seq1 = pF1KB6974.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KB6974/gi568815592f_116471583.tfa (gi568815592f:116471583_116693098), 221516 bp

>pF1KB6974 729
>gi568815592f:116471583_116693098 (Chr6)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-139  (108713-108778)   100% ->
140-270  (113145-113275)   100% ->
271-414  (117260-117403)   100% ->
415-547  (118690-118822)   100% ->
548-610  (119306-119368)   100% ->
611-729  (121398-121516)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGATTACGGCGAGGAGCAGCGCAACGAGCTGGAGGCCCTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGATTACGGCGAGGAGCAGCGCAACGAGCTGGAGGCCCTGGAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTACCCTGACTCCTTCACAG         TATTATCAGAAAATCCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CATCTACCCTGACTCCTTCACAGGTG...CAGTATTATCAGAAAATCCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCTTCACCATTACTGTGACGTCTGAGGCTGGAGAAAATGATGAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108731 CCAGCTTCACCATTACTGTGACGTCTGAGGCTGGAGAAAATGATGAAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        CTGTCCAGACTACCCTCAAGTTTACATACAGTGAAAAATACCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108781 A...TAGCTGTCCAGACTACCCTCAAGTTTACATACAGTGAAAAATACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGATGAAGCTCCCCTTTATGAAATATTCTCCCAGGAAAATCTAGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113188 AGATGAAGCTCCCCTTTATGAAATATTCTCCCAGGAAAATCTAGAAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGATGTCTCAGACATTTTAAAATTACTAGCATTACAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113238 ATGATGTCTCAGACATTTTAAAATTACTAGCATTACAGGTA...CAGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGAAAATCTTGGTATGGTGATGATTTTTACTCTAGTGACAGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117263 GAAGAAAATCTTGGTATGGTGATGATTTTTACTCTAGTGACAGCTGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAAAATTAAATGAAATAGTAGATCAGATAAAAACTAGAAGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117313 AGAAAAATTAAATGAAATAGTAGATCAGATAAAAACTAGAAGAGAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAGCAGAAGAAGCTGAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117363 AAAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAGCAGAAGAAGCTGAAAAGGTA...AAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAATTATTCCATGGTACTCCAGTTACAATTGAGAATTTCTTAAATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118690 CAATTATTCCATGGTACTCCAGTTACAATTGAGAATTTCTTAAATTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCCAAGTTTGATGCAGAACTCTTGGAAATTAAAAAGAAAAGGATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118740 AGCCAAGTTTGATGCAGAACTCTTGGAAATTAAAAAGAAAAGGATGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAGAACAAGCAGGAAAAAATAAATTAAGTG         GGAAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118790 AAGAAGAACAAGCAGGAAAAAATAAATTAAGTGGTA...TAGGGAAACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTATTTGAAACAGATCATAATCTTGACACATCTGATATCCAGTTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119314 CTATTTGAAACAGATCATAATCTTGACACATCTGATATCCAGTTCTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATG         CTGGAAACAACGTGGAGGTAGATGAGTCTTTGTTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119364 GGATGGTA...CAGCTGGAAACAACGTGGAGGTAGATGAGTCTTTGTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGAAATGGATGACTTGGAGCTGGAGGATGATGAAGATGATCCAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121434 AAGAAATGGATGACTTGGAGCTGGAGGATGATGAAGATGATCCAGACTAT

    750     .    :    .    :    .    :
    697 AATCCTGCTGACCCAGAGAGTGACTCAGCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 121484 AATCCTGCTGACCCAGAGAGTGACTCAGCTGAC