seq1 = pF1KB7377.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KB7377/gi568815597r_54039523.tfa (gi568815597r:54039523_54252922), 213400 bp

>pF1KB7377 1347
>gi568815597r:54039523_54252922 (Chr1)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-427  (108110-108457)   100% ->
428-763  (111490-111825)   100% ->
764-1347  (112817-113400)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCAGAGTGGGGGGCTTGCCTGCTGCTGGCAGTGGCACTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCAGAGTGGGGGGCTTGCCTGCTGCTGGCAGTGGCACTGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGGCTCCAGGCCCAAGCCATGGAAG         GTGTCAAATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CCCAGGGCTCCAGGCCCAAGCCATGGAAGGTA...CAGGTGTCAAATGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGGTGTGCTCTCAGCACCTTCTGGAAACTTCTCCAGCCCCAACTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108122 GGGGTGTGCTCTCAGCACCTTCTGGAAACTTCTCCAGCCCCAACTTCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACTGTACCCCTACAACACAGAGTGCAGCTGGCTGATCGTGGTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108172 AGACTGTACCCCTACAACACAGAGTGCAGCTGGCTGATCGTGGTGGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGATCCTCGGTGCTGCTCACCTTCCATGCCTTTGACCTAGAGTACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108222 GGGATCCTCGGTGCTGCTCACCTTCCATGCCTTTGACCTAGAGTACCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACCTGCAGCTTCGACTTTCTGGAGATCTACAATGGGGCCTCACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108272 ACACCTGCAGCTTCGACTTTCTGGAGATCTACAATGGGGCCTCACCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGGCAACCTGCTGGGGAGGTTCTGCGGCAAGGTGCCCCCGCCGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108322 AAGGGCAACCTGCTGGGGAGGTTCTGCGGCAAGGTGCCCCCGCCGCCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCTCCTCCTGGCATGTCATGTCTGTCATCTTCCACTCGGACAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108372 CACCTCCTCCTGGCATGTCATGTCTGTCATCTTCCACTCGGACAAGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCCAGCCATGGCTTTTCTGCGGGCTACCAGAAAG         ATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108422 TGGCCAGCCATGGCTTTTCTGCGGGCTACCAGAAAGGTC...CAGATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTGGCGGCGTCCTGACTGGCCTGTCAGGGGTCCTCACCAGTCCTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111495 TGTGGCGGCGTCCTGACTGGCCTGTCAGGGGTCCTCACCAGTCCTGAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCCAACAACTACCCGAACAGCATGGAGTGCCACTGGGTGATCCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111545 TCCCAACAACTACCCGAACAGCATGGAGTGCCACTGGGTGATCCGGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGGCCCTGCCCACGTCAAGCTGGTGTTCGTGGACTTCCAGGTGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111595 CTGGCCCTGCCCACGTCAAGCTGGTGTTCGTGGACTTCCAGGTGGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGAAGAGTGCACCTATGACTACGTGGCTGTGCTTGGGGGGCCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111645 AATGAAGAGTGCACCTATGACTACGTGGCTGTGCTTGGGGGGCCTGGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACCCGTGGGCACCACTACTGTGGCAGCACCAGGCCCCCCACCCTCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111695 CACCCGTGGGCACCACTACTGTGGCAGCACCAGGCCCCCCACCCTCGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCTGGGCCACGAACTGCAGGTGGTCTTCAAGTCCGACTTCAACATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111745 CTCTGGGCCACGAACTGCAGGTGGTCTTCAAGTCCGACTTCAACATCGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGCCGTGGCTTCAAGGCCTACTACTTCTCAG         GAGAATGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111795 GGCCGTGGCTTCAAGGCCTACTACTTCTCAGGTA...CAGGAGAATGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAGGTATACATGGCCATGCGGGGCAACTTCTCCAGCCCACAGTACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112827 GGAGGTATACATGGCCATGCGGGGCAACTTCTCCAGCCCACAGTACCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCTCCTACCCCAACAACATCCGCTGCCACTGGACCATCCGCCTGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112877 GCTCCTACCCCAACAACATCCGCTGCCACTGGACCATCCGCCTGCCCCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGCTACCAGGTCAAGGTGTTCTTCCTGGACCTGGACCTGGAGGAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112927 GGCTACCAGGTCAAGGTGTTCTTCCTGGACCTGGACCTGGAGGAGCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAGCCTGACCAAGACCTGTGACTTTGACCATCTGGCGGCCTTCGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112977 CAGCCTGACCAAGACCTGTGACTTTGACCATCTGGCGGCCTTCGATGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCAGCGAGGAGGCACCCCTGCTGGGGAATTGGTGTGGACACCACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113027 CCAGCGAGGAGGCACCCCTGCTGGGGAATTGGTGTGGACACCACCTGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCACCCGTGACCTCAAGCCACAACCAGCTTCTGCTTCTGCTGCACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113077 CCACCCGTGACCTCAAGCCACAACCAGCTTCTGCTTCTGCTGCACACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGCAGCACCACCCGCAGGGGCTTCTCTGTGGCCTACATCGGAGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113127 CCGCAGCACCACCCGCAGGGGCTTCTCTGTGGCCTACATCGGAGGTCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGGGCTGTGGGAGTGGGTCCACTGAGGGCGAAGGGGAGGCTTTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113177 TGGGCTGTGGGAGTGGGTCCACTGAGGGCGAAGGGGAGGCTTTGCAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CAGTCTTTGCAGTCTCCTTCCTCCATCCCACCAGTTTGTCCTGCCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113227 CAGTCTTTGCAGTCTCCTTCCTCCATCCCACCAGTTTGTCCTGCCCCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CATGAATGGTCTTCTCCAGCTCCTTCTCCATTGGCTACACCCTTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113277 CATGAATGGTCTTCTCCAGCTCCTTCTCCATTGGCTACACCCTTGCCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TCTCGGGACCCCTAAGACTGGACGGTACGGCTCCCGCTTGTTTCCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113327 TCTCGGGACCCCTAAGACTGGACGGTACGGCTCCCGCTTGTTTCCACTAT

   1350     .    :    .    :
   1324 TGCAGAGCCTCCTTCCCCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||
 113377 TGCAGAGCCTCCTTCCCCAGCTTC