seq1 = pF1KB7172.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KB7172/gi568815596f_17831009.tfa (gi568815596f:17831009_18032481), 201473 bp

>pF1KB7172 1473
>gi568815596f:17831009_18032481 (Chr2)

1-1473  (100001-101473)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTTGGTGAGTTTTTCCATCGCCCTGGACAAGACGAGGAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTTTGGTGAGTTTTTCCATCGCCCTGGACAAGACGAGGAACTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCTGAATGTGGGGGGCTTTAAGCAGTCTGTTGACCAAAGCACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCTGAATGTGGGGGGCTTTAAGCAGTCTGTTGACCAAAGCACCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGGTTTCCTCACACCAGACTGGGGAAGCTGCTTACTTGCCATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGGTTTCCTCACACCAGACTGGGGAAGCTGCTTACTTGCCATTCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCATTCTGGAGCTGTGTGATGATTACAGTGTGGCCGATAAGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100151 GAGGCCATTCTGGAGCTGTGTGATGATTACAGTGTGGCCGATAAGGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACTTTGATCGGAATCCCTCCTTGTTCAGATATGTTTTGAATTTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACTTTGATCGGAATCCCTCCTTGTTCAGATATGTTTTGAATTTTTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACGGGGAAGCTGCATGTCATGGAGGAGCTGTGCGTATTCTCATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100251 ACACGGGGAAGCTGCATGTCATGGAGGAGCTGTGCGTATTCTCATTCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGAGATCGAGTACTGGGGCATCAACGAGCTCTTCATTGATTCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGAGATCGAGTACTGGGGCATCAACGAGCTCTTCATTGATTCTTGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCAATCGCTACCAGGAACGCAAGGAGGAAAACCACGAGAAGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCAATCGCTACCAGGAACGCAAGGAGGAAAACCACGAGAAGGACTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCAGAAAAGCCATGATGTGAGTACCGACTCCTCGTTTGAAGAGTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCAGAAAAGCCATGATGTGAGTACCGACTCCTCGTTTGAAGAGTCGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGTTTGAGAAAGAGCTGGAGAAGTTTGACACACTGCGATTTGGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGTTTGAGAAAGAGCTGGAGAAGTTTGACACACTGCGATTTGGTCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGGAAGAAAATCTGGATTAGAATGGAGAATCCAGCGTACTGCCTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGGAAGAAAATCTGGATTAGAATGGAGAATCCAGCGTACTGCCTGTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTAAGCTTATCGCTATCTCCTCCTTGAGCGTGGTGCTGGCCTCCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTAAGCTTATCGCTATCTCCTCCTTGAGCGTGGTGCTGGCCTCCATCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCATGTGCGTTCACAGCATGTCGGAGTTCCAGAATGAGGATGGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCATGTGCGTTCACAGCATGTCGGAGTTCCAGAATGAGGATGGAGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGATGATCCGGTGCTGGAAGGAGTGGAGATCGCGTGCATTGCCTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGATGATCCGGTGCTGGAAGGAGTGGAGATCGCGTGCATTGCCTGGTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGGGGAGCTTGCCGTCCGGCTGGCTGCCGCTCCTTGTCAAAAGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGGGGAGCTTGCCGTCCGGCTGGCTGCCGCTCCTTGTCAAAAGAAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGAAAAACCCTCTGAACATCATTGACTTTGTCTCTATTATTCCCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGAAAAACCCTCTGAACATCATTGACTTTGTCTCTATTATTCCCTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCCACGTTGGCTGTAGACACCAAGGAGGAAGAGAGTGAGGATATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCCACGTTGGCTGTAGACACCAAGGAGGAAGAGAGTGAGGATATTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACATGGGCAAGGTGGTCCAGATCCTACGGCTTATGAGGATTTTCCGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACATGGGCAAGGTGGTCCAGATCCTACGGCTTATGAGGATTTTCCGAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTAAAGCTTGCCCGGCACTCGGTAGGACTTCGGTCTCTAGGTGCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTAAAGCTTGCCCGGCACTCGGTAGGACTTCGGTCTCTAGGTGCCACACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAGACACAGCTACCATGAAGTTGGGCTTCTGCTTCTCTTCCTCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100951 GAGACACAGCTACCATGAAGTTGGGCTTCTGCTTCTCTTCCTCTCTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCATTTCCATTTTCTCTGTGCTTATCTACTCCGTGGAGAAAGATGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCATTTCCATTTTCTCTGTGCTTATCTACTCCGTGGAGAAAGATGACCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACATCCAGCCTCACCAGCATCCCCATCTGCTGGTGGTGGGCCACCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACATCCAGCCTCACCAGCATCCCCATCTGCTGGTGGTGGGCCACCATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATGACAACTGTGGGCTATGGAGACACCCACCCGGTCACCTTGGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATGACAACTGTGGGCTATGGAGACACCCACCCGGTCACCTTGGCGGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGCTCATCGCCAGCACATGCATCATCTGTGGCATCTTGGTGGTGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGCTCATCGCCAGCACATGCATCATCTGTGGCATCTTGGTGGTGGCCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCATCACCATCATCTTCAACAAGTTTTCCAAGTACTACCAGAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCCATCACCATCATCTTCAACAAGTTTTCCAAGTACTACCAGAAGCAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGACATTGATGTGGACCAGTGCAGTGAGGATGCACCAGAGAAGTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGACATTGATGTGGACCAGTGCAGTGAGGATGCACCAGAGAAGTGTCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGCTACCTTACTTTAACATTAGGGATATATATGCACAGCGGATGCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 101301 AGCTACCTTACTTTAACATTAGGGATATATATGCACAGCGGATGCACACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TTCATTACCAGTCTCTCTTCTGTAGGCATTGTGGTGAGCGATCCTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTCATTACCAGTCTCTCTTCTGTAGGCATTGTGGTGAGCGATCCTGACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CACAGATGCTTCAAGCATTGAAGACAATGAGGACATTTGTAACACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CACAGATGCTTCAAGCATTGAAGACAATGAGGACATTTGTAACACCACCT

   1450     .    :    .    :
   1451 CCTTGGAGAATTGCACAGCAAAA
        |||||||||||||||||||||||
 101451 CCTTGGAGAATTGCACAGCAAAA