seq1 = pF1KB6904.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KB6904/gi568815596f_203767943.tfa (gi568815596f:203767943_203972809), 204867 bp

>pF1KB6904 669
>gi568815596f:203767943_203972809 (Chr2)

1-109  (100001-100109)   99% ->
110-457  (102644-102991)   100% ->
458-567  (103436-103545)   100% ->
568-669  (104766-104867)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTGCCTTGGATTTCAGCGGCACAAGGCTCAGCTGAACCTGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100001 ATGGCTTGCCTTGGATTTCAGCGGCACAAGGCTCAGCTGAACCTGGCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGACCTGGCCCTGCACTCTCCTGTTTTTTCTTCTCTTCATCCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGACCTGGCCCTGCACTCTCCTGTTTTTTCTTCTCTTCATCCCTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCAAAG         CAATGCACGTGGCCCAGCCTGCTGTGGTACTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGCAAAGGTG...TAGCAATGCACGTGGCCCAGCCTGCTGTGGTACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAGCAGCCGAGGCATCGCCAGCTTTGTGTGTGAGTATGCATCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102676 GCCAGCAGCCGAGGCATCGCCAGCTTTGTGTGTGAGTATGCATCTCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAGCCACTGAGGTCCGGGTGACAGTGCTTCGGCAGGCTGACAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 CAAAGCCACTGAGGTCCGGGTGACAGTGCTTCGGCAGGCTGACAGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACTGAAGTCTGTGCGGCAACCTACATGATGGGGAATGAGTTGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102776 TGACTGAAGTCTGTGCGGCAACCTACATGATGGGGAATGAGTTGACCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAGATGATTCCATCTGCACGGGCACCTCCAGTGGAAATCAAGTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102826 CTAGATGATTCCATCTGCACGGGCACCTCCAGTGGAAATCAAGTGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTATCCAAGGACTGAGGGCCATGGACACGGGACTCTACATCTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102876 CACTATCCAAGGACTGAGGGCCATGGACACGGGACTCTACATCTGCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAGCTCATGTACCCACCGCCATACTACCTGGGCATAGGCAACGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 TGGAGCTCATGTACCCACCGCCATACTACCTGGGCATAGGCAACGGAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGATTTATGTAATTG         ATCCAGAACCGTGCCCAGATTCTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102976 CAGATTTATGTAATTGGTG...CAGATCCAGAACCGTGCCCAGATTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCCTCCTCTGGATCCTTGCAGCAGTTAGTTCGGGGTTGTTTTTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 CTTCCTCCTCTGGATCCTTGCAGCAGTTAGTTCGGGGTTGTTTTTTTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTTTCTCCTCACAGCTGTTTCTTTGAGCAAAATG         CTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103511 GCTTTCTCCTCACAGCTGTTTCTTTGAGCAAAATGGTG...CAGCTAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAAGAAGCCCTCTTACAACAGGGGTCTATGTGAAAATGCCCCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104772 AAAAGAAGCCCTCTTACAACAGGGGTCTATGTGAAAATGCCCCCAACAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    624 GCCAGAATGTGAAAAGCAATTTCAGCCTTATTTTATTCCCATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104822 GCCAGAATGTGAAAAGCAATTTCAGCCTTATTTTATTCCCATCAAT