seq1 = pF1KB7232.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KB7232/gi568815578f_6670127.tfa (gi568815578f:6670127_6879086), 208960 bp

>pF1KB7232 1188
>gi568815578f:6670127_6879086 (Chr20)

1-346  (100001-100346)   100% ->
347-1188  (108119-108960)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCCGGGACCCGCTGTCTTCTAGCGTTGCTGCTTCCCCAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCCGGGACCCGCTGTCTTCTAGCGTTGCTGCTTCCCCAGGTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCGGCGCGGCTGGCCTCGTTCCGGAGCTGGGCCGCAGGAAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGGCGGCGCGGCTGGCCTCGTTCCGGAGCTGGGCCGCAGGAAGTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGCGTCGTCGGGCCGCCCCTCATCCCAGCCCTCTGACGAGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGCGTCGTCGGGCCGCCCCTCATCCCAGCCCTCTGACGAGGTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGAGTTCGAGTTGCGGCTGCTCAGCATGTTCGGCCTGAAACAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGAGTTCGAGTTGCGGCTGCTCAGCATGTTCGGCCTGAAACAGAGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCCCAGCAGGGACGCCGTGGTGCCCCCCTACATGCTAGACCTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCCCAGCAGGGACGCCGTGGTGCCCCCCTACATGCTAGACCTGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGGCACTCAGGTCAGCCGGGCTCACCCGCCCCAGACCACCGGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGGCACTCAGGTCAGCCGGGCTCACCCGCCCCAGACCACCGGTTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGGCAGCCAGCCGAGCCAACACTGTGCGCAGCTTCCACCATGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100301 AGGGCAGCCAGCCGAGCCAACACTGTGCGCAGCTTCCACCATGAAGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347      AATCTTTGGAAGAACTACCAGAAACGAGTGGGAAAACAACCCGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ..TAGAATCTTTGGAAGAACTACCAGAAACGAGTGGGAAAACAACCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GATTCTTCTTTAATTTAAGTTCTATCCCCACGGAGGAGTTTATCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108164 GATTCTTCTTTAATTTAAGTTCTATCCCCACGGAGGAGTTTATCACCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGAGCTTCAGGTTTTCCGAGAACAGATGCAAGATGCTTTAGGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108214 GCAGAGCTTCAGGTTTTCCGAGAACAGATGCAAGATGCTTTAGGAAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGCAGTTTCCATCACCGAATTAATATTTATGAAATCATAAAACCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108264 TAGCAGTTTCCATCACCGAATTAATATTTATGAAATCATAAAACCTGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGCCAACTCGAAATTCCCCGTGACCAGACTTTTGGACACCAGGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108314 CAGCCAACTCGAAATTCCCCGTGACCAGACTTTTGGACACCAGGTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AATCAGAATGCAAGCAGGTGGGAAAGTTTTGATGTCACCCCCGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108364 AATCAGAATGCAAGCAGGTGGGAAAGTTTTGATGTCACCCCCGCTGTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGGTGGACTGCACAGGGACACGCCAACCATGGATTCGTGGTGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108414 GCGGTGGACTGCACAGGGACACGCCAACCATGGATTCGTGGTGGAAGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCACTTGGAGGAGAAACAAGGTGTCTCCAAGAGACATGTTAGGATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108464 CCCACTTGGAGGAGAAACAAGGTGTCTCCAAGAGACATGTTAGGATAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGGTCTTTGCACCAAGATGAACACAGCTGGTCACAGATAAGGCCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 AGGTCTTTGCACCAAGATGAACACAGCTGGTCACAGATAAGGCCATTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGTAACTTTTGGCCATGATGGAAAAGGGCATCCTCTCCACAAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108564 AGTAACTTTTGGCCATGATGGAAAAGGGCATCCTCTCCACAAAAGAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AACGTCAAGCCAAACACAAACAGCGGAAACGCCTTAAGTCCAGCTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108614 AACGTCAAGCCAAACACAAACAGCGGAAACGCCTTAAGTCCAGCTGTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGACACCCTTTGTACGTGGACTTCAGTGACGTGGGGTGGAATGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108664 AGACACCCTTTGTACGTGGACTTCAGTGACGTGGGGTGGAATGACTGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTGGCTCCCCCGGGGTATCACGCCTTTTACTGCCACGGAGAATGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 TGTGGCTCCCCCGGGGTATCACGCCTTTTACTGCCACGGAGAATGCCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCCTCTGGCTGATCATCTGAACTCCACTAATCATGCCATTGTTCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108764 TTCCTCTGGCTGATCATCTGAACTCCACTAATCATGCCATTGTTCAGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTGGTCAACTCTGTTAACTCTAAGATTCCTAAGGCATGCTGTGTCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108814 TTGGTCAACTCTGTTAACTCTAAGATTCCTAAGGCATGCTGTGTCCCGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGAACTCAGTGCTATCTCGATGCTGTACCTTGACGAGAATGAAAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108864 AGAACTCAGTGCTATCTCGATGCTGTACCTTGACGAGAATGAAAAGGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1142 TATTAAAGAACTATCAGGACATGGTTGTGGAGGGTTGTGGGTGTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108914 TATTAAAGAACTATCAGGACATGGTTGTGGAGGGTTGTGGGTGTCGC