seq1 = pF1KB7282.tfa, 2115 bp
seq2 = pF1KB7282/gi568815586f_106483321.tfa (gi568815586f:106483321_106861466), 378146 bp

>pF1KB7282 2115
>gi568815586f:106483321_106861466 (Chr12)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-130  (125477-125563)   100% ->
131-191  (156012-156072)   100% ->
192-315  (170908-171031)   100% ->
316-377  (198673-198734)   100% ->
378-591  (203564-203777)   100% ->
592-639  (205967-206014)   100% ->
640-743  (213023-213126)   100% ->
744-844  (226010-226110)   100% ->
845-903  (228133-228191)   100% ->
904-1048  (232080-232224)   100% ->
1049-1143  (236640-236734)   100% ->
1144-1261  (237439-237556)   100% ->
1262-1381  (248810-248929)   100% ->
1382-1543  (249604-249765)   100% ->
1544-1706  (264117-264279)   100% ->
1707-1845  (267335-267473)   100% ->
1846-2115  (277877-278146)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATTGTGGGTTACTGGAGGAACCCGACATGGATTCCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGCATTGTGGGTTACTGGAGGAACCCGACATGGATTCCACAGGTT...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   AGAGCTGGATTGAAAGATGTCTCAACGAAAGTGAAAACAAACGTTATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125475 AGAGAGCTGGATTGAAAGATGTCTCAACGAAAGTGAAAACAAACGTTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCCACACATCTCTGGGGAATGTTTCTAATGATGAAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125525 CCAGCCACACATCTCTGGGGAATGTTTCTAATGATGAAAGTA...CAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGGAAAAAGAAAATAATAGAGCATCCAAGCCCCACTCCACTCCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156014 GAGGAAAAAGAAAATAATAGAGCATCCAAGCCCCACTCCACTCCTGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTGCAATG         GCTGGAGGAGAACTATGAGATTGCAGAGGGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 156064 TCTGCAATGGTA...TAGGCTGGAGGAGAACTATGAGATTGCAGAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCTGCATCCCTCGCAGTGCCCTCTATATGCATTACCTGGATTTCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170940 TCTGCATCCCTCGCAGTGCCCTCTATATGCATTACCTGGATTTCTGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAATGATACCCAACCTGTCAATGCTGCCAGCTTTGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 170990 AAGAATGATACCCAACCTGTCAATGCTGCCAGCTTTGGAAAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  ATCATAAGGCAGCAGTTTCCTCAGTTAACCACCAGAAGACTCGGGACCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198672 GATCATAAGGCAGCAGTTTCCTCAGTTAACCACCAGAAGACTCGGGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAGGACAGTCAAA         GTACCATTACTATGGCATTGCAGTGAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 198722 GAGGACAGTCAAAGTA...CAGGTACCATTACTATGGCATTGCAGTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAAGCTCCCAATATTATGATGTGATGTATTCCAAGAAAGGAGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203592 GAAAGCTCCCAATATTATGATGTGATGTATTCCAAGAAAGGAGCTGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGTGAGTGAGACGGGCAAGAAAGAAGTGAGCAAACAGACAGTGGCATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203642 GGTGAGTGAGACGGGCAAGAAAGAAGTGAGCAAACAGACAGTGGCATATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CACCCCGGTCCAAACTCGGAACACTGCTGCCAGAATTTCCCAATGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203692 CACCCCGGTCCAAACTCGGAACACTGCTGCCAGAATTTCCCAATGTCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATCTAAATCTGCCAGCCAGCCTGCCTGAGGAGAAG         GTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 203742 GATCTAAATCTGCCAGCCAGCCTGCCTGAGGAGAAGGTA...CAGGTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TACCTTTATTATGATGTACAGAACACACTGTCAGAGAATACTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 205972 TACCTTTATTATGATGTACAGAACACACTGTCAGAGAATACTGGAC...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640   GGCTCCTCCACGGTGGTGAACATTGTCGGCGTGTGTGACTCCATCCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213021 TGGGCTCCTCCACGGTGGTGAACATTGTCGGCGTGTGTGACTCCATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TACAAAGCTATCTCCGGGGTGCTGATGCCCACTGTGCTGCAGGCATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213071 TACAAAGCTATCTCCGGGGTGCTGATGCCCACTGTGCTGCAGGCATTACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACAG         CTTAACTCAGGTGATTCGAAAGTTTGCCAAGCAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213121 TGACAGGTG...TAGCTTAACTCAGGTGATTCGAAAGTTTGCCAAGCAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGATGAGTGGCTAAAAGTGGCTCTCCACGACCTCCCAGAAAACTTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226045 TGGATGAGTGGCTAAAAGTGGCTCTCCACGACCTCCCAGAAAACTTGCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACATCAAGTTCGAAT         TGTCGAGAAGGTTCTCCCAAATTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 226095 AACATCAAGTTCGAATGTA...CAGTGTCGAGAAGGTTCTCCCAAATTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAGACGGCAAACATCACTAAATCATCTCTGCCAG         GCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 228158 GAGACGGCAAACATCACTAAATCATCTCTGCCAGGTA...TAGGCATCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GAACAGTGATCCACAGTGCAGACATCACGTTCCAAATGCTGGAAGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232087 GAACAGTGATCCACAGTGCAGACATCACGTTCCAAATGCTGGAAGACTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGGAACGTGGACCTGAACAGCATCACCAAGCAAACCCTTTACACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232137 AGGAACGTGGACCTGAACAGCATCACCAAGCAAACCCTTTACACCATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGACTCTCGCGATGAGCACCGGAAACTCATCACCCAAT         TAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 232187 AGACTCTCGCGATGAGCACCGGAAACTCATCACCCAATGTA...CAGTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATCAGGAGTTTGACCATCTCTTGGAGGAGCAGTCTCCCATCGAGTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236643 ATCAGGAGTTTGACCATCTCTTGGAGGAGCAGTCTCCCATCGAGTCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATTGAGTGGCTGGATACCATGGTTGACCGCTGTGTTGTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 236693 ATTGAGTGGCTGGATACCATGGTTGACCGCTGTGTTGTGAAGGTT...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144  GTGGCTGCCAAGAGACAAGGGTCCTTGAAGAAAGTGGCCCAGCAGTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237438 GGTGGCTGCCAAGAGACAAGGGTCCTTGAAGAAAGTGGCCCAGCAGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCTTGATGTGGTCCTGTTTCGGCACAAGGGTGATCCGGGACATGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237488 TCTTGATGTGGTCCTGTTTCGGCACAAGGGTGATCCGGGACATGACCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CACAGCGCCCCCAGCTTCG         GGTCTTTTCACCTAATTCACTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 237538 CACAGCGCCCCCAGCTTCGGTA...CAGGGTCTTTTCACCTAATTCACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AATGTTTGATGACTACGTGCTCTACCTGTTAGAATCTCTGCACTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248832 AATGTTTGATGACTACGTGCTCTACCTGTTAGAATCTCTGCACTGTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGCGGGCCAATGAGCTCATGCGAGCCATGAAGGGAGAAGGAAGCACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 248882 AGCGGGCCAATGAGCTCATGCGAGCCATGAAGGGAGAAGGAAGCACTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1382        CAGAAGTCCGAGAAGAGATCATCTTGACAGAGGCTGCCGCACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248932 A...CAGCAGAAGTCCGAGAAGAGATCATCTTGACAGAGGCTGCCGCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AACCCCTTCACCAGTGCCATCGTTTTCTCCAGCAAAATCTGCCACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249647 AACCCCTTCACCAGTGCCATCGTTTTCTCCAGCAAAATCTGCCACATCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGGAAGTGCCACCTCCCTCTTCCCCTGTTAGCAATCCTTCCCCTGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249697 TGGAAGTGCCACCTCCCTCTTCCCCTGTTAGCAATCCTTCCCCTGAGTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 ACTGGCCTCAGCACTACAG         GAGCAATGCAGTCTTACACGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 249747 ACTGGCCTCAGCACTACAGGTA...CAGGAGCAATGCAGTCTTACACGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GTCTCTAACATACACAGTGACGACGGCTGCTGGGTCCCCAGCTGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264139 GTCTCTAACATACACAGTGACGACGGCTGCTGGGTCCCCAGCTGAGAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CCCAACAGCTGCCCTGTATGAGGAACACTCATGTGCCTTCTTCCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264189 CCCAACAGCTGCCCTGTATGAGGAACACTCATGTGCCTTCTTCCTCCGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ACACACAGGATACCAGTTTATCCCCACAGAGAGGAACATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 264239 ACACACAGGATACCAGTTTATCCCCACAGAGAGGAACATGGGTA...TAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ATACACGGGAAGCTATAACTATGGGAGCTATGGCAACCAGCATCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267335 ATACACGGGAAGCTATAACTATGGGAGCTATGGCAACCAGCATCCTCACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CCATGCAGAGCCAGTATCCGGCCCTCCCTCATGACACAGCTATCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267385 CCATGCAGAGCCAGTATCCGGCCCTCCCTCATGACACAGCTATCTCTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CCACTCCACTATGCCCCTTACCACAGGAGCTCTGCACAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 267435 CCACTCCACTATGCCCCTTACCACAGGAGCTCTGCACAGGTG...AAGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCCTTTTAATAGCCCCACTTCCCGGATGGAACCTTGTTTGATGAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277879 CCCTTTTAATAGCCCCACTTCCCGGATGGAACCTTGTTTGATGAGCAGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTCCCAGACTGCATCCTACCCCAGTCACTCCCCGCTGGCCAGAGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277929 CTCCCAGACTGCATCCTACCCCAGTCACTCCCCGCTGGCCAGAGGTGCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TCAGCCAACACGTGCTACACAAGCCCGTCTGTGCATTCTGCGAGGTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277979 TCAGCCAACACGTGCTACACAAGCCCGTCTGTGCATTCTGCGAGGTACGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 AAACTCTAGTGACATGTATACACCTCTGACAACGCGCAGGAATTCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278029 AAACTCTAGTGACATGTATACACCTCTGACAACGCGCAGGAATTCTGAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 ATGAGCACATGCAACACTTTCCTGGCTTTGCTTACATCAACGGAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278079 ATGAGCACATGCAACACTTTCCTGGCTTTGCTTACATCAACGGAGAGGCC

   2250     .    :    .
   2098 TCTACAGGATGGGCTAAA
        ||||||||||||||||||
 278129 TCTACAGGATGGGCTAAA