seq1 = pF1KB7258.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KB7258/gi568815587f_55550904.tfa (gi568815587f:55550904_55751836), 200933 bp

>pF1KB7258 933
>gi568815587f:55550904_55751836 (Chr11)

1-933  (100001-100933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAAATAAACAACGTAACTGAATTCATTTTCTGGGGTCTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAAATAAACAACGTAACTGAATTCATTTTCTGGGGTCTTTCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCCAGAGATTGAGAAAGTTTGTTTTGTGGTGTTTTCTTTCTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCCAGAGATTGAGAAAGTTTGTTTTGTGGTGTTTTCTTTCTTCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAATCATTCTTCTGGGAAATCTCCTCATCATGCTGACAGTTTGCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAATCATTCTTCTGGGAAATCTCCTCATCATGCTGACAGTTTGCCTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCTGTTTAAGTCACCCATGTATTTCTTTCTCAGCTTCTTGTCTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCTGTTTAAGTCACCCATGTATTTCTTTCTCAGCTTCTTGTCTTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACATTTGTTACTCTTCAGTCACAGCTCCCAAGATGATTGTTGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACATTTGTTACTCTTCAGTCACAGCTCCCAAGATGATTGTTGACCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGCAAAGGACAAAACCATCTCCTATGTGGGGTGCATGTTGCAACTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGCAAAGGACAAAACCATCTCCTATGTGGGGTGCATGTTGCAACTGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAGTACATTTCTTTGGTTGCACTGAGATCTTCATCCTTACTGTAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAGTACATTTCTTTGGTTGCACTGAGATCTTCATCCTTACTGTAATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGATCGTTATGTGGCTATCTGTAAACCCCTACATTATATGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGATCGTTATGTGGCTATCTGTAAACCCCTACATTATATGACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAACCGGGAGACATGCAATAAAATGTTATTAGGGACGTGGGTAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGAACCGGGAGACATGCAATAAAATGTTATTAGGGACGTGGGTAGGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTTACACTCCATTATCCAAGTGGCTCTGGTAGTCCAACTACCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTTACACTCCATTATCCAAGTGGCTCTGGTAGTCCAACTACCCTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGACCCAATGAGATAGATCACTACTTTTGTGATGTTCACCCTGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGACCCAATGAGATAGATCACTACTTTTGTGATGTTCACCCTGTGTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACTTGCCTGCACAGAAACATACATTGTTGGTGTTGTTGTGACAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACTTGCCTGCACAGAAACATACATTGTTGGTGTTGTTGTGACAGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGGTACCATTGCTCTGGGGAGTTTTGTTATCTTGCTAATCTCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGGTACCATTGCTCTGGGGAGTTTTGTTATCTTGCTAATCTCCTACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCATCCTAGTTTCCCTGAGAAAGCAGTCAGCAGAAGGCAGGCGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCATCCTAGTTTCCCTGAGAAAGCAGTCAGCAGAAGGCAGGCGCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTCTCCACCTGTGGCTCCCACATTGCCATGGTCGTTATCTTTTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTCTCCACCTGTGGCTCCCACATTGCCATGGTCGTTATCTTTTTCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCTGTACTTTTATGTACATGCGCCCTGATACGACCTTTTCAGAGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCTGTACTTTTATGTACATGCGCCCTGATACGACCTTTTCAGAGGATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATGGTGGCTGTATTTTACACCATTATCACTCCCATGTTAAATCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATGGTGGCTGTATTTTACACCATTATCACTCCCATGTTAAATCCTCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTTATACACTGAGAAATGCAGAAGTAAAGAATGCAATGAAGAAACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTTATACACTGAGAAATGCAGAAGTAAAGAATGCAATGAAGAAACTGTGG

    900     .    :    .    :    .    :
    901 GGCAGAAATGTTTTCTTGGAGGCTAAAGGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGCAGAAATGTTTTCTTGGAGGCTAAAGGGAAA