seq1 = pF1KB7308.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KB7308/gi568815593f_108698183.tfa (gi568815593f:108698183_109287572), 589390 bp

>pF1KB7308 2466
>gi568815593f:108698183_109287572 (Chr5)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-381  (134588-134761)   100% ->
382-481  (137526-137625)   100% ->
482-665  (169585-169768)   100% ->
666-803  (173183-173320)   100% ->
804-923  (173911-174030)   100% ->
924-1046  (185214-185336)   100% ->
1047-1236  (199477-199666)   100% ->
1237-1329  (247948-248040)   100% ->
1330-1533  (256547-256750)   100% ->
1534-1656  (261043-261165)   100% ->
1657-1713  (339240-339296)   100% ->
1714-1829  (346498-346613)   100% ->
1830-1924  (348922-349016)   100% ->
1925-2048  (402214-402337)   100% ->
2049-2203  (482565-482719)   100% ->
2204-2326  (488018-488140)   100% ->
2327-2466  (489251-489390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTTGGGAGTGACCTGAAGAATTCACATGAAGCAGTGTTAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTTTGGGAGTGACCTGAAGAATTCACATGAAGCAGTGTTAAAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAAGACTGGGAATTACGGTTACTGGAAACAGTAAAGAAATTTATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAAGACTGGGAATTACGGTTACTGGAAACAGTAAAGAAATTTATGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGAATAAAAAGTGATAAAGAATATGCATCTACTTTACAGAACCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGAATAAAAAGTGATAAAGAATATGCATCTACTTTACAGAACCTTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATCAAGTTGATAAGGAAAGTACTGTCCAAATGAATTATGTCAGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATCAAGTTGATAAGGAAAGTACTGTCCAAATGAATTATGTCAGCAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCCAAG         TCTTGGCTACTTATGATTCAGCAGACAGAACAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCCAAGGTA...AAGTCTTGGCTACTTATGATTCAGCAGACAGAACAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAGTAGGATAATGAAGACACATGCAGAGGACTTGAACTCTGGACCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134622 TTAGTAGGATAATGAAGACACATGCAGAGGACTTGAACTCTGGACCTTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACAGGCTCACCATGATGATTAAGGACAAGCAGCAGGTGAAGAAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134672 CACAGGCTCACCATGATGATTAAGGACAAGCAGCAGGTGAAGAAAAGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATAGGTGTTCATCAGCAGATAGAGGCAGAGATGATCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134722 CATAGGTGTTCATCAGCAGATAGAGGCAGAGATGATCAAGGTT...CAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACCAAAACAGAATTGGAGAAGTTAAAATGCAGCTATAGACAATTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137527 TTACCAAAACAGAATTGGAGAAGTTAAAATGCAGCTATAGACAATTAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGAAATGAATTCTGCCAAAGAGAAATATAAAGAAGCTTTAGCTAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137577 AAAGAAATGAATTCTGCCAAAGAGAAATATAAAGAAGCTTTAGCTAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         GGAAGGAAACTGAAAAGGCCAAGGAACGATACGACAAAGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137627 TA...CAGGGAAGGAAACTGAAAAGGCCAAGGAACGATACGACAAAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAATGAAACTTCATATGTTGCACAATCAGTATGTATTGGCGTTGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169627 CAATGAAACTTCATATGTTGCACAATCAGTATGTATTGGCGTTGAAAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCACAGCTCCATCAGAATCAGTATTATGATATCACACTTCCCCTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169677 GCACAGCTCCATCAGAATCAGTATTATGATATCACACTTCCCCTGCTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGACTCCTTACAAAAGATGCAAGAAGAAATGATAAAAGCACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169727 GGACTCCTTACAAAAGATGCAAGAAGAAATGATAAAAGCACTGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    666  CAAAGGTATATTTGATGAATACAGCCAGATAACCAGTCTTGTCACAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173182 GCAAAGGTATATTTGATGAATACAGCCAGATAACCAGTCTTGTCACAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAATAGTGAATGTCCATAAAGAGATTCAAATGTCGGTTGAACAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173232 GAAATAGTGAATGTCCATAAAGAGATTCAAATGTCGGTTGAACAGATAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCCTAGTACAGAATACAATAATTTCATAGATGTTCACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 173282 TCCTAGTACAGAATACAATAATTTCATAGATGTTCACAGGTA...TAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAACGGCTGCTAAAGAACAAGAAATAGAGTTTGATACTTCCTTACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173913 CAACGGCTGCTAAAGAACAAGAAATAGAGTTTGATACTTCCTTACTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAAATGAAAATCTTCAGGCAAATGAGATCATGTGGAATAACTTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173963 GAAAATGAAAATCTTCAGGCAAATGAGATCATGTGGAATAACTTAACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAAGTTTGCAAGTAAT         GTTGAAAACGTTAGCGGAAGAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 174013 AGAAAGTTTGCAAGTAATGTA...TAGGTTGAAAACGTTAGCGGAAGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTATGCAAACACAGCAGATGCTTTTAAACAAGGAGGAGGCTGTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185237 TTATGCAAACACAGCAGATGCTTTTAAACAAGGAGGAGGCTGTTTTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTAGAGAAGAGAATTGAAGAATCTTCTGAAACTTGTGAGAAGAAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185287 TTAGAGAAGAGAATTGAAGAATCTTCTGAAACTTGTGAGAAGAAGTCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047          TATTGTGCTTCTGCTAAGCCAAAAACAGGCACTTGAAGAAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185337 GTG...TAGTATTGTGCTTCTGCTAAGCCAAAAACAGGCACTTGAAGAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAAACAGTCAGTCCAGCAGCTGAGATGCACTGAAGCAAAGTTTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199518 TGAAACAGTCAGTCCAGCAGCTGAGATGCACTGAAGCAAAGTTTTCAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGAAGGAATTACTAGAGCAAAAAGTGCAAGAAAATGATGGGAAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199568 CAGAAGGAATTACTAGAGCAAAAAGTGCAAGAAAATGATGGGAAAGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACCTCCAGTAGTAAATTATGAAGAAGATGCACGATCAGTTACATCTATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 199618 ACCTCCAGTAGTAAATTATGAAGAAGATGCACGATCAGTTACATCTATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         GAAAGAAAGGAGAGGCTATCCAAATTTGAATCTATTCGTCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199668 TA...CAGGAAAGAAAGGAGAGGCTATCCAAATTTGAATCTATTCGTCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCAATTGCTGGAATAATTAGGTCTCCAAAATCTGCACTGGGCTCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247990 TCAATTGCTGGAATAATTAGGTCTCCAAAATCTGCACTGGGCTCTTCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 A         CTTTCTGATATGATCTCCATCAGTGAGAAGCCTTTGGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248040 AGTA...AAGCTTTCTGATATGATCTCCATCAGTGAGAAGCCTTTGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACAGGACTGGTACCATGGTGCAATTCCCAGAATAGAAGCTCAAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256587 AACAGGACTGGTACCATGGTGCAATTCCCAGAATAGAAGCTCAAGAACTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTAAAAAAACAAGGAGACTTTTTGGTGCGAGAGAGTCATGGGAAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256637 TTAAAAAAACAAGGAGACTTTTTGGTGCGAGAGAGTCATGGGAAACCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGAATATGTCCTTTCTGTATATTCTGATGGACAGAGGAGACATTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256687 TGAATATGTCCTTTCTGTATATTCTGATGGACAGAGGAGACATTTTATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TACAATATGTTGAT         AACATGTATCGATTCGAGGGCACTGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 256737 TACAATATGTTGATGTA...CAGAACATGTATCGATTCGAGGGCACTGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTTTCAAACATTCCTCAACTTATAGATCATCACTATACAACAAAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261070 TTTTCAAACATTCCTCAACTTATAGATCATCACTATACAACAAAACAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CATCACTAAGAAATCAGGTGTAGTTCTGCTGAATCCTATTCCTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 261120 CATCACTAAGAAATCAGGTGTAGTTCTGCTGAATCCTATTCCTAAGGTA.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657      GACAAGAAATGGATTCTCAGTCATGAAGATGTCATATTGGGAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261170 ..TAGGACAAGAAATGGATTCTCAGTCATGAAGATGTCATATTGGGAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTACTGGGCAAG         GGAAATTTTGGTGAAGTATATAAGGGCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 339285 TTACTGGGCAAGGTA...CAGGGAAATTTTGGTGAAGTATATAAGGGCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ATTAAAGGATAAAACTTCTGTTGCTGTTAAAACATGTAAAGAAGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346527 ATTAAAGGATAAAACTTCTGTTGCTGTTAAAACATGTAAAGAAGATCTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTCAGGAATTGAAAATAAAATTTTTACAAGAAGCCAA         AATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 346577 CTCAGGAATTGAAAATAAAATTTTTACAAGAAGCCAAGTG...TAGAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTCAAGCAATATGATCATCCCAATATTGTCAAACTTATAGGAGTTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 348926 CTCAAGCAATATGATCATCCCAATATTGTCAAACTTATAGGAGTTTGCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ACAAAGACAGCCTGTCTACATCATTATGGAACTGGTTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 348976 ACAAAGACAGCCTGTCTACATCATTATGGAACTGGTTTCAGGTA...TAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GAGGTGATTTCCTCACCTTTCTGAGAAGGAAGAAGGATGAACTAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402214 GAGGTGATTTCCTCACCTTTCTGAGAAGGAAGAAGGATGAACTAAAACTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AAACAGTTAGTGAAATTTTCATTAGACGCTGCTGCTGGTATGTTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402264 AAACAGTTAGTGAAATTTTCATTAGACGCTGCTGCTGGTATGTTGTATCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CGAGAGTAAAAACTGTATACACAG         GGACCTTGCTGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 402314 CGAGAGTAAAAACTGTATACACAGGTA...TAGGGACCTTGCTGCAAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ACTGCCTGGTAGGTGAAAATAATGTTCTGAAAATCAGTGACTTTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482582 ACTGCCTGGTAGGTGAAAATAATGTTCTGAAAATCAGTGACTTTGGAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TCTCGTCAAGAGGATGGTGGAGTGTATTCATCTTCTGGCTTAAAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482632 TCTCGTCAAGAGGATGGTGGAGTGTATTCATCTTCTGGCTTAAAGCAGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCCCATTAAATGGACAGCACCGGAAGCTCTTAATTATG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 482682 TCCCATTAAATGGACAGCACCGGAAGCTCTTAATTATGGTA...CAGGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GATACAGTTCAGAGAGTGACGTGTGGAGCTTTGGCATCCTTCTCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488021 GATACAGTTCAGAGAGTGACGTGTGGAGCTTTGGCATCCTTCTCTGGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ACCTTCAGCTTAGGGGTTTGTCCGTACCCTGGAATGACAAATCAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 488071 ACCTTCAGCTTAGGGGTTTGTCCGTACCCTGGAATGACAAATCAGCAAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AAGAGAGCAAGTAGAAAGAG         GATACCGGATGTCAGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 488121 AAGAGAGCAAGTAGAAAGAGGTG...CAGGATACCGGATGTCAGCTCCCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AGCACTGTCCAGAGGATATTTCCAAAATCATGATGAAGTGTTGGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 489272 AGCACTGTCCAGAGGATATTTCCAAAATCATGATGAAGTGTTGGGATTAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 AAACCTGAAAATCGCCCTAAGTTCAGTGAACTTCAGAAAGAGCTCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 489322 AAACCTGAAAATCGCCCTAAGTTCAGTGAACTTCAGAAAGAGCTCACTAT

   2600     .    :    .
   2448 CATCAAGAGAAAACTCACA
        |||||||||||||||||||
 489372 CATCAAGAGAAAACTCACA