seq1 = pF1KB7179.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB7179/gi568815594f_40235468.tfa (gi568815594f:40235468_40454517), 219050 bp

>pF1KB7179 1437
>gi568815594f:40235468_40454517 (Chr4)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-210  (100360-100505)   100% ->
211-365  (101743-101897)   100% ->
366-898  (113415-113947)   100% ->
899-1437  (118512-119050)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTGGTCCCATTCCTGCATCTCCTTTTGCTGGATCTACTTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTGGTCCCATTCCTGCATCTCCTTTTGCTGGATCTACTTTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCAGACTGAGAG         CTGCAGAGACGGCAGATGGAAAATATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCAGACTGAGAGGTG...TAGCTGCAGAGACGGCAGATGGAAAATATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAGAAGTTGTTTAATGACCTTTTTGAAGATTATTCTAATGCTCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100387 CTCAGAAGTTGTTTAATGACCTTTTTGAAGATTATTCTAATGCTCTTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGTGGAAGATACAGATAAAGTCCTGAATGTGACCCTGCAGATTACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 CCAGTGGAAGATACAGATAAAGTCCTGAATGTGACCCTGCAGATTACGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTCAGATTAAGGATATG         GATGAAAGAAACCAAATTCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100487 CTCTCAGATTAAGGATATGGTG...TAGGATGAAAGAAACCAAATTCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTTATTTGTGGATCCGCCAAATCTGGCACGATGCCTATCTCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 CTGCTTATTTGTGGATCCGCCAAATCTGGCACGATGCCTATCTCACGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCGAGATCAGTACGATGGCCTAGACTCCATCAGGATCCCCAGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 GACCGAGATCAGTACGATGGCCTAGACTCCATCAGGATCCCCAGTGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTGTGGAGGCCAGACATCGTCTTATATAACAA         GGCTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101865 CGTGTGGAGGCCAGACATCGTCTTATATAACAAGTA...CAGGGCTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAATCTTCAGAGCCTGTGAACACCAATGTGGTCCTGCGGTATGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113423 ATGAATCTTCAGAGCCTGTGAACACCAATGTGGTCCTGCGGTATGATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGATCACCTGGGATGCACCGGCCATCACCAAAAGCTCCTGTGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113473 CTGATCACCTGGGATGCACCGGCCATCACCAAAAGCTCCTGTGTGGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCACCTACTTCCCTTTTGACAACCAGCAGTGCAACCTGACTTTTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113523 TGTCACCTACTTCCCTTTTGACAACCAGCAGTGCAACCTGACTTTTGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTGGACCTACAATGGCAATCAGGTGGACATATTCAACGCCTTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113573 CCTGGACCTACAATGGCAATCAGGTGGACATATTCAACGCCTTGGACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAGATCTCTCTGACTTCATTGAAGATGTGGAATGGGAGGTCCATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113623 GGAGATCTCTCTGACTTCATTGAAGATGTGGAATGGGAGGTCCATGGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCGCTGTGAAGAATGTGATCTCCTATGGCTGCTGCTCTGAGCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113673 GCCCGCTGTGAAGAATGTGATCTCCTATGGCTGCTGCTCTGAGCCTTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGGATGTCACATTCACCCTCCTTCTGAAGAGGAGGTCCTCGTTCTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113723 CGGATGTCACATTCACCCTCCTTCTGAAGAGGAGGTCCTCGTTCTATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTCAACCTCCTCATCCCATGCGTCCTCATATCTTTTCTGGCTCCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113773 GTCAACCTCCTCATCCCATGCGTCCTCATATCTTTTCTGGCTCCTCTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTTTATCTCCCAGCAGCCTCCGGAGAAAAGGTCTCCCTGGGAGTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113823 TTTTTATCTCCCAGCAGCCTCCGGAGAAAAGGTCTCCCTGGGAGTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCTGTTGGCCATGACTGTATTTCAGCTAATGGTGGCAGAAATCATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113873 TCCTGTTGGCCATGACTGTATTTCAGCTAATGGTGGCAGAAATCATGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCCTCAGAAAATGTGCCCCTGATAG         GTAAATACTACATAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113923 GCCTCAGAAAATGTGCCCCTGATAGGTG...CAGGTAAATACTACATAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CACGATGGCCCTGATCACAGCCTCCACTGCGTTGACCATCATGGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118528 CACGATGGCCCTGATCACAGCCTCCACTGCGTTGACCATCATGGTGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATATCCACTTCTGTGGGGCCGAGGCCCGGCCGGTGCCACACTGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118578 ATATCCACTTCTGTGGGGCCGAGGCCCGGCCGGTGCCACACTGGGCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGGTCATCCTGAAATACATGTCCAGGGTCTTGTTTGTCTATGATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118628 GTGGTCATCCTGAAATACATGTCCAGGGTCTTGTTTGTCTATGATGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGAAAGCTGCCTCAGCCCGCACCACAGTAGAGAGCGGGACCACCTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118678 TGAAAGCTGCCTCAGCCCGCACCACAGTAGAGAGCGGGACCACCTCACGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGTTTATAGCAAACTCCCAGAGTCTAACCTGAAAGCAGCCAGGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118728 AAGTTTATAGCAAACTCCCAGAGTCTAACCTGAAAGCAGCCAGGAACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GACCTTTCCAGAAAGAAGGACATGAACAAACGCTTAAAGAACGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118778 GACCTTTCCAGAAAGAAGGACATGAACAAACGCTTAAAGAACGACCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTGCCAGGGTAAGAACCCTCAGGAGGCCGAGAGTTACTGTGCACAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118828 CTGCCAGGGTAAGAACCCTCAGGAGGCCGAGAGTTACTGTGCACAGTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AAGTGCTGACGAGGAATATTGAGTACATCGCCAAGTGCCTCAAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118878 AAGTGCTGACGAGGAATATTGAGTACATCGCCAAGTGCCTCAAAGACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAGGCCACCAATTCCAAGGGGAGTGAATGGAAGAAGGTGGCGAAAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118928 AAGGCCACCAATTCCAAGGGGAGTGAATGGAAGAAGGTGGCGAAAGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGACCGATTCTTCATGTGGATTTTTTTCATTATGGTGTTTGTGATGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118978 AGACCGATTCTTCATGTGGATTTTTTTCATTATGGTGTTTGTGATGACTA

   1450     .    :    .    :
   1415 TTTTGATCATAGCAAGAGCGGAT
        |||||||||||||||||||||||
 119028 TTTTGATCATAGCAAGAGCGGAT