seq1 = pF1KB6729.tfa, 276 bp
seq2 = pF1KB6729/gi568815597f_203761660.tfa (gi568815597f:203761660_203969929), 208270 bp

>pF1KB6729 276
>gi568815597f:203761660_203969929 (Chr1)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-81  (100537-100563)   100% ->
82-144  (102004-102066)   100% ->
145-223  (103382-103460)   100% ->
224-276  (108218-108270)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTACCGTGGCCAGGGTCAGAAAGTGCAGAAGGTTATGGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTACCGTGGCCAGGGTCAGAAAGTGCAGAAGGTTATGGTGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATC         AACCTCATCTTCAGATACTTACAAAAT         A
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 CATCGTA...CAGAACCTCATCTTCAGATACTTACAAAATGTA...CAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GATCGCGGATTCAGGTGTGGCTCTATGAGCAAGTGAATATGCGGATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 GATCGCGGATTCAGGTGTGGCTCTATGAGCAAGTGAATATGCGGATAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGCTGTATCATT         GGTTTTGATGAGTATATGAACCTTGTATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102055 GGCTGTATCATTGTG...TAGGGTTTTGATGAGTATATGAACCTTGTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGATGATGCAGAAGAGATTCATTCTAAAACAAAGTCAAGAAAACAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103411 AGATGATGCAGAAGAGATTCATTCTAAAACAAAGTCAAGAAAACAACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224          GTCGGATCATGCTAAAAGGAGATAATATTACTCTGCTACAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 GTA...CAGGTCGGATCATGCTAAAAGGAGATAATATTACTCTGCTACAA

    300     .    :
    265 AGTGTCTCCAAC
        ||||||||||||
 108259 AGTGTCTCCAAC