seq1 = pF1KB7187.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KB7187/gi568815595r_47462603.tfa (gi568815595r:47462603_47677929), 215327 bp

>pF1KB7187 1617
>gi568815595r:47462603_47677929 (Chr3)

(complement)

1-97  (99237-99333)   100% ->
98-1193  (100002-101097)   100% ->
1194-1382  (105056-105244)   100% ->
1383-1458  (108703-108778)   100% ->
1459-1617  (115169-115327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCGAGCCGGGGGCGGGGGCCCGGGCCGGGGGCCGCCGCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99237 ATGGGGCGAGCCGGGGGCGGGGGCCCGGGCCGGGGGCCGCCGCCACTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTTTCTGGGGGCCGCGCTGGTCCTGGCCTCTGGGGCCGTGCCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
  99287 GCTGTTTCTGGGGGCCGCGCTGGTCCTGGCCTCTGGGGCCGTGCCGGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CGCGTGAGGCGGGCAGCGCGGTTGAGGCCGAAGAGCTGGTGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99337 ...CAGCGCGTGAGGCGGGCAGCGCGGTTGAGGCCGAAGAGCTGGTGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCAGCCCGGCGTGGGAGCCGCCTGCCAACGACACGCGGGAAGAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GGCAGCCCGGCGTGGGAGCCGCCTGCCAACGACACGCGGGAAGAAGCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCACCAGCGGCTGGGGAAGATGAGGCGTCGTGGACGGCGCCCGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CCCACCAGCGGCTGGGGAAGATGAGGCGTCGTGGACGGCGCCCGGTGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGGCCGGGCCAGAAGAGGTGCTGCAGGAGTCGGCTGCGGTGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 AGCTGGCCGGGCCAGAAGAGGTGCTGCAGGAGTCGGCTGCGGTGACCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGCCTGGCTGGAAGCTGACAGCCCAGGCCTGGGAGGAGTGACCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 ACCGCCTGGCTGGAAGCTGACAGCCCAGGCCTGGGAGGAGTGACCGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCGGGCAGCGGCGATGCCCAGGCCCTTCCAGCTACGCTCCAGGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 GGCGGGCAGCGGCGATGCCCAGGCCCTTCCAGCTACGCTCCAGGCTCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGAGGTCCTCGGGCAGTCAATCATGCCCCCTGCCATTCCTGAGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100296 ACGAGGTCCTCGGGCAGTCAATCATGCCCCCTGCCATTCCTGAGGCTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGCCAGCGGGCCACCCTCCCCCACCCCCGGCGACAAGCTGAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100346 GAGGCCAGCGGGCCACCCTCCCCCACCCCCGGCGACAAGCTGAGCCCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTCTGAACTCCCCAAGGAGAGCCCCTTGGAGGTTTGGCTGAACCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100396 TTCTGAACTCCCCAAGGAGAGCCCCTTGGAGGTTTGGCTGAACCTGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAGCACACCCGACCCTCAAGGGCCAGAGCTGACTTACCCATTTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 GCAGCACACCCGACCCTCAAGGGCCAGAGCTGACTTACCCATTTCAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCCTGGAGCCCCAACCGGCATCAGATATCATTGACATCGACTACTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 ACCCTGGAGCCCCAACCGGCATCAGATATCATTGACATCGACTACTTCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGGACTGGATGGTGAGGGTCGTGGCGCAGATCTGGGGAGCTTCCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 AGGACTGGATGGTGAGGGTCGTGGCGCAGATCTGGGGAGCTTCCCAGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACCAGGAACCTCAGAGAACCACCCTGATACTGAGGGAGAGACCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100596 CACCAGGAACCTCAGAGAACCACCCTGATACTGAGGGAGAGACCCCTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGAGCCTGCTTGACTTATACGATGATTTCACCCCCTTCGATGAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 TGGAGCCTGCTTGACTTATACGATGATTTCACCCCCTTCGATGAATCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TTTCTACCCCACCACATCCTTTTATGATGACTTGGATGAAGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100696 TTTCTACCCCACCACATCCTTTTATGATGACTTGGATGAAGAGGAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGAGGAGGATGACAAAGATGCAGTAGGAGGTGGAGACCTAGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 AAGAGGAGGATGACAAAGATGCAGTAGGAGGTGGAGACCTAGAAGATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AATGAGCTTCTAGTGCCCACTGGGAAGCCTGGTCTGGGGCCCGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 AATGAGCTTCTAGTGCCCACTGGGAAGCCTGGTCTGGGGCCCGGGACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCAGCCCACCAGTCGGTGGCATGCTGTCCCTCCACAGCACACTCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 CCAGCCCACCAGTCGGTGGCATGCTGTCCCTCCACAGCACACTCTGGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CGGTCCCCGGCAGCAGCATCGCCCTCAGGCCCCGCCCAGGAGAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 CGGTCCCCGGCAGCAGCATCGCCCTCAGGCCCCGCCCAGGAGAGCCAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGGGACTTGGCCTCCAGTGAAAATGGCACTGAGTGCCGCAGTGGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 AGGGACTTGGCCTCCAGTGAAAATGGCACTGAGTGCCGCAGTGGCTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCGGCATAACGGCTCCTGCCGGTCAGTGTGCGACCTCTTCCCAAGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 GCGGCATAACGGCTCCTGCCGGTCAGTGTGCGACCTCTTCCCAAGTTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTCACAATGGCGGCCAGTGCTACCTGGTGGAGAACATAGGGGCCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 GTCACAATGGCGGCCAGTGCTACCTGGTGGAGAACATAGGGGCCTTCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AG         GTGCAACACGCAGGACTACATCTGGCACAAGGGGATGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 AGGTA...CAGGTGCAACACGCAGGACTACATCTGGCACAAGGGGATGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTGCGAGTCCATCATCACCGACTTCCAGGTGATGTGCGTGGCCGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105095 CTGCGAGTCCATCATCACCGACTTCCAGGTGATGTGCGTGGCCGTGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CGGCTGCCCTCGTCCTGCTCCTGCTCTTCATGATGACGGTGTTCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105145 CGGCTGCCCTCGTCCTGCTCCTGCTCTTCATGATGACGGTGTTCTTTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGAAGCTCTACCTGCTCAAGACGGAGAATACCAAGCTGCGTAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105195 AAGAAGCTCTACCTGCTCAAGACGGAGAATACCAAGCTGCGTAGGACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383          CAAATTCCGGACCCCATCTGAGCTCCACAATGATAACTTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105245 GTG...CAGCAAATTCCGGACCCCATCTGAGCTCCACAATGATAACTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CCCTCTCCACCATTGCCGAGGGCTCTCACCCAAAT         GATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108744 CCCTCTCCACCATTGCCGAGGGCTCTCACCCAAATGTA...CAGGATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCTAGTGCTCCCCACAAAATCCAGGAGGTTCTCAAGTCCTGCCTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115175 CCTAGTGCTCCCCACAAAATCCAGGAGGTTCTCAAGTCCTGCCTGAAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GGAGGAGTCATTTAACATCCAGAACTCCATGTCGCCCAAACTTGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115225 GGAGGAGTCATTTAACATCCAGAACTCCATGTCGCCCAAACTTGAGGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GCAAAGGTGACCAGGCTGACTTGGATGTGAACTGTCTTCAGAATAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115275 GCAAAGGTGACCAGGCTGACTTGGATGTGAACTGTCTTCAGAATAATTTA

   1650 
   1615 ACC
        |||
 115325 ACC