seq1 = pF1KB6889.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KB6889/gi568815595f_153062694.tfa (gi568815595f:153062694_153263242), 200549 bp

>pF1KB6889 549
>gi568815595f:153062694_153263242 (Chr3)

1-549  (100001-100549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGCGTGGGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGAGTACAAAGTGGTGGTGCTGGGCTCGGGCGGCGTGGGCAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTCACCGTGCAGTTCGTGACGGGCTCCTTCATCGAGAAGTACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTCACCGTGCAGTTCGTGACGGGCTCCTTCATCGAGAAGTACGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACCATCGAAGACTTTTACCGCAAGGAGATTGAGGTGGACTCGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGACCATCGAAGACTTTTACCGCAAGGAGATTGAGGTGGACTCGTCGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGTGCTGGAGATCCTGGATACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGTGCTGGAGATCCTGGATACGGCGGGCACCGAGCAGTTCGCGTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTGGTCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGACCTGTACATCAAGAACGGCCAGGGCTTCATCCTGGTCTACAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTCAACCAGCAGAGCTTCCAGGACATCAAGCCCATGCGGGACCAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCGCGTGAAGCGGTACGAGCGCGTGCCCATGATCCTGGTGGGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCGCGTGAAGCGGTACGAGCGCGTGCCCATGATCCTGGTGGGCAACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGACCTGGAGGGTGAGCGCGAGGTCTCGTACGGGGAGGGCAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGACCTGGAGGGTGAGCGCGAGGTCTCGTACGGGGAGGGCAAGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCTGAGGAGTGGAGCTGCCCCTTCATGGAGACGTCGGCCAAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCTGAGGAGTGGAGCTGCCCCTTCATGGAGACGTCGGCCAAAAACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTCGGTAGACGAGCTATTTGCCGAGATCGTGCGGCAGATGAACTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTCGGTAGACGAGCTATTTGCCGAGATCGTGCGGCAGATGAACTACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    501 GGCGCAGCCCAACGGCGATGAGGGCTGCTGCTCGGCCTGCGTGATCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGCAGCCCAACGGCGATGAGGGCTGCTGCTCGGCCTGCGTGATCCTC