seq1 = pF1KB6885.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KB6885/gi568815587r_2032990.tfa (gi568815587r:2032990_2235523), 202534 bp

>pF1KB6885 540
>gi568815587r:2032990_2235523 (Chr11)

(complement)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-306  (101859-102007)   100% ->
307-540  (102301-102534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAATCCCAATGGGGAAGTCGATGCTGGTGCTTCTCACCTTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAATCCCAATGGGGAAGTCGATGCTGGTGCTTCTCACCTTCTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGCCTCGTGCTGCATTGCTGCTTACCGCCCCAGTGAGACCCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGCCTCGTGCTGCATTGCTGCTTACCGCCCCAGTGAGACCCTGTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGGAGCTGGTGGACACCCTCCAGTTCGTCTGTGGGGACCGCGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGGAGCTGGTGGACACCCTCCAGTTCGTCTGTGGGGACCGCGGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACTTCA         GCAGGCCCGCAAGCCGTGTGAGCCGTCGCAGCCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACTTCAGTA...CAGGCAGGCCCGCAAGCCGTGTGAGCCGTCGCAGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCATCGTTGAGGAGTGCTGTTTCCGCAGCTGTGACCTGGCCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 TGGCATCGTTGAGGAGTGCTGTTTCCGCAGCTGTGACCTGGCCCTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACGTACTGTGCTACCCCCGCCAAGTCCGAGAGGGACGTGTCGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 AGACGTACTGTGCTACCCCCGCCAAGTCCGAGAGGGACGTGTCGACCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCGACCGTGCTTCCG         GACAACTTCCCCAGATACCCCGTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101993 CCGACCGTGCTTCCGGTG...CAGGACAACTTCCCCAGATACCCCGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGTTCTTCCAATATGACACCTGGAAGCAGTCCACCCAGCGCCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102327 CAAGTTCTTCCAATATGACACCTGGAAGCAGTCCACCCAGCGCCTGCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGGCCTGCCTGCCCTCCTGCGTGCCCGCCGGGGTCACGTGCTCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 GGGGCCTGCCTGCCCTCCTGCGTGCCCGCCGGGGTCACGTGCTCGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCTCGAGGCGTTCAGGGAGGCCAAACGTCACCGTCCCCTGATTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102427 GAGCTCGAGGCGTTCAGGGAGGCCAAACGTCACCGTCCCCTGATTGCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACCCACCCAAGACCCCGCCCACGGGGGCGCCCCCCCAGAGATGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 ACCCACCCAAGACCCCGCCCACGGGGGCGCCCCCCCAGAGATGGCCAGCA

    550     .
    533 ATCGGAAG
        ||||||||
 102527 ATCGGAAG