seq1 = pF1KB7444.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB7444/gi568815574r_22068823.tfa (gi568815574r:22068823_22280969), 212147 bp

>pF1KB7444 1488
>gi568815574r:22068823_22280969 (ChrY)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-213  (100576-100679)   100% ->
214-391  (103699-103876)   100% ->
392-544  (105792-105944)   100% ->
545-659  (107955-108069)   100% ->
660-770  (109025-109135)   100% ->
771-881  (109576-109686)   100% ->
882-992  (110121-110231)   100% ->
993-1103  (111155-111265)   100% ->
1104-1192  (111352-111440)   98% ->
1193-1488  (111852-112147)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCAGAAG         TTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATCAGAAGGTA...TAGTTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCGAAAGATATGAATGGAACG         TCTTTGCATGGAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100658 TGCGAAAGATATGAATGGAACGGTA...TAGTCTTTGCATGGAAAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103718 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCACCTGG         ATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 GGCACCTGGGTA...CAGATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105824 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105874 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAG         GTCCCATGTCACAAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105924 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAGGTA...AAGGTCCCATGTCACAAAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107975 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108025 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108075 .CAGAAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCTAGAGGATATAG         AAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109121 CTCTAGAGGATATAGGTA...CAGAAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109602 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAG         AAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109652 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAGGTA...CAGAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110127 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110177 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATAG         AAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110227 TATAGGTA...CAGAAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111191 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAG         TTATCATGATGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111241 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAGGTA...TAGTTATCATGATGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111368 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGAGATGCACTTCAGAGATACG         GGACCTCTCATGGTGCAC
        |||||||||||||||||| ||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111418 TAGAGATGCACTTCAGAGGTACGGTA...CAGGGACCTCTCATGGTGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111870 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111920 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111970 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112020 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112070 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG

   1550     .    :    .    :    .
   1461 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 112120 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT