seq1 = pF1KB7109.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB7109/gi568815590f_95054045.tfa (gi568815590f:95054045_95254791), 200747 bp

>pF1KB7109 744
>gi568815590f:95054045_95254791 (Chr8)

1-744  (100001-100747)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGATCGCTTGGCAAACAGTGAAGCAAATACTAGACGTATAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGATCGCTTGGCAAACAGTGAAGCAAATACTAGACGTATAAGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGAAAACTGTTTTGGAGCAGCTGGTCAACCTTTAACTATACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGAAAACTGTTTTGGAGCAGCTGGTCAACCTTTAACTATACCTGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGTTCTTATTGGAGAAGGAGTATTGACTAAGTTGTGCAGGAAAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGTTCTTATTGGAGAAGGAGTATTGACTAAGTTGTGCAGGAAAAAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGCAAGGCAGTTTTTCTTGTTTAATGATATTCTTGTATATGGCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGCAAGGCAGTTTTTCTTGTTTAATGATATTCTTGTATATGGCAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTCATCCAGAAGAAAAAATATAACAAACAACATATTATTCCCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTCATCCAGAAGAAAAAATATAACAAACAACATATTATTCCCCTGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTCACTATTGATTCCATCAAAGATGAGGGAGACTTAAGGAATGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTCACTATTGATTCCATCAAAGATGAGGGAGACTTAAGGAATGGATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTAATCAAGACACCAACTAAATCTTTTGCAGTTTATGCTGCCACTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTAATCAAGACACCAACTAAATCTTTTGCAGTTTATGCTGCCACTGCTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGAAATCAGAATGGATGAATCATATAAATAAATGTGTTACTGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGAAATCAGAATGGATGAATCATATAAATAAATGTGTTACTGATTTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTCCAAAAGTGGGAAGACACCCAGTAATGAACATGCTGCTGTCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTCCAAAAGTGGGAAGACACCCAGTAATGAACATGCTGCTGTCTGGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTGACTCTGAGGCAACTGTATGTATGCGTTGTCAGAAAGCAAAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTGACTCTGAGGCAACTGTATGTATGCGTTGTCAGAAAGCAAAATTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCTGTTAATCGTCGCCACCATTGCCGCAAATGTGGTTTTGTTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCTGTTAATCGTCGCCACCATTGCCGCAAATGTGGTTTTGTTGTCTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCCCTGCTCTGAAAAGAGATTTCTTCTTCCCAGCCAGTCCTCTAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCCCTGCTCTGAAAAGAGATTTCTTCTTCCCAGCCAGTCCTCTAAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGCGGATTTGTGACTTCTGCTATGACCTGCTTTCTGCTGGGGACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGCGGATTTGTGACTTCTGCTATGACCTGCTTTCTGCTGGGGACATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACATGCCAGCCTGCTAGATCAGACTCTTACAGCCAGTCATTGAAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACATGCCAGCCTGCTAGATCAGACTCTTACAGCCAGTCATTGAAGTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    701 CTTTAAATGATATGTCTGATGATGA   CGATGATGATAGCAGTGAC
        |||||||||||||||||||||||||---|||||||||||||||||||
 100701 CTTTAAATGATATGTCTGATGATGATGACGATGATGATAGCAGTGAC