seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9359690.tfa (gi568815574f:9359690_9398466), 38777 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9359690_9398466 (ChrY)

1-486  (18433-18917)   99% ->
487-564  (19525-19602)   100% ->
565-676  (19731-19842)   99% ->
677-822  (19944-20089)   100% ->
823-904  (20196-20277)   100% ->
905-924  (20972-20991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18433 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18483 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18533 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18583 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18633 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18683 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18733 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18783 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC
        |||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||
  18833 GGGAAAAGATGGAGCGGAG CGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT         ATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  18882 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA...CAGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19530 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGAAGAGAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  19580 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGAAGAGAAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19749 CCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  19799 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677    AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19941 TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19991 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  20041 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20091 TG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  20238 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAGGTG...TAGG

    950     .    :    .
    906 GGACTCCCAGTTGTTGAGT
        |||||||||||||||||||
  20973 GGACTCCCAGTTGTTGAGT