seq1 = pF1KB6795.tfa, 384 bp
seq2 = pF1KB6795/gi568815596f_126556264.tfa (gi568815596f:126556264_126796139), 239876 bp

>pF1KB6795 384
>gi568815596f:126556264_126796139 (Chr2)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-106  (133992-134048)   100% ->
107-190  (137601-137684)   100% ->
191-384  (139683-139876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTCGACGAGAAGCCCCAACAGCACGGCGTGGCCTCTCAGCCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTGGTCGACGAGAAGCCCCAACAGCACGGCGTGGCCTCTCAGCCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         AGCCTGATCCGGGGATGGCCTCTGCCTCCACCACAATGCATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGAGCCTGATCCGGGGATGGCCTCTGCCTCCACCACAATGCATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTACCACCATTGCAG         AGCCTGATCCAGGGATGTCTGGATGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134034 CTACCACCATTGCAGGTG...CAGAGCCTGATCCAGGGATGTCTGGATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCGGATGGCAGAATGGAGACCTCCACCCCCACCATAATGGACATTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137627 CCGGATGGCAGAATGGAGACCTCCACCCCCACCATAATGGACATTGTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTGCAG         GTGTGATTGCTGCTGTGGCCATCGTCCTAGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137677 CATTGCAGGTG...CAGGTGTGATTGCTGCTGTGGCCATCGTCCTAGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCCTCCTCTTCGTCATGCTGCGCTACATGTACCGGCACAAGGGCACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139716 CCCTCCTCTTCGTCATGCTGCGCTACATGTACCGGCACAAGGGCACGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACACCAATGAGGCCAAGGGCACGGAGTTTGCTGAGAGTGCAGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139766 CACACCAATGAGGCCAAGGGCACGGAGTTTGCTGAGAGTGCAGATGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGCAGGGAGACCCTGCCCTCCAAGATGCTGGTGATAGCAGCAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139816 CCTGCAGGGAGACCCTGCCCTCCAAGATGCTGGTGATAGCAGCAGAAAGG

    400     .    :
    374 AGTACTTTATT
        |||||||||||
 139866 AGTACTTTATT