seq1 = pF1KB6712.tfa, 396 bp
seq2 = pF1KB6712/gi568815578r_45153002.tfa (gi568815578r:45153002_45354543), 201542 bp

>pF1KB6712 396
>gi568815578r:45153002_45354543 (Chr20)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-244  (100811-100969)   100% ->
245-396  (101393-101544)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTCCAGCGGCCTCTTCCCCTTCCTGGTGCTGCTTGCCCTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTCCAGCGGCCTCTTCCCCTTCCTGGTGCTGCTTGCCCTGGGAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGCACCTTGGGCTGTGGAAGGCTCTGGAAAGT         CCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TCTGGCACCTTGGGCTGTGGAAGGCTCTGGAAAGTGTA...AAGCCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCTGGAGTCTGTCCTCCTAAGAAATCTGCCCAGTGCCTTAGATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100817 AAGCTGGAGTCTGTCCTCCTAAGAAATCTGCCCAGTGCCTTAGATACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACCTGAGTGCCAGAGTGACTGGCAGTGTCCAGGGAAGAAGAGATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100867 AAACCTGAGTGCCAGAGTGACTGGCAGTGTCCAGGGAAGAAGAGATGTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTGACACTTGTGGCATCAAATGCCTGGATCCTGTTGACACCCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100917 TCCTGACACTTGTGGCATCAAATGCCTGGATCCTGTTGACACCCCAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAA         CAAGGAGGAAGCCTGGGAAGTGCCCAGTGACTTATGGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100967 CAAGTA...CAGCAAGGAGGAAGCCTGGGAAGTGCCCAGTGACTTATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAATGTTTGATGCTTAACCCCCCCAATTTCTGTGAGATGGATGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 CAATGTTTGATGCTTAACCCCCCCAATTTCTGTGAGATGGATGGCCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCGTGACTTGAAGTGTTGCATGGGCATGTGTGGGAAATCCTGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101481 CAAGCGTGACTTGAAGTGTTGCATGGGCATGTGTGGGAAATCCTGCGTTT

    400     .    :
    383 CCCCTGTGAAAGCT
        |||||||||||| |
 101531 CCCCTGTGAAAGGT