seq1 = pF1KB7444.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB7444/gi568815574f_21525506.tfa (gi568815574f:21525506_21649045), 123540 bp

>pF1KB7444 1488
>gi568815574f:21525506_21649045 (ChrY)

1-109  (11387-11495)   100% ->
110-213  (11970-12073)   98% ->
214-391  (15093-15270)   99% ->
392-544  (17186-17338)   100% ->
545-659  (19349-19463)   100% ->
660-770  (20419-20529)   100% ->
771-881  (20971-21081)   100% ->
882-992  (21516-21626)   99% ->
993-1103  (22548-22658)   100% ->
1104-1192  (22745-22833)   100% ->
1193-1488  (23245-23540)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11387 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11437 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCAGAAG         TTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  11487 TATCAGAAGGTA...TAGTTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12002 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCGAAAGATATGAATGGAACG         TCTTTGCATGGAAAAGCAA
        ||| |||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||
  12052 TGCCAAAGATATGAATGGAAAGGTA...TAGTCTTTGCATGGAAAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15112 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15162 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15212 TGCAAGAGGAAGCCGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCACCTGG         ATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  15262 GGCACCTGGGTA...CAGATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17218 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17268 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAG         GTCCCATGTCACAAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  17318 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAGGTA...AAGGTCCCATGTCACAAAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19369 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  19419 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19469 .CAGAAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20465 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCTAGAGGATATAG         AAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  20515 CTCTAGAGGATATAGGTA...CAGAAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20997 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAG         AAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| 
  21047 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAGGTA...CAGAAATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  21522 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  21572 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATAG         AAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  21622 TATAGGTA...CAGAAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  22584 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAG         TTATCATGATGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  22634 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAGGTA...TAGTTATCATGATGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  22761 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGAGATGCACTTCAGAGATACG         GGACCTCTCATGGTGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  22811 TAGAGATGCACTTCAGAGATACGGTA...CAGGGACCTCTCATGGTGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23263 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23313 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23363 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23413 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23463 TGTGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG

   1550     .    :    .    :    .
   1461 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
  23513 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT