seq1 = pF1KB6980.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB6980/gi568815590f_143978729.tfa (gi568815590f:143978729_144180598), 201870 bp

>pF1KB6980 735
>gi568815590f:143978729_144180598 (Chr8)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-378  (101215-101421)   100% ->
379-735  (101514-101870)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGCTGGAGCTCTTGTCGGACCAGGGCTACCGGGTGGACGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGCTGGAGCTCTTGTCGGACCAGGGCTACCGGGTGGACGGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCGCCGGGGAGCTGCGCAAGATCCAGGCGCGGATGGGCGTGTTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCGCCGGGGAGCTGCGCAAGATCCAGGCGCGGATGGGCGTGTTCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCTGACGGCTCGGCCTACATTGAGCAGGGCAACACCAAGGCACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCTGACGGCTCGGCCTACATTGAGCAGGGCAACACCAAGGCACTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGTCTACGGCCCGCACGAG         ATCCGGGGCTCCCGGGCTCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTCTACGGCCCGCACGAGGCG...CAGATCCGGGGCTCCCGGGCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCCTGCCGGACAGGGCCCTAGTGAACTGTCAATATAGTTCAGCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101235 AGCCCTGCCGGACAGGGCCCTAGTGAACTGTCAATATAGTTCAGCGACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGCACAGGTGAGCGCAAGCGACGGCCACATGGGGACCGTAAGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101285 TCAGCACAGGTGAGCGCAAGCGACGGCCACATGGGGACCGTAAGTCCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATGGGCCTGCAGCTCCGCCAGACTTTCGAAGCAGCCATCCTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101335 GAGATGGGCCTGCAGCTCCGCCAGACTTTCGAAGCAGCCATCCTCACACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGCACCCACGCTCCCAGATTGATATCTATGTGCAG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101385 GCTGCACCCACGCTCCCAGATTGATATCTATGTGCAGGTG...CAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACAGGCAGATGGTGGGACCTATGCAGCTTGTGTGAATGCAGCCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 TACAGGCAGATGGTGGGACCTATGCAGCTTGTGTGAATGCAGCCACGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGTGCTGGATGCCGGGATACCCATGAGAGACTTTGTGTGTGCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 GCAGTGCTGGATGCCGGGATACCCATGAGAGACTTTGTGTGTGCGTGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCTGGCTTCGTGGACGGCACAGCCCTGGCGGACCTCAGCCATGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 AGCTGGCTTCGTGGACGGCACAGCCCTGGCGGACCTCAGCCATGTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGCAGCTGGTGGCCCCCAGCTGGCCCTGGCCCTGCTGCCAGCCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 AAGCAGCTGGTGGCCCCCAGCTGGCCCTGGCCCTGCTGCCAGCCTCAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGATTGCGCTGCTTGAGATGGATGCCCGGCTGCACGAGGACCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101718 CAGATTGCGCTGCTTGAGATGGATGCCCGGCTGCACGAGGACCACCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCGGGTGTTGGAGGCTGCTGCCCAGGCTGCCCGAGATGTGCACACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101768 GCGGGTGTTGGAGGCTGCTGCCCAGGCTGCCCGAGATGTGCACACCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAGATCGAGTGGTCCGGCAGCATGTGCGTGAGGCCTCTATCTTGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101818 TAGATCGAGTGGTCCGGCAGCATGTGCGTGAGGCCTCTATCTTGCTGGGG

    750 
    733 GAC
        |||
 101868 GAC