seq1 = pF1KB7225.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KB7225/gi568815597f_86534294.tfa (gi568815597f:86534294_86742594), 208301 bp

>pF1KB7225 786
>gi568815597f:86534294_86742594 (Chr1)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-300  (101307-101447)   100% ->
301-448  (101663-101810)   100% ->
449-557  (102507-102615)   100% ->
558-735  (104565-104742)   100% ->
736-786  (108251-108301)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTCAGTCTGAAGGTGATTCTCTTCCTATCCTTGCTTCTCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTTCAGTCTGAAGGTGATTCTCTTCCTATCCTTGCTTCTCTCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTATTGAAAAGCTCACTGGTAACTTTGAATAACAATGGATATGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTATTGAAAAGCTCACTGGTAACTTTGAATAACAATGGATATGATGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTCATTGCAATTAATCCCAGTGTACCAGAAGATGAAAAACTCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTCATTGCAATTAATCCCAGTGTACCAGAAGATGAAAAACTCATTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACATAAAG         GAAATGGTAACTGAAGCATCTACTTACCTGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACATAAAGGTA...CAGGAAATGGTAACTGAAGCATCTACTTACCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATGCCACCAAACAAAGAGCTTATTTCAGGAATGTAAGCATTTTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 TCATGCCACCAAACAAAGAGCTTATTTCAGGAATGTAAGCATTTTAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAATGACCTACAAATCAAAATCTGAGTACTTAATCCCAAAACAAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 CAATGACCTACAAATCAAAATCTGAGTACTTAATCCCAAAACAAGAATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGACCAG         GCAGATGTCATAGTTGCTGATCTTTACCTGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 TATGACCAGGTA...TAGGCAGATGTCATAGTTGCTGATCTTTACCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATACGGAGATGATCCCTATACACTTCAATATGGACAATGTGGAGATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101695 ATACGGAGATGATCCCTATACACTTCAATATGGACAATGTGGAGATAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACAATATATACATTTTACTCCAAACTTCTTGTTGACTAATAACTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101745 GACAATATATACATTTTACTCCAAACTTCTTGTTGACTAATAACTTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCTATGGGCCTCGAG         GTAGAGTATTTGTCCATGAGTGGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101795 ACCTATGGGCCTCGAGGTA...CAGGTAGAGTATTTGTCCATGAGTGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTCCGGTGGGGAGTATTTGATGAGTATAATGTGGACCAGCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 CCATCTCCGGTGGGGAGTATTTGATGAGTATAATGTGGACCAGCCATTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATATTTCCAGAAGAAACACTACTGAAGCAACAAG         ATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102582 ATATTTCCAGAAGAAACACTACTGAAGCAACAAGGTA...TAGATGTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCGTATTACTGTTTACATGGTTTTGAACGAATGCAAGGGGGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 ACTCGTATTACTGTTTACATGGTTTTGAACGAATGCAAGGGGGCCAGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATAGCACGACCATTCAGACGTGACTCAAAGACAGGGCTGTATGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 TATAGCACGACCATTCAGACGTGACTCAAAGACAGGGCTGTATGAAGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATGTACATTTATCCCAAAGAGATCCCAGACTGCCAAGGAATCCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104672 AATGTACATTTATCCCAAAGAGATCCCAGACTGCCAAGGAATCCATTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTATGCAAAATCTTGATTCT         GTGACTGAATTTTGTACTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104722 TTTATGCAAAATCTTGATTCTGTA...CAGGTGACTGAATTTTGTACTGA

    800     .    :    .    :    .    :
    756 AAAAACACACAATAAAGAAGCTCCAAACCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108271 AAAAACACACAATAAAGAAGCTCCAAACCTA