seq1 = pF1KB7408.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB7408/gi568815596f_131118403.tfa (gi568815596f:131118403_131704088), 585686 bp

>pF1KB7408 1182
>gi568815596f:131118403_131704088 (Chr2)

1-521  (100001-100521)   99% ->
522-666  (105194-105338)   100% ->
667-840  (105468-105641)   100% ->
841-947  (108421-108527)   100% ->
948-1085  (109842-109979)   100% ->
1086-1156  (112434-112504)   100% ->
1157-1182  (119792-119817)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGTTGAGGTTGATTCCATGCCGGCTGCCTCTTCTGTGAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGTTGAGGTTGATTCCATGCCGGCTGCCTCTTCTGTGAAGAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGGTCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCGTTGCTTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTGGTCTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCTGCCGTTGCTTCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTACAGGGAGAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTACAGGGAGAGCGGCAAGAGCAACGTGGGCACTTCTGGAGACCACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAGCAAGATGGGCAAGTGGTGCCACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGTGGCAAGAGCAACGTGGGCGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGTGGCAAGAGCAACGTGGGCGCTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGACCACGACGACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAACAAGATGGGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100251 GAGACCACGACGACTCTGCTATGAAGACACTCAGGAACAAGATGGGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGTGCTGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGTGCTGCCACTGCTTCCCCTGCTGCAGGGGGAGCGGCAAGAGCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCGCTTGGGGAGACTACGATGACAGCGCCTTCATGGAGCCCAGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCGCTTGGGGAGACTACGATGACAGCGCCTTCATGGAGCCCAGGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGTCCGTGGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGTCCGTGGAGAAGATCTGGACAAGCTCCACAGAGCTGCCTGGTGGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGTCCCCAGAAAGGATCTCATCGTCATGCTCAGGGACACTGACGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAGAAGGACAAGCAAAAGAG         GACTGCTCTACATCTGGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100501 CAAGAAGGACAAGCAAAAGAGGTA...TAGGACTGCTCTACATCTGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGCCAATGGGAATTCAGAAGTAGTAAAACTCCTGCTGGACAGACGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105214 CTGCCAATGGGAATTCAGAAGTAGTAAAACTCCTGCTGGACAGACGATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAACTTAATGTCCTTGACAACAAAAAGAGGACAGCTCTGATAAAGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105264 CAACTTAATGTCCTTGACAACAAAAAGAGGACAGCTCTGATAAAGGTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGTAGCCAACTATATCAGCATGAG         GCCGTACAATGCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105314 CAGTAGCCAACTATATCAGCATGAGGTG...CAGGCCGTACAATGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AAGATGAATGTGCGTTAATGTTGCTGGAACATGGCACTGATCCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105484 AAGATGAATGTGCGTTAATGTTGCTGGAACATGGCACTGATCCAAATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCAGATGAGTATGGAAATACCACTCTGCACTACGCTATCTATAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105534 CCAGATGAGTATGGAAATACCACTCTGCACTACGCTATCTATAATGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAAATTAATGGCCAAAGCACTGCTCTTATATGGTGCTGATATCGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105584 TAAATTAATGGCCAAAGCACTGCTCTTATATGGTGCTGATATCGAATCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAACAAG         CATGGCCTCACACCACTGTTACTTGGTGTACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105634 AAAACAAGGTA...CAGCATGGCCTCACACCACTGTTACTTGGTGTACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGCAAAAACAGCAAGTCGTGAAATTTTTAATCAAGAAAAAAGCGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108454 GAGCAAAAACAGCAAGTCGTGAAATTTTTAATCAAGAAAAAAGCGAATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AAATGCACTGGATAGATATGGAAG         GACTGCTCTCATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108504 AAATGCACTGGATAGATATGGAAGGTA...TAGGACTGCTCTCATACTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAGCCTTCTACTTGAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109859 CTGTATGTTGTGGATCAGCAAGTATAGTCAGCCTTCTACTTGAGCAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109909 ATTGATGTATCTTCTCAAGATCTATCTGGACAGACGGCCAGAGAGTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTTTCTAGTCATCATCATGT         AATTTGCCAGTTACTTTCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109959 TGTTTCTAGTCATCATCATGTGTA...TAGAATTTGCCAGTTACTTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACTACAAAGAAAAACAGATGCTAAAAATCTCTTCTGAAAACAGCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112454 ACTACAAAGAAAAACAGATGCTAAAAATCTCTTCTGAAAACAGCAATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1156 G         AAAATGTCTCAAGAACTAGAAATAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112504 GGTA...CAGAAAATGTCTCAAGAACTAGAAATAAA