seq1 = pF1KB7140.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB7140/gi568815595r_151227994.tfa (gi568815595r:151227994_151428992), 200999 bp

>pF1KB7140 999
>gi568815595r:151227994_151428992 (Chr3)

(complement)

1-999  (100001-100999)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACACCACAGTGATGCAAGGCTTCAACAGATCTGAGCGGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACACCACAGTGATGCAAGGCTTCAACAGATCTGAGCGGTGCCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACACTCGGATAGTACAGCTGGTATTCCCAGCCCTCTACACAGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACACTCGGATAGTACAGCTGGTATTCCCAGCCCTCTACACAGTGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGACCGGCATCCTGCTGAATACTTTGGCTCTGTGGGTGTTTGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGACCGGCATCCTGCTGAATACTTTGGCTCTGTGGGTGTTTGTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCCCAGCTCCTCCACCTTCATCATCTACCTCAAAAACACTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCCCAGCTCCTCCACCTTCATCATCTACCTCAAAAACACTTTGGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACTTGATAATGACACTCATGCTTCCTTTCAAAATCCTCTCTGACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACTTGATAATGACACTCATGCTTCCTTTCAAAATCCTCTCTGACTCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGGCACCCTGGCAGCTCAGAGCTTTTGTGTGTCGTTTTTCTTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGGCACCCTGGCAGCTCAGAGCTTTTGTGTGTCGTTTTTCTTCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATATTTTATGAGACCATGTATGTGGGCATCGTGCTGTTAGGGCTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATATTTTATGAGACCATGTATGTGGGCATCGTGCTGTTAGGGCTCATAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTTGACAGATTCCTCAAGATCATCAGACCTTTGAGAAATATTTTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTTGACAGATTCCTCAAGATCATCAGACCTTTGAGAAATATTTTTCTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAAACCTGTTTTTGCAAAAACGGTCTCAATCTTCATCTGGTTCTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAAAACCTGTTTTTGCAAAAACGGTCTCAATCTTCATCTGGTTCTTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCTTCATCTCCCTGCCAAATATGATCTTGAGCAACAAGGAAGCAACACC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCTTCATCTCCCTGCCAAATACGATCTTGAGCAACAAGGAAGCAACACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATCGTCTGTGAAAAAGTGTGCTTCCTTAAAGGGGCCTCTGGGGCTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATCGTCTGTGAAAAAGTGTGCTTCCTTAAAGGGGCCTCTGGGGCTGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCATCAAATGGTAAATAACATATGCCAGTTTATTTTCTGGACTGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCATCAAATGGTAAATAACATATGCCAGTTTATTTTCTGGACTGTTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCTAATGCTTGTGTTTTATGTGGTTATTGCAAAAAAAGTATATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCTAATGCTTGTGTTTTATGTGGTTATTGCAAAAAAAGTATATGATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATAGAAAGTCCAAAAGTAAGGACAGAAAAAACAACAAAAAGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTATAGAAAGTCCAAAAGTAAGGACAGAAAAAACAACAAAAAGCTGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAAGTATTTGTTGTCGTGGCTGTCTTCTTTGTGTGTTTTGCTCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAAGTATTTGTTGTCGTGGCTGTCTTCTTTGTGTGTTTTGCTCCATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CATTTTGCCAGAGTTCCATATACTCACAGTCAAACCAACAATAAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CATTTTGCCAGAGTTCCATATACTCACAGTCAAACCAACAATAAGACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGTAGACTGCAAAATCAACTGTTTATTGCTAAAGAAACAACTCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTGTAGACTGCAAAATCAACTGTTTATTGCTAAAGAAACAACTCTCTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGCAGCAACTAACATTTGTATGGATCCCTTAATATACATATTCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGCAGCAACTAACATTTGTATGGATCCCTTAATATACATATTCTTATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAAAATTCACAGAAAAGCTACCATGTATGCAAGGGAGAAAGACCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAAAATTCACAGAAAAGCTACCATGTATGCAAGGGAGAAAGACCACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    951 ATCAAGCCAAGAAAATCATAGCAGTCAGACAGACAACATAACCTTAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATCAAGCCAAGAAAATCATAGCAGTCAGACAGACAACATAACCTTAGGC