seq1 = pF1KB7271.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KB7271/gi568815596f_9946159.tfa (gi568815596f:9946159_10152504), 206346 bp

>pF1KB7271 1485
>gi568815596f:9946159_10152504 (Chr2)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-1207  (101492-102437)   99% ->
1208-1485  (106069-106346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATATGTGAGTCCATCCTGGAGAGGAAGCGGCATGACAGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACATATGTGAGTCCATCCTGGAGAGGAAGCGGCATGACAGCGAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTACTTGCAGCATCTTGGAGCAGACAGACATGGAAGCTGTCGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTACTTGCAGCATCTTGGAGCAGACAGACATGGAAGCTGTCGAGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTTTGTATGAGCTCCTGGGGTCAAAGATCCCAGAAAGGTGACCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTTTGTATGAGCTCCTGGGGTCAAAGATCCCAGAAAGGTGACCTGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGATAAGACCCCTCACGCCTGTCTCTGACTCTGGGGATGTCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGATAAGACCCCTCACGCCTGTCTCTGACTCTGGGGATGTCACCACCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGCATATGGATGCAGCCACACCTGAACTACCAAAAGACTTCCATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGCATATGGATGCAGCCACACCTGAACTACCAAAAGACTTCCATTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TATCGACTCTG         TGCATAACTCCTCCTCAGAGCCCTGATCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TATCGACTCTGGTA...TAGTGCATAACTCCTCCTCAGAGCCCTGATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGAGCCATCGACAAGGACACCTGTTTCTCCCCAAGTAACAGATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 GTGGAGCCATCGACAAGGACACCTGTTTCTCCCCAAGTAACAGATTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCATGTACAGCCACGGATGTTCTCCAGTCCTCTGCCGTAGTGGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 AGCATGTACAGCCACGGATGTTCTCCAGTCCTCTGCCGTAGTGGCCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCTGAGCGGGGGCGCGGAGAGGGGCTTGCTGGGTTTGGAGCCAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 CTCTGAGCGGGGGCGCGGAGAGGGGCTTGCTGGGTTTGGAGCCAGTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCTCTCCCTGCAGGGCCAAGGGGACTAGCGTGATCCGACACACTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 AGCTCTCCCTGCAGGGCCAAGGGGACTAGCGTGATCCGACACACTGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGCCCTGCTGCCTGCTTTCCCACCATCCAGACTCCAGATTGCCGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 GAGCCCTGCTGCCTGCTTTCCCACCATCCAGACTCCAGATTGCCGGCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGACAGCAGAGAAGGAGAAGAGCAGCTTCTGGGACACTTTGAAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 CTGACAGCAGAGAAGGAGAAGAGCAGCTTCTGGGACACTTTGAAACTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGACACACACCTCACGGACAGTTTACTCAGCACTAACTTGGTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 CAGGACACACACCTCACGGACAGTTTACTCAGCACTAACTTGGTGTCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCAGCCCTGCTTGCACAAGTCTGGTGGCCTGCTGCTCACTGACAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 TCAGCCCTGCTTGCACAAGTCTGGTGGCCTGCTGCTCACTGACAAAGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCAGGCAGGGTGGCCTGGTGCAGTTCAGACTTGCTCACCAAAGAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 AGCAGGCAGGGTGGCCTGGTGCAGTTCAGACTTGCTCACCAAAGAATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAAAATGACCTGCCCAGGAAAACCACCCCTCTGATTTCTGTCTCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 GAAAATGACCTGCCCAGGAAAACCACCCCTCTGATTTCTGTCTCTGTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGCTCCCCCTGTCCTTTGCCAGATGATCCCTGTGACTGGACAAAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 TGCTCCCCCTGTCCTTTGCCAGATGATCCCTGTGACTGGACAAAGTAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGTTACCAGCTTTTTTGAAGCCCCCTCCCCAGTTGTCTGTGGGGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 TGTTACCAGCTTTTTTGAAGCCCCCTCCCCAGTTGTCTGTGGGGACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGACCCATCCTAGCTCAGGCTGCTCCAGCGCCTCAACCTGTGTTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 AGACCCATCCTAGCTCAGGCTGCTCCAGCGCCTCAACCTGTGTTCGTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ACCTGCTGTGCCTCAGGGAGCTGTGATGTTGGTCCTGCCCCAGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 ACCTGCTGTGCCTCAGGGAGCTGTGATGTTGGTCCTGCCCCAGGGAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCCTCCGCCTGCCCCCTGTGCAGCCAATGTCATGGCTGCCGGGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102222 TCCCTCCGCCTGCCCCCTGTGCAGCCAATGTCATGGCTGCCGGGAATACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAGTTGTTGCCCCTTGCCCCTGCTCCAGTGTTCATCACCTCTAGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 AAGTTGTTGCCCCTTGCCCCTGCTCCAGTGTTCATCACCTCTAGCCAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTGTGTCCCTCAGGTAGACTTTTCCCGAAGGAGGAACTATGTTTGCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 102322 CTGTGTCCCTCAGGTAGACTTTTCCCGAAGGAGGAACTATGTATGCAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TCCCAGGTTGCCGGAAGACCTACTTCAAAAGTTCCCACCTTAAGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 TCCCAGGTTGCCGGAAGACCTACTTCAAAAGTTCCCACCTTAAGGCCCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTTCGCACTCACACAG         GGGAGAAGCCTTTCAACTGCAGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102422 CTTCGCACTCACACAGGTA...CAGGGGAGAAGCCTTTCAACTGCAGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGATGGCTGTGATAAAAAGTTTGCTCGTTCGGATGAGCTGTCACGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106094 GGATGGCTGTGATAAAAAGTTTGCTCGTTCGGATGAGCTGTCACGCCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GCAGAACTCACACAGGGGAGAAGAAGTTTGTGTGCCCGGTGTGTGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106144 GCAGAACTCACACAGGGGAGAAGAAGTTTGTGTGCCCGGTGTGTGACCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CGTTTCATGCGCAGTGACCACCTGACGAAGCATGCCCGGCGCCACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106194 CGTTTCATGCGCAGTGACCACCTGACGAAGCATGCCCGGCGCCACATGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GACCAAGAAGATCCCAGGCTGGCAGGCAGAGGTTGGCAAGCTGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106244 GACCAAGAAGATCCCAGGCTGGCAGGCAGAGGTTGGCAAGCTGAACAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TCGCCTCTGCAGAGAGCCCGGGGAGCCCACTGGTGAGCATGCCAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106294 TCGCCTCTGCAGAGAGCCCGGGGAGCCCACTGGTGAGCATGCCAGCCTCT

   1500 
   1483 GCC
        |||
 106344 GCC