seq1 = pF1KB7408.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB7408/gi568815596r_130008009.tfa (gi568815596r:130008009_130220515), 212507 bp

>pF1KB7408 1182
>gi568815596r:130008009_130220515 (Chr2)

(complement)

1-521  (100001-100521)   99% ->
522-666  (105188-105332)   100% ->
667-840  (105462-105635)   100% ->
841-947  (108415-108521)   99% ->
948-1085  (109836-109973)   99% ->
1086-1156  (112437-112507)   100% ->
1157-1182  (119796-119821)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGTTGAGGTTGATTCCATGCCGGCTGCCTCTTCTGTGAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGTTGAGGTTGATTCCATGCCGGCTGCCTCTTCTGTGAAGAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGGTCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCGTTGCTTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTGGTCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCGTTGCTTCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACAGGGAGAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGAC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTGCAGGGAGAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCCACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100151 GACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGTGGCAAGAGCAACGTGGGCGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGTGGCAAGAGCAACGTGGGCGCTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGACCACGACGACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAACAAGATGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGACCACGACGACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAACAAGATGGGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGTGCTGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100301 TGGTGCTGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCAGCAAGAGCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCGCTTGGGGAGACTACGATGACAGCGCCTTCATGGAGCCCAGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCGCTTGGGGAGACTACGATGACAGTGCCTTCATGGAGCCCAGGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGTCCGTGGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGTCCGTGGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAGAAGGACAAGCAAAAGAG         GACTGCTCTACATCTGGCCT
        |||| ||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100501 CAAGCAGGACAAGCAAAAGAGGTA...TAGGACTGCTCTACATCTGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGCCAATGGGAATTCAGAAGTAGTAAAACTCCTGCTGGACAGACGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105208 CTGCCAATGGGAATTCAGAAGTAGTAAAACTCCTGCTGGACAGACGATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAACTTAATGTCCTTGACAACAAAAAGAGGACAGCTCTGATAAAGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105258 CAACTTAATGTCCTTGACAACAAAAAGAGGACAGCTCTGATAAAGGTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGTAGCCAACTATATCAGCATGAG         GCCGTACAATGCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105308 CAGTAGCCAACTATATCAGCATGAGGTG...CAGGCCGTACAATGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGATGAATGTGCGTTAATGTTGCTGGAACATGGCACTGATCCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105478 AAGATGAATGTGCGTTAATGTTGCTGGAACATGGCACTGATCCAAATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCAGATGAGTATGGAAATACCACTCTGCACTACGCTATCTATAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105528 CCAGATGAGTATGGAAATACCACTCTGCACTACGCTATCTATAATGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAAATTAATGGCCAAAGCACTGCTCTTATATGGTGCTGATATCGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 TAAATTAATGGCCAAAGCACTGCTCTTATATGGTGCTGATATCGAATCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAACAAG         CATGGCCTCACACCACTGTTACTTGGTGTACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 AAAACAAGGTA...CAGCATGGCCTCACACCACTGTTACTTGGTGTACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGCAAAAACAGCAAGTCGTGAAATTTTTAATCAAGAAAAAAGCGAATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 108448 GAGCAAAAACAGCAAGTCGTGAAATTTTTAATTAAGAAAAAAGCGAATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AAATGCACTGGATAGATATGGAAG         GACTGCTCTCATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||
 108498 AAATGCACTGGATAGATATGGAAGGTA...TAGAACTGCTCTCATACTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAGCCTTCTACTTGAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 CTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAGCCTTCTACTTGAGCAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109903 ATTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTTTCTAGTCATCATCATGT         AATTTGCCAGTTACTTTCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109953 TGTTTCTAGTCATCATCATGTGTA...TAGAATTTGCCAGTTACTTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACTACAAAGAAAAACAGATGCTAAAAATCTCTTCTGAAAACAGCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112457 ACTACAAAGAAAAACAGATGCTAAAAATCTCTTCTGAAAACAGCAATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1156 G         AAAATGTCTCAAGAACTAGAAATAAA
        |>>>...>>>|||||||||||||||| |||||||||
 112507 GGTA...CAGAAAATGTCTCAAGAACCAGAAATAAA