seq1 = pF1KB7444.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB7444/gi568815574r_21892514.tfa (gi568815574r:21892514_22016054), 123541 bp

>pF1KB7444 1488
>gi568815574r:21892514_22016054 (ChrY)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-213  (100586-100689)   98% ->
214-391  (103709-103886)   98% ->
392-544  (105802-105954)   100% ->
545-659  (107965-108079)   100% ->
660-770  (109035-109145)   100% ->
771-881  (109587-109697)   100% ->
882-992  (110132-110242)   99% ->
993-1103  (111164-111274)   100% ->
1104-1192  (111361-111449)   100% ->
1193-1488  (111861-112156)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCAGAAG         TTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATCAGAAGGTA...TAGTTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCGAAAGATATGAATGGAACG         TCTTTGCATGGAAAAGCAA
        ||| |||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100668 TGCCAAAGATATGAATGGAAAGGTA...TAGTCTTTGCATGGAAAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103728 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103778 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 103828 TGCAAGAGGAAGCCGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCACCTGG         ATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103878 GGCACCTGGGTA...CAGATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105834 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105884 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAG         GTCCCATGTCACAAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105934 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAGGTA...AAGGTCCCATGTCACAAAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108035 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 .CAGAAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109081 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCTAGAGGATATAG         AAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109131 CTCTAGAGGATATAGGTA...CAGAAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109613 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAG         AAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| 
 109663 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAGGTA...CAGAAATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110138 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110188 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATAG         AAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110238 TATAGGTA...CAGAAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAG         TTATCATGATGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111250 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAGGTA...TAGTTATCATGATGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111377 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGAGATGCACTTCAGAGATACG         GGACCTCTCATGGTGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||
 111427 TAGAGATGCACTTCAGAGATACGGTA...CAGGGACCGCTCATGGTGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 111879 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCCTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111929 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111979 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112029 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112079 TGTGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG

   1550     .    :    .    :    .
   1461 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 112129 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT