seq1 = pF1KB7052.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KB7052/gi568815597f_154914661.tfa (gi568815597f:154914661_155116682), 202022 bp

>pF1KB7052 1617
>gi568815597f:154914661_155116682 (Chr1)

1-1154  (100001-101154)   100% ->
1155-1617  (101560-102022)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCCCCGAGGATGACCTGATTGGGATTCCATTCCCGGACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCCCCGAGGATGACCTGATTGGGATTCCATTCCCGGACCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGAGCTCCTGAGCTGCCTCAATGAGCAGCGCCAGCTGGGCCACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGAGCTCCTGAGCTGCCTCAATGAGCAGCGCCAGCTGGGCCACCTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGACCTCACCATCCGGACGCAGGGCCTTGAATACCGCACCCACAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGACCTCACCATCCGGACGCAGGGCCTTGAATACCGCACCCACAGGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTAGCTGCCTGTAGCCACTACTTCAAGAAGCTTTTCACTGAGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCTAGCTGCCTGTAGCCACTACTTCAAGAAGCTTTTCACTGAGGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCGGAGCTGTCATGGGGGCCGGGGGTAGCGGGACGGCCACTGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCGGAGCTGTCATGGGGGCCGGGGGTAGCGGGACGGCCACTGGGGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGGGGCCGGTGTGTGTGAGCTGGACTTTGTAGGGCCAGAGGCACTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGGGGCCGGTGTGTGTGAGCTGGACTTTGTAGGGCCAGAGGCACTAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCTCCTTGAATTTGCCTATACAGCCACACTGACCACCAGCAGCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCTCCTTGAATTTGCCTATACAGCCACACTGACCACCAGCAGCGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGCCAGCTGTGCTCCAGGCTGCCCGCCTGCTGGAGATCCCGTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGCCAGCTGTGCTCCAGGCTGCCCGCCTGCTGGAGATCCCGTGTGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGCTGCTTGCATGGAGATTCTGCAGGGCAGTGGGCTAGAAGCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGCTGCTTGCATGGAGATTCTGCAGGGCAGTGGGCTAGAAGCTCCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGGACGAGGATGACTGTGAGCGAGCCCGCCAGTATCTGGAGGCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGGACGAGGATGACTGTGAGCGAGCCCGCCAGTATCTGGAGGCCTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACAGCCACGGCCTCTGGAGTTCCCAATGGTGAAGACAGTCCTCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACAGCCACGGCCTCTGGAGTTCCCAATGGTGAAGACAGTCCTCCACAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCCTCCCACCACCTCCGCCACCGCCACCTCGGCCTGTTGCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCCTCCCACCACCTCCGCCACCGCCACCTCGGCCTGTTGCCCGCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCGCAAGCCCCGGAAAGCTTTCCTGCAAACCAAGGGGGCCAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCGCAAGCCCCGGAAAGCTTTCCTGCAAACCAAGGGGGCCAGAGCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCACCTAGTCCCTGAGGTGCCCACAGTGCCCGCCCATCCCTTGACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCACCTAGTCCCTGAGGTGCCCACAGTGCCCGCCCATCCCTTGACCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGAGGAGGAGGTGGCGGGCAGAGTGGGCAGCAGTGGGGGCAGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGAGGAGGAGGTGGCGGGCAGAGTGGGCAGCAGTGGGGGCAGTGGGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGGGACAGCTACAGCCCTCCCACAGGAACTGCCTCCCCTCCTGAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGGGACAGCTACAGCCCTCCCACAGGAACTGCCTCCCCTCCTGAGGGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGAGCTACGAACCCTATGAGGGTGAGGAAGAAGAAGAGGAGCTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGAGCTACGAACCCTATGAGGGTGAGGAAGAAGAAGAGGAGCTGGTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCCCCAGCCTATGGGCTGGCGCAGGGTGGCGGGCCCCCGCTGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCCCCAGCCTATGGGCTGGCGCAGGGTGGCGGGCCCCCGCTGTCCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGAGCTGGGCTCAGATGAGGATGCCATCGATCCTGACCTGATGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGAGCTGGGCTCAGATGAGGATGCCATCGATCCTGACCTGATGGCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTAAGCTCCCTGCACCAGGACAACCTGGCACCAGGCCTGGACAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCTAAGCTCCCTGCACCAGGACAACCTGGCACCAGGCCTGGACAGCCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACAAGCTGGTGCGCAAACGCCGCTCCCAGATGCCTCAGGAGTGCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACAAGCTGGTGCGCAAACGCCGCTCCCAGATGCCTCAGGAGTGCCCTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCCACAAGATCATCCATGGGGCAGGCAAACTGCCTCGCCACATGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCCACAAGATCATCCATGGGGCAGGCAAACTGCCTCGCCACATGAGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCACACAGGCGAGAAGCCCTTTGCCTGCGAGGTCTGCGGTGTTCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCACACAGGCGAGAAGCCCTTTGCCTGCGAGGTCTGCGGTGTTCGATTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCAG         GAACGACAAGCTGAAGATCCACATGCGGAAGCACACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCAGGTG...CAGGAACGACAAGCTGAAGATCCACATGCGGAAGCACACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GGAGAGCGCCCCTACTCATGCCCGCACTGCCCAGCCCGCTTCCTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101597 GGAGAGCGCCCCTACTCATGCCCGCACTGCCCAGCCCGCTTCCTGCACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTACGACCTCAAGAACCACATGCACCTGCACACAGGGGACCGGCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101647 CTACGACCTCAAGAACCACATGCACCTGCACACAGGGGACCGGCCCTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AGTGCCACCTGTGCCACAAGGCTTTCGCCAAGGAGGACCACCTGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 AGTGCCACCTGTGCCACAAGGCTTTCGCCAAGGAGGACCACCTGCAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CACCTCAAAGGCCAGAACTGCCTGGAGGTGCGCACCCGACGGCGCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101747 CACCTCAAAGGCCAGAACTGCCTGGAGGTGCGCACCCGACGGCGCCGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGACGATGCACCACCCCACTACCCGCCACCCTCTACCGCTGCTGCATCCC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 101797 GGACGATGCACCACCCCACTACCCACCACCCTCTACCGCTGCTGCATCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CCGCTGGCCTCGACCTCTCCAATGGCCACCTGGACACCTTCCGCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 CCGCTGGCCTCGACCTCTCCAATGGCCACCTGGACACCTTCCGCCTCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CTAGCTCGATTCTGGGAGCAGTCAGCCCCCACTGGGCCCCCGGTCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 CTAGCTCGATTCTGGGAGCAGTCAGCCCCCACTGGGCCCCCGGTCTCTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCCAGGGCCCCCTGATGACGATGAGGAGGAAGGGGCACCCACCACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101947 CCCAGGGCCCCCTGATGACGATGAGGAGGAAGGGGCACCCACCACACCCC

   1600     .    :    .    :    .
   1592 AGGCTGAAGGTGCCATGGAGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||
 101997 AGGCTGAAGGTGCCATGGAGTCCTCT