seq1 = pF1KB6720.tfa, 402 bp
seq2 = pF1KB6720/gi568815595r_139353119.tfa (gi568815595r:139353119_139576459), 223341 bp

>pF1KB6720 402
>gi568815595r:139353119_139576459 (Chr3)

(complement)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-252  (114170-114348)   100% ->
253-354  (121630-121731)   100% ->
355-402  (123294-123341)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAAGGGACCAGAATGGAACCTGGGAGATGGAGAGTAATGAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAAGGGACCAGAATGGAACCTGGGAGATGGAGAGTAATGAAAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGGCTACATGAAGGCCCTGG         ATATTGATTTTGCCACCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 TGAGGGCTACATGAAGGCCCTGGGTA...CAGATATTGATTTTGCCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAGATTGCAGTACGTCTCACTCAGACGAAGGTTATTGATCAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114188 GCAAGATTGCAGTACGTCTCACTCAGACGAAGGTTATTGATCAAGATGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAACTTCAAGACAAAAACCACTAGCACATTCCGCAACTATGATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114238 GATAACTTCAAGACAAAAACCACTAGCACATTCCGCAACTATGATGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCACTGTTGGAGTAGAGTTTGACGAGTACACAAAGAGCCTGGATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114288 TTTCACTGTTGGAGTAGAGTTTGACGAGTACACAAAGAGCCTGGATAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCATGTTAAG         GCACTGGTCACCTGGGAAGGTGATGTCCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114338 GGCATGTTAAGGTA...CAGGCACTGGTCACCTGGGAAGGTGATGTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTGTGTGCAAAAGGGGGAGAAGGAGAACCGCGGCTGGAAGCAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121660 GTGTGTGTGCAAAAGGGGGAGAAGGAGAACCGCGGCTGGAAGCAGTGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGGGGACAAGCTGTACCTG         GAGCTGACCTGTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121710 TGAGGGGGACAAGCTGTACCTGGTA...CAGGAGCTGACCTGTGGTGACC

    400     .    :    .    :    .
    374 AGGTGTGCCGTCAAGTGTTCAAAAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 123313 AGGTGTGCCGTCAAGTGTTCAAAAAGAAA