seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9339375.tfa (gi568815574f:9339375_9378121), 38747 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9339375_9378121 (ChrY)

1-486  (18469-18954)   99% ->
487-564  (19562-19639)   100% ->
565-676  (19768-19879)   99% ->
677-822  (19981-20126)   99% ->
823-904  (20233-20314)   100% ->
905-924  (21009-21028)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  18469 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACTGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18519 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  18569 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTACAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18619 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18669 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18719 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18769 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18819 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18869 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT         ATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  18919 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA...CAGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19567 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGAAGAGAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  19617 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGAAGAGAAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19786 CCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  19836 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677    AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  19978 TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCTGGATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20028 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  20078 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20128 TG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  20275 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAGGTG...TAGG

    950     .    :    .
    906 GGACTCCCAGTTGTTGAGT
        |||||||||||||||||||
  21010 GGACTCCCAGTTGTTGAGT