seq1 = pF1KB6963.tfa, 642 bp
seq2 = pF1KB6963/gi568815589f_75017502.tfa (gi568815589f:75017502_75246738), 229237 bp

>pF1KB6963 642
>gi568815589f:75017502_75246738 (Chr9)

33-81  (100001-100049)   100% ->
82-132  (110068-110118)   100% ->
133-196  (113077-113140)   100% ->
197-250  (114269-114322)   100% ->
251-358  (115793-115900)   100% ->
359-408  (116845-116894)   100% ->
409-487  (120037-120115)   100% ->
488-586  (123333-123431)   100% ->
587-642  (129182-129237)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     33 AGGGCAAGTTAAAGTCTTCAGAGCCCTGTATACGTTTGAACCCAGAACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 AGGGCAAGTTAAAGTCTTCAGAGCCCTGTATACGTTTGAACCCAGAACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     82         CCAGATGAATTATACTTTGAGGAAGGTGATATTATCTACATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...TAGCCAGATGAATTATACTTTGAGGAAGGTGATATTATCTACATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 ACTGACATG         AGCGATACCAATTGGTGGAAAGGCACCTCCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110110 ACTGACATGGTA...CAGAGCGATACCAATTGGTGGAAAGGCACCTCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 AGGCAGGACTGGACTAATTCCAAGCAACTATG         TGGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113109 AGGCAGGACTGGACTAATTCCAAGCAACTATGGTA...TAGTGGCTGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    206 AGGCAGAATCCATTGACAATCCATTGCATGAAGCAGCAAAAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114278 AGGCAGAATCCATTGACAATCCATTGCATGAAGCAGCAAAAAGAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251     GCAACTTGAGCTGGTTGAGAGAGTGTTTGGACAACAGAGTGGGTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114328 .CAGGCAACTTGAGCTGGTTGAGAGAGTGTTTGGACAACAGAGTGGGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    297 TAATGGCTTAGACAAAGCTGGAAGCACTGCCTTATACTGGGCTTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115839 TAATGGCTTAGACAAAGCTGGAAGCACTGCCTTATACTGGGCTTGCCACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 GGGGCCACAAAG         ATATAGTGGAAATGCTATTTACTCAACCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115889 GGGGCCACAAAGGTA...CAGATATAGTGGAAATGCTATTTACTCAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 AATATTGAACTGAACCAGCAG         AACAAGTTGGGAGATACAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116874 AATATTGAACTGAACCAGCAGGTA...TAGAACAAGTTGGGAGATACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 TTTGCATGCTGCTGCCTGGAAGGGTTATGCAGATATCGTCCAGTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120057 TTTGCATGCTGCTGCCTGGAAGGGTTATGCAGATATCGTCCAGTTGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 TGGCAAAAG         GTGCTAGAACAGACTTAAGAAACATTGAGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120107 TGGCAAAAGGTA...AAGGTGCTAGAACAGACTTAAGAAACATTGAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 AAGCTGGCCTTCGACATGGCTACCAATGCTGCCTGTGCATCTCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123365 AAGCTGGCCTTCGACATGGCTACCAATGCTGCCTGTGCATCTCTCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 AAAGAAACAGGGAACAG         ATGCAGTTCGAACATTAAGCAATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123415 AAAGAAACAGGGAACAGGTA...CAGATGCAGTTCGAACATTAAGCAATG

    650     .    :    .    :    .    :
    611 CCGAGGACTATCTCGATGATGAAGACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 129206 CCGAGGACTATCTCGATGATGAAGACTCAGAT