seq1 = pF1KB7053.tfa, 1629 bp
seq2 = pF1KB7053/gi568815593f_138365762.tfa (gi568815593f:138365762_138568078), 202317 bp

>pF1KB7053 1629
>gi568815593f:138365762_138568078 (Chr5)

1-307  (100001-100307)   100% ->
308-1629  (100996-102317)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGCCAAGGCCGAGATGCAGCTGATGTCCCCGCTGCAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGCCAAGGCCGAGATGCAGCTGATGTCCCCGCTGCAGATCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCCGTTCGGATCCTTTCCTCACTCGCCCACCATGGACAACTACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCCGTTCGGATCCTTTCCTCACTCGCCCACCATGGACAACTACCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGGAGGAGATGATGCTGCTGAGCAACGGGGCTCCCCAGTTCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGGAGGAGATGATGCTGCTGAGCAACGGGGCTCCCCAGTTCCTCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGCCGGGGCCCCAGAGGGCAGCGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGCCGGGGCCCCAGAGGGCAGCGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGGGGCGGTGGAGGCGGCGGGGGCGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGGGGCGGTGGAGGCGGCGGGGGCGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACCTTCAACCCTCAGGCGGACACGGGCGAGCAGCCCTACGAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACCTTCAACCCTCAGGCGGACACGGGCGAGCAGCCCTACGAGCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCGCAG         AGTCTTTTCCTGACATCTCTCTGAACAACGAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCGCAGGTA...CAGAGTCTTTTCCTGACATCTCTCTGAACAACGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGCTGGTGGAGACCAGTTACCCCAGCCAAACCACTCGACTGCCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101030 GGTGCTGGTGGAGACCAGTTACCCCAGCCAAACCACTCGACTGCCCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACCTATACTGGCCGCTTTTCCCTGGAGCCTGCACCCAACAGTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 TCACCTATACTGGCCGCTTTTCCCTGGAGCCTGCACCCAACAGTGGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCTTGTGGCCCGAGCCCCTCTTCAGCTTGGTCAGTGGCCTAGTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101130 ACCTTGTGGCCCGAGCCCCTCTTCAGCTTGGTCAGTGGCCTAGTGAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACCAACCCACCGGCCTCCTCGTCCTCAGCACCATCTCCAGCGGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 GACCAACCCACCGGCCTCCTCGTCCTCAGCACCATCTCCAGCGGCCTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGCCTCCGCCTCCCAGAGCCCACCCCTGAGCTGCGCAGTGCCATCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 CCGCCTCCGCCTCCCAGAGCCCACCCCTGAGCTGCGCAGTGCCATCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACAGCAGTCCCATTTACTCAGCGGCACCCACCTTCCCCACGCCGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 GACAGCAGTCCCATTTACTCAGCGGCACCCACCTTCCCCACGCCGAACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGACATTTTCCCTGAGCCACAAAGCCAGGCCTTCCCGGGCTCGGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 TGACATTTTCCCTGAGCCACAAAGCCAGGCCTTCCCGGGCTCGGCAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGCGCTCCAGTACCCGCCTCCTGCCTACCCTGCCGCCAAGGGTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 CAGCGCTCCAGTACCCGCCTCCTGCCTACCCTGCCGCCAAGGGTGGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGTTCCCATGATCCCCGACTACCTGTTTCCACAGCAGCAGGGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 CAGGTTCCCATGATCCCCGACTACCTGTTTCCACAGCAGCAGGGGGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCCTGGGCACCCCAGACCAGAAGCCCTTCCAGGGCCTGGAGAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 GGGCCTGGGCACCCCAGACCAGAAGCCCTTCCAGGGCCTGGAGAGCCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCAGCAGCCTTCGCTAACCCCTCTGTCTACTATTAAGGCCTTTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 CCCAGCAGCCTTCGCTAACCCCTCTGTCTACTATTAAGGCCTTTGCCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGTCGGGCTCCCAGGACCTGAAGGCCCTCAATACCAGCTACCAGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 CAGTCGGGCTCCCAGGACCTGAAGGCCCTCAATACCAGCTACCAGTCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTCATCAAACCCAGCCGCATGCGCAAGTACCCCAACCGGCCCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101630 GCTCATCAAACCCAGCCGCATGCGCAAGTACCCCAACCGGCCCAGCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CGCCCCCCCACGAACGCCCTTACGCTTGCCCAGTGGAGTCCTGTGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101680 CGCCCCCCCACGAACGCCCTTACGCTTGCCCAGTGGAGTCCTGTGATCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGCTTCTCCCGCTCCGACGAGCTCACCCGCCACATCCGCATCCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101730 CGCTTCTCCCGCTCCGACGAGCTCACCCGCCACATCCGCATCCACACAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCAGAAGCCCTTCCAGTGCCGCATCTGCATGCGCAACTTCAGCCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101780 CCAGAAGCCCTTCCAGTGCCGCATCTGCATGCGCAACTTCAGCCGCAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACCACCTCACCACCCACATCCGCACCCACACAGGCGAAAAGCCCTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 ACCACCTCACCACCCACATCCGCACCCACACAGGCGAAAAGCCCTTCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGCGACATCTGTGGAAGAAAGTTTGCCAGGAGCGATGAACGCAAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101880 TGCGACATCTGTGGAAGAAAGTTTGCCAGGAGCGATGAACGCAAGAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TACCAAGATCCACTTGCGGCAGAAGGACAAGAAAGCAGACAAAAGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101930 TACCAAGATCCACTTGCGGCAGAAGGACAAGAAAGCAGACAAAAGTGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TGGCCTCTTCGGCCACCTCCTCTCTCTCTTCCTACCCGTCCCCGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101980 TGGCCTCTTCGGCCACCTCCTCTCTCTCTTCCTACCCGTCCCCGGTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 ACCTCTTACCCGTCCCCGGTTACTACCTCTTATCCATCCCCGGCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102030 ACCTCTTACCCGTCCCCGGTTACTACCTCTTATCCATCCCCGGCCACCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTCATACCCATCCCCTGTGCCCACCTCCTTCTCCTCTCCCGGCTCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102080 CTCATACCCATCCCCTGTGCCCACCTCCTTCTCCTCTCCCGGCTCCTCGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCTACCCATCCCCTGTGCACAGTGGCTTCCCCTCCCCGTCGGTGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102130 CCTACCCATCCCCTGTGCACAGTGGCTTCCCCTCCCCGTCGGTGGCCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ACGTACTCCTCTGTTCCCCCTGCTTTCCCGGCCCAGGTCAGCAGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102180 ACGTACTCCTCTGTTCCCCCTGCTTTCCCGGCCCAGGTCAGCAGCTTCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TTCCTCAGCTGTCACCAACTCCTTCAGCGCCTCCACAGGGCTTTCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102230 TTCCTCAGCTGTCACCAACTCCTTCAGCGCCTCCACAGGGCTTTCGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1592 TGACAGCAACCTTTTCTCCCAGGACAATTGAAATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102280 TGACAGCAACCTTTTCTCCCAGGACAATTGAAATTTGC