seq1 = pF1KB7422.tfa, 408 bp
seq2 = pF1KB7422/gi568815597f_149752655.tfa (gi568815597f:149752655_149953062), 200408 bp

>pF1KB7422 408
>gi568815597f:149752655_149953062 (Chr1)

1-408  (100001-100408)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGTACTAAGCAGACTGCTCGCAAGTCGACCGGCGGCAAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGTACTAAGCAGACTGCTCGCAAGTCGACCGGCGGCAAGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGAAGCAGCTGGCCACCAAGGCGGCCCGCAAGAGCGCGCCGGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGAAGCAGCTGGCCACCAAGGCGGCCCGCAAGAGCGCGCCGGCCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGGTGAAGAAGCCGCACCGCTACCGGCCCGGCACCGTAGCCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGGTGAAGAAGCCGCACCGCTACCGGCCCGGCACCGTAGCCCTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGATCCGGCGCTACCAGAAGTCCACGGAGCTGCTGATCCGCAAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGATCCGGCGCTACCAGAAGTCCACGGAGCTGCTGATCCGCAAGCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCCAGCGGCTGGTACGCGAGATCGCGCAGGACTTTAAGACGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCCAGCGGCTGGTACGCGAGATCGCGCAGGACTTTAAGACGGACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTCCAGAGCTCGGCCGTGATGGCGCTGCAGGAGGCCAGCGAGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTCCAGAGCTCGGCCGTGATGGCGCTGCAGGAGGCCAGCGAGGCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTGGGGCTGTTCGAAGACACGAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGTGGGGCTGTTCGAAGACACGAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGACCATTATGCCCAAGGACATCCAGCTGGCCCGCCGCATCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGACCATTATGCCCAAGGACATCCAGCTGGCCCGCCGCATCCGTGGAG

    400     .
    401 AGCGGGCT
        ||||||||
 100401 AGCGGGCT