seq1 = pF1KB7256.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KB7256/gi568815587f_113804934.tfa (gi568815587f:113804934_114046134), 241201 bp

>pF1KB7256 1323
>gi568815587f:113804934_114046134 (Chr11)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-213  (104362-104522)   100% ->
214-258  (126451-126495)   100% ->
259-368  (126825-126934)   100% ->
369-538  (127356-127525)   100% ->
539-696  (128003-128160)   100% ->
697-907  (138049-138259)   100% ->
908-1090  (139640-139822)   100% ->
1091-1323  (140969-141201)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTCAAGTGTAATGGCTCCCCTGTGGGCCTGCATCCTGGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTCAAGTGTAATGGCTCCCCTGTGGGCCTGCATCCTGGTGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GAATTCTAGCCACAGATACACATCATCCCCAGGATTCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGGAATTCTAGCCACAGATACACATCATCCCCAGGATTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTGTATCATCTCAGCAAGCAGCTATTACAGAAATATCATAAAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 CTCTGTATCATCTCAGCAAGCAGCTATTACAGAAATATCATAAAGAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACCTGTTTACAACTGGACCAAGGCCACCACAGTCTACCTGGACCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 AGACCTGTTTACAACTGGACCAAGGCCACCACAGTCTACCTGGACCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCCATGCTATATTGGATGTG         GATGCAGAGAATCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104501 CGTCCATGCTATATTGGATGTGGTA...CAGGATGCAGAGAATCAAATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAGACAAGTGTATGGTACCAAGAG         GTCTGGAATGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126470 TAAAGACAAGTGTATGGTACCAAGAGGTA...CAGGTCTGGAATGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTTATCCTGGAACTCCAGCATGTTTGATGAGATTAGAGAGATCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126840 TTTTTATCCTGGAACTCCAGCATGTTTGATGAGATTAGAGAGATCTCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCTCTAAGTGCCATCTGGGCCCCCGATATCATCATCAATGAGTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 126890 ACCTCTAAGTGCCATCTGGGCCCCCGATATCATCATCAATGAGTTGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     TGTGGACATTGAAAGATACCCTGACCTTCCCTATGTTTATGTGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126940 .TAGTGTGGACATTGAAAGATACCCTGACCTTCCCTATGTTTATGTGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCATCTGGGACCATTGAGAACTATAAGCCCATCCAGGTGGTCTCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127402 TCATCTGGGACCATTGAGAACTATAAGCCCATCCAGGTGGTCTCTGCGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTTTAGAGACATATGCTTTTCCATTTGATGTCCAGAATTGCAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127452 CAGTTTAGAGACATATGCTTTTCCATTTGATGTCCAGAATTGCAGCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTCAAGAGCATTCTGCATACAG         TGGAAGACGTAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127502 CCTTCAAGAGCATTCTGCATACAGGTA...CAGTGGAAGACGTAGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCTTTCTGAGGAGCCCAGAAGACATTCAGCATGACAAAAAGGCGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128020 GCCTTTCTGAGGAGCCCAGAAGACATTCAGCATGACAAAAAGGCGTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAATGACAGTGAGTGGGAACTTCTATCTGTGTCCTCCACATACAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128070 GAATGACAGTGAGTGGGAACTTCTATCTGTGTCCTCCACATACAGCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGAGCAGCGCTGGAGGATTTGCACAGATTCAGTTTAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128120 TGCAGAGCAGCGCTGGAGGATTTGCACAGATTCAGTTTAATGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGTGATGCGCAGGCACCCCCTGGTCTATGTCGTGAGTCTGCTGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138049 GTGGTGATGCGCAGGCACCCCCTGGTCTATGTCGTGAGTCTGCTGATTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAGCATCTTTCTCATGCTGGTGGACCTGGGGAGCTTCTACCTGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138099 TAGCATCTTTCTCATGCTGGTGGACCTGGGGAGCTTCTACCTGCCACCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTGCCGAGCCAGGATTGTGTTCAAGACCAGTGTGCTGGTGGGCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138149 ACTGCCGAGCCAGGATTGTGTTCAAGACCAGTGTGCTGGTGGGCTACACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCTTCAGGGTCAACATGTCCAACCAGGTGCCACGGAGTGTAGGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138199 GTCTTCAGGGTCAACATGTCCAACCAGGTGCCACGGAGTGTAGGGAGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTCTGATTG         GGCACTTCTTCACCATCTGCATGGCCTTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 138249 CCCTCTGATTGGTA...CAGGGCACTTCTTCACCATCTGCATGGCCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGTTCTCAGCTTAGCTAAGTCCATCGTGTTGGTCAAATTCCTCCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139670 TGGTTCTCAGCTTAGCTAAGTCCATCGTGTTGGTCAAATTCCTCCATGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGCAGCGTGGTGGACAGGAGCAGCCCTTCTTGTGCCTTCGAGGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139720 GAGCAGCGTGGTGGACAGGAGCAGCCCTTCTTGTGCCTTCGAGGGGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGATGCTGACAGGCCTAGAGTGGAACCCAGGGCCCAACGTGCTGTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139770 CGATGCTGACAGGCCTAGAGTGGAACCCAGGGCCCAACGTGCTGTGGTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAG         AGTCCTCGCTGTATGGAGAGCACCTGGCCCAGCCAGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139820 CAGGTG...CAGAGTCCTCGCTGTATGGAGAGCACCTGGCCCAGCCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCCTGAAGGAAGTCTGGTCGCAGCTTCAATCTATCAGCAACTACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141007 ACCCTGAAGGAAGTCTGGTCGCAGCTTCAATCTATCAGCAACTACCTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AACTCAGGACCAGACAGACCAACAGGAGGCAGAGTGGCTGGTCCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141057 AACTCAGGACCAGACAGACCAACAGGAGGCAGAGTGGCTGGTCCTCCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCGCTTTGACCGACTGCTCTTCCAAAGCTACCTTTTCATGCTGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141107 CCCGCTTTGACCGACTGCTCTTCCAAAGCTACCTTTTCATGCTGGGGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1279 TACACCATCACTCTGTGCTCCCTCTGGGCACTGTGGGGCGGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141157 TACACCATCACTCTGTGCTCCCTCTGGGCACTGTGGGGCGGCGTG