seq1 = pF1KB7422.tfa, 408 bp
seq2 = pF1KB7422/gi568815597r_149813682.tfa (gi568815597r:149813682_149941157), 127476 bp

>pF1KB7422 408
>gi568815597r:149813682_149941157 (Chr1)

1-408  (38974-39381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGTACTAAGCAGACTGCTCGCAAGTCGACCGGCGGCAAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  38974 ATGGCCCGTACTAAGCAGACTGCTCGCAAGTCGACCGGCGGCAAGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGAAGCAGCTGGCCACCAAGGCGGCCCGCAAGAGCGCGCCGGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39024 GAGGAAGCAGCTGGCCACCAAGGCGGCCCGCAAGAGCGCGCCGGCCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGGTGAAGAAGCCGCACCGCTACCGGCCCGGCACCGTAGCCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39074 GCGGGGTGAAGAAGCCGCACCGCTACCGGCCCGGCACCGTAGCCCTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGATCCGGCGCTACCAGAAGTCCACGGAGCTGCTGATCCGCAAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39124 GAGATCCGGCGCTACCAGAAGTCCACGGAGCTGCTGATCCGCAAGCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCAGCGGCTGGTACGCGAGATCGCGCAGGACTTTAAGACGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39174 CTTCCAGCGGCTGGTACGCGAGATCGCGCAGGACTTTAAGACGGACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCCAGAGCTCGGCCGTGATGGCGCTGCAGGAGGCCAGCGAGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39224 GCTTCCAGAGCTCGGCCGTGATGGCGCTGCAGGAGGCCAGCGAGGCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTGGGGCTGTTCGAAGACACGAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39274 CTGGTGGGGCTGTTCGAAGACACGAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGACCATTATGCCCAAGGACATCCAGCTGGCCCGCCGCATCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  39324 CGTGACCATTATGCCCAAGGACATCCAGCTGGCCCGCCGCATCCGTGGAG

    400     .
    401 AGCGGGCT
        ||||||||
  39374 AGCGGGCT