTCCTCTCTTATGGTGGGCTCTGATGTGGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATTGCTGCCTCCTATATCTTAATTCTCAGGGCAGTATTTGATCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
 100651 CATTGCTGCCTCCTATATCTTAATTCTCAAGGCAGTATTTGGTCTCTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAAAGACTGCTCAGTTGAAAGCATTAAGCACATGTGGCTCCCATGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAAAGACTGCTCAGTTGAAAGCATTAAGCACATGTGGCTCCCATGTGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTATGGCTTTGTACTATCTACCTGGGATGGCATCCATCTATGCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTATGGCTTTGTACTATCTACCTGGGATGGCATCCATCTATGCGGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTGGGGCAGGATATAGTGCCCTTGCACACCCAAGTGCTGCTAGCTGACC
        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100801 GTTGGGGCAGGATGTAGTGCCCTTGCACACCCAAGTCCTGCTAGCTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTACGTGATCATCCCAGCCACTTTAAATCCCATCATCTATGGCATGAGG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTACGTGATCATCCCAGCCACCTTAAATCCCATCATCTATGGCATGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCAAACAATTGCTGGAGGGAATATGGAGTTATCTGATGCACTTCCTCTT
        ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||
 100901 ACCAAACAACTGCGGGAGAGAATATGGAGTTATCTGATGCATGTCCTCTT

    950     .    :    .    :
    951 TGACCACTCCAACCTGGGTTCA
        |||||| |||||||||||||||
 100951 TGACCATTCCAACCTGGGTTCA