seq1 = pF1KB7354.tfa, 3531 bp
seq2 = pF1KB7354/gi568815595f_182720259.tfa (gi568815595f:182720259_183018101), 297843 bp

>pF1KB7354 3531
>gi568815595f:182720259_183018101 (Chr3)

1-27  (73502-73528)   100% ->
28-144  (100002-100118)   100% ->
145-234  (107862-107951)   100% ->
235-315  (109414-109494)   100% ->
316-423  (115777-115884)   100% ->
424-552  (116084-116212)   100% ->
553-656  (116813-116916)   100% ->
657-704  (121817-121864)   100% ->
705-769  (125200-125264)   100% ->
770-851  (128218-128299)   100% ->
852-1002  (137620-137770)   100% ->
1003-1200  (138904-139101)   100% ->
1201-1443  (145198-145440)   100% ->
1444-1619  (146010-146185)   100% ->
1620-1688  (147118-147186)   100% ->
1689-1762  (148820-148893)   100% ->
1763-1866  (148970-149073)   100% ->
1867-2048  (152098-152279)   100% ->
2049-2252  (153554-153757)   100% ->
2253-2406  (159238-159391)   100% ->
2407-2509  (160621-160723)   100% ->
2510-2655  (164495-164640)   100% ->
2656-2715  (165693-165752)   100% ->
2716-2843  (167328-167455)   100% ->
2844-2982  (169152-169290)   100% ->
2983-3048  (176442-176507)   100% ->
3049-3152  (177045-177148)   100% ->
3153-3318  (178349-178514)   100% ->
3319-3452  (193603-193736)   100% ->
3453-3531  (197765-197843)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGCTGGATCCGGCAGCAGCTG         GGTTTTGACCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  73502 ATGTGGCGCTGGATCCGGCAGCAGCTGGTA...TAGGGTTTTGACCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACATCAGAGTGACACAAGAACCATCTACGTAGCCAACAGGTTTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 ACATCAGAGTGACACAAGAACCATCTACGTAGCCAACAGGTTTCCTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGCCTTTACACACCTCAGAAATTTATAGATAACAGGATCATTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 ATGGCCTTTACACACCTCAGAAATTTATAGATAACAGGATCATTTCATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAG         TACACTGTGTGGAATTTTGTTCCAAAAAATTTATTTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 AAGGTA...TAGTACACTGTGTGGAATTTTGTTCCAAAAAATTTATTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAGTTCAGAAGAGTGGCAAACTTTTATTTTCTTATTATATTTTTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107900 ACAGTTCAGAAGAGTGGCAAACTTTTATTTTCTTATTATATTTTTGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         CTTATGATTGATACACCTACCAGTCCAGTTACCAGTGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107950 AGGTA...TAGCTTATGATTGATACACCTACCAGTCCAGTTACCAGTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTCCATTATTCTTTGTGATAACAGTAACTGCCATAAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109453 CTTCCATTATTCTTTGTGATAACAGTAACTGCCATAAAGCAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  GGATATGAAGATTGGTTACGGCATAACTCAGATAATGAAGTAAATGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115776 GGGATATGAAGATTGGTTACGGCATAACTCAGATAATGAAGTAAATGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCCTGTTTATGTTGTTCGAAGTGGTGGCCTTGTAAAAACTAGATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115826 CTCCTGTTTATGTTGTTCGAAGTGGTGGCCTTGTAAAAACTAGATCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACATTCGG         GTGGGTGATATTGTTCGAATAGCCAAAGATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115876 AACATTCGGGTA...TAGGTGGGTGATATTGTTCGAATAGCCAAAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AATTTTTCCTGCAGACTTGGTGCTTCTGTCCTCAGATCGACTGGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116116 AATTTTTCCTGCAGACTTGGTGCTTCTGTCCTCAGATCGACTGGATGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTGTCACGTTACAACTGCTAGTTTGGACGGAGAAACTAACCTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116166 CCTGTCACGTTACAACTGCTAGTTTGGACGGAGAAACTAACCTGAAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       ACACATGTGGCAGTTCCAGAAACAGCATTATTACAAACAGTTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116216 ...CAGACACATGTGGCAGTTCCAGAAACAGCATTATTACAAACAGTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAATTTGGACACTCTAGTAGCTGTAATAGAATGCCAGCAACCAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116857 CAATTTGGACACTCTAGTAGCTGTAATAGAATGCCAGCAACCAGAAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTTATACAG         ATTCATGGGACGAATGATCATAACCCAACAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116907 ACTTATACAGGTA...TAGATTCATGGGACGAATGATCATAACCCAACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGGAAGAAATTGTAAG         ACCTCTGGGGCCGGAGAGTCTCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121848 ATGGAAGAAATTGTAAGGTA...TAGACCTCTGGGGCCGGAGAGTCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTTCGTGGAGCCAGATTAAAAAACACAAAAGAAATTTTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125224 GCTTCGTGGAGCCAGATTAAAAAACACAAAAGAAATTTTTGGTT...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GTGTTGCGGTATACACTGGAATGGAAACTAAGATGGCATTAAATTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128218 GTGTTGCGGTATACACTGGAATGGAAACTAAGATGGCATTAAATTACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AGCAAATCACAGAAACGATCTGCAGTAGAAAA         GTCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128268 AGCAAATCACAGAAACGATCTGCAGTAGAAAAGTA...AAGGTCAATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TACATTTTTGATAATTTATCTAGTAATTCTTATATCTGAAGCTGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137629 TACATTTTTGATAATTTATCTAGTAATTCTTATATCTGAAGCTGTCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GCACTATCTTGAAGTATACATGGCAAGCTGAAGAAAAATGGGATGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137679 GCACTATCTTGAAGTATACATGGCAAGCTGAAGAAAAATGGGATGAACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TGGTATAACCAAAAAACAGAACATCAAAGAAATAGCAGTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137729 TGGTATAACCAAAAAACAGAACATCAAAGAAATAGCAGTAAGGTA...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003  ATTCTGAGATTTATTTCAGACTTCCTTGCTTTTTTGGTTCTCTACAATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138903 GATTCTGAGATTTATTTCAGACTTCCTTGCTTTTTTGGTTCTCTACAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCATCATTCCAATTTCATTATATGTGACAGTCGAAATGCAGAAATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138953 TCATCATTCCAATTTCATTATATGTGACAGTCGAAATGCAGAAATTTCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGATCATTTTTTATTGGCTGGGATCTTGATCTGTATCATGAAGAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139003 GGATCATTTTTTATTGGCTGGGATCTTGATCTGTATCATGAAGAATCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCAGAAAGCTCAAGTCAATACTTCCGATCTGAATGAAGAGCTTGGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 139053 TCAGAAAGCTCAAGTCAATACTTCCGATCTGAATGAAGAGCTTGGACAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201         GTAGAGTACGTGTTTACAGATAAAACTGGTACACTGACAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139103 TG...TAGGTAGAGTACGTGTTTACAGATAAAACTGGTACACTGACAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AATGAGATGCAGTTTCGGGAATGTTCAATTAATGGCATGAAATACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145240 AATGAGATGCAGTTTCGGGAATGTTCAATTAATGGCATGAAATACCAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AATTAATGGTAGACTTGTACCCGAAGGACCAACACCAGACTCTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145290 AATTAATGGTAGACTTGTACCCGAAGGACCAACACCAGACTCTTCAGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GAAACTTATCTTATCTTAGTAGTTTATCCCATCTTAACAACTTATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145340 GAAACTTATCTTATCTTAGTAGTTTATCCCATCTTAACAACTTATCCCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTTACAACCAGTTCCTCTTTCAGAACCAGTCCTGAAAATGAAACTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145390 CTTACAACCAGTTCCTCTTTCAGAACCAGTCCTGAAAATGAAACTGAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 A         ATTAAAGAACATGATCTCTTCTTTAAAGCAGTCAGTCTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145440 AGTA...CAGATTAAAGAACATGATCTCTTCTTTAAAGCAGTCAGTCTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GTCACACTGTACAGATTAGCAATGTTCAAACTGACTGCACTGGTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146050 GTCACACTGTACAGATTAGCAATGTTCAAACTGACTGCACTGGTGATGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CCCTGGCAATCCAACCTGGCACCATCGCAGTTGGAGTACTATGCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146100 CCCTGGCAATCCAACCTGGCACCATCGCAGTTGGAGTACTATGCATCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ACCAGATGAAAAGGCTCTAGTAGAAGCTGCTGCAAG         GATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 146150 ACCAGATGAAAAGGCTCTAGTAGAAGCTGCTGCAAGGTA...TAGGATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GTATTGTGTTTATTGGCAATTCTGAAGAAACTATGGAGGTTAAAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147123 GTATTGTGTTTATTGGCAATTCTGAAGAAACTATGGAGGTTAAAACTCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GGAAAACTGGAACG         GTACAAACTGCTTCATATTCTGGAATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 147173 GGAAAACTGGAACGGTA...TAGGTACAAACTGCTTCATATTCTGGAATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGATTCAGATCGTAGGAGAATGAGTGTAATTGTTCAGGCACCTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 148847 TGATTCAGATCGTAGGAGAATGAGTGTAATTGTTCAGGCACCTTCAGGTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1763       GTGAGAAGTTATTATTTGCTAAAGGAGCTGAGTCATCAATTCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148897 ...TAGGTGAGAAGTTATTATTTGCTAAAGGAGCTGAGTCATCAATTCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCTAAATGTATAGGTGGAGAAATAGAAAAAACCAGAATTCATGTAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149014 CCTAAATGTATAGGTGGAGAAATAGAAAAAACCAGAATTCATGTAGATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ATTTGCTTTG         AAAGGGCTAAGAACTCTGTGTATAGCATATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 149064 ATTTGCTTTGGTG...TAGAAAGGGCTAAGAACTCTGTGTATAGCATATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GAAAATTTACATCAAAAGAGTATGAGGAAATAGATAAACGCATATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152129 GAAAATTTACATCAAAAGAGTATGAGGAAATAGATAAACGCATATTTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GCCAGGACTGCCTTGCAGCAGCGGGAAGAGAAATTGGCAGCTGTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152179 GCCAGGACTGCCTTGCAGCAGCGGGAAGAGAAATTGGCAGCTGTTTTCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTTCATAGAGAAAGACCTGATATTACTTGGAGCCACAGCAGTAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152229 GTTCATAGAGAAAGACCTGATATTACTTGGAGCCACAGCAGTAGAAGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 G         ACTACAAGATAAAGTTCGAGAAACTATTGAAGCATTGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152279 GGTA...CAGACTACAAGATAAAGTTCGAGAAACTATTGAAGCATTGAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 ATGGCTGGTATCAAAGTATGGGTACTTACTGGGGATAAACATGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153594 ATGGCTGGTATCAAAGTATGGGTACTTACTGGGGATAAACATGAAACAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TGTTAGTGTGAGTTTATCATGTGGCCATTTTCATAGAACCATGAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153644 TGTTAGTGTGAGTTTATCATGTGGCCATTTTCATAGAACCATGAACATCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 TTGAACTTATAAACCAGAAATCAGACAGCGAGTGTGCTGAACAATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153694 TTGAACTTATAAACCAGAAATCAGACAGCGAGTGTGCTGAACAATTGAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CAGCTTGCCAGAAG         AATTACAGAGGATCATGTGATTCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 153744 CAGCTTGCCAGAAGGTA...TAGAATTACAGAGGATCATGTGATTCAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 TGGGCTGGTAGTGGATGGGACCAGCCTATCTCTTGCACTCAGGGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159265 TGGGCTGGTAGTGGATGGGACCAGCCTATCTCTTGCACTCAGGGAGCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AAAAACTATTTATGGAAGTTTGCAGAAATTGTTCAGCTGTATTATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159315 AAAAACTATTTATGGAAGTTTGCAGAAATTGTTCAGCTGTATTATGCTGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CGTATGGCTCCACTGCAGAAAGCAAAA         GTAATAAGACTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 159365 CGTATGGCTCCACTGCAGAAAGCAAAAGTA...CAGGTAATAAGACTAAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 AAAAATATCACCTGAGAAACCTATAACATTGGCTGTTGGTGATGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160635 AAAAATATCACCTGAGAAACCTATAACATTGGCTGTTGGTGATGGTGCTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 ATGACGTAAGCATGATACAAGAAGCCCATGTTGGCATAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 160685 ATGACGTAAGCATGATACAAGAAGCCCATGTTGGCATAGGTG...TAGGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 ATCATGGGTAAAGAAGGAAGACAGGCTGCAAGAAACAGTGACTATGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164497 ATCATGGGTAAAGAAGGAAGACAGGCTGCAAGAAACAGTGACTATGCAAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 AGCCAGATTTAAGTTCCTCTCCAAATTGCTTTTTGTTCATGGTCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164547 AGCCAGATTTAAGTTCCTCTCCAAATTGCTTTTTGTTCATGGTCATTTTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 ATTATATTAGAATAGCTACCCTTGTACAGTATTTTTTTTATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 164597 ATTATATTAGAATAGCTACCCTTGTACAGTATTTTTTTTATAAGGTG...

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2656    AATGTGTGCTTTATCACACCCCAGTTTTTATATCAGTTCTACTGTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165690 CAGAATGTGTGCTTTATCACACCCCAGTTTTTATATCAGTTCTACTGTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 GTTTTCTCAGCAA         ACATTGTATGACAGCGTGTACCTGACTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 165740 GTTTTCTCAGCAAGTA...TAGACATTGTATGACAGCGTGTACCTGACTT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 TATACAATATTTGTTTTACTTCCCTACCTATTCTGATATATAGTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167356 TATACAATATTTGTTTTACTTCCCTACCTATTCTGATATATAGTCTTTTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 GAACAGCATGTAGACCCTCATGTGTTACAAAATAAGCCCACCCTTTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167406 GAACAGCATGTAGACCCTCATGTGTTACAAAATAAGCCCACCCTTTATCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844          AGACATTAGTAAAAACCGCCTCTTAAGTATTAAAACATTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167456 GTA...CAGAGACATTAGTAAAAACCGCCTCTTAAGTATTAAAACATTTC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 TTTATTGGACCATCCTGGGCTTCAGTCATGCCTTTATTTTCTTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169193 TTTATTGGACCATCCTGGGCTTCAGTCATGCCTTTATTTTCTTTTTTGGA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2935 TCCTATTTACTAATAGGGAAAGATACATCTCTGCTTGGAAATGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 169243 TCCTATTTACTAATAGGGAAAGATACATCTCTGCTTGGAAATGGCCAGGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2983        ATGTTTGGAAACTGGACATTTGGCACTTTGGTCTTCACAGTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169293 A...TAGATGTTTGGAAACTGGACATTTGGCACTTTGGTCTTCACAGTCA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3026 TGGTTATTACAGTCACAGTAAAG         ATGGCTCTGGAAACTCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 176485 TGGTTATTACAGTCACAGTAAAGGTA...TAGATGGCTCTGGAAACTCAT

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3067 TTTTGGACTTGGATCAACCATCTCGTTACCTGGGGATCTATTATATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177063 TTTTGGACTTGGATCAACCATCTCGTTACCTGGGGATCTATTATATTTTA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3117 TTTTGTATTTTCCTTGTTTTATGGAGGGATTCTCTG         GCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 177113 TTTTGTATTTTCCTTGTTTTATGGAGGGATTCTCTGGTG...CAGGCCAT

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3158 TTTTGGGCTCCCAGAATATGTATTTTGTGTTTATTCAGCTCCTGTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178354 TTTTGGGCTCCCAGAATATGTATTTTGTGTTTATTCAGCTCCTGTCAAGT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3208 GGTTCTGCTTGGTTTGCCATAATCCTCATGGTTGTTACATGTCTATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178404 GGTTCTGCTTGGTTTGCCATAATCCTCATGGTTGTTACATGTCTATTTCT

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3258 TGATATCATAAAGAAGGTCTTTGACCGACACCTCCACCCTACAAGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178454 TGATATCATAAAGAAGGTCTTTGACCGACACCTCCACCCTACAAGTACTG

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3308 AAAAGGCACAG         CTTACTGAAACAAATGCAGGTATCAAGTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 178504 AAAAGGCACAGGTA...CAGCTTACTGAAACAAATGCAGGTATCAAGTGC

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3349 TTGGACTCCATGTGCTGTTTCCCGGAAGGAGAAGCAGCGTGTGCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193633 TTGGACTCCATGTGCTGTTTCCCGGAAGGAGAAGCAGCGTGTGCATCTGT

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3399 TGGAAGAATGCTGGAACGAGTTATAGGAAGATGTAGTCCAACCCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193683 TGGAAGAATGCTGGAACGAGTTATAGGAAGATGTAGTCCAACCCACATCA

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3449 GCAG         ATCATGGAGTGCATCGGATCCTTTCTATACCAACGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193733 GCAGGTG...TAGATCATGGAGTGCATCGGATCCTTTCTATACCAACGAC

   3750     .    :    .    :    .    :    .    :
   3490 AGGAGCATCTTGACTCTCTCCACAATGGACTCATCTACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197802 AGGAGCATCTTGACTCTCTCCACAATGGACTCATCTACTTGT